Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,694,013 | T→A | 16.3% | L90Q (CTG→CAG) | pyrR → | pyrimidine operon regulatory protein/uracil phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,694,013 | 0 | T | A | 16.3% | 111.2 / 15.0 | 49 | L90Q (CTG→CAG) | pyrR | pyrimidine operon regulatory protein/uracil phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/19); new base A (5/3); total (27/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 |
TTGCCCAGGCCCTGCAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCGGCGAACTGCCGATTCGCCCGAACGTGCT > NC_002947/5693866‑5694160 | ttGCCCAGGCCCTGCAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACctg < 7:55645/149‑1 (MQ=255) cccAGGCCCTGCAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACctggtg > 3:154468/1‑149 (MQ=255) cccAGGCCCTGCAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACCGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACctgctg > 5:337346/1‑149 (MQ=255) gCCCTGCAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACctggtgctggt < 6:90695/149‑1 (MQ=255) tGCAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGAt > 3:131785/1‑149 (MQ=255) gCAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACctggtgctggt > 3:333304/1‑144 (MQ=255) gCAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACctggtgctggt < 4:333304/144‑1 (MQ=255) cAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATg < 4:131785/148‑1 (MQ=255) gATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGt > 4:89163/1‑149 (MQ=255) gCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGc < 4:154468/148‑1 (MQ=255) ccATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCt > 6:200477/1‑148 (MQ=255) aTGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCtgat > 6:345934/1‑149 (MQ=255) ggCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAg < 5:200477/149‑1 (MQ=255) cGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCg < 5:345934/149‑1 (MQ=255) acCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCg > 5:140009/1‑149 (MQ=255) cAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCtgatga > 7:202221/1‑140 (MQ=255) cAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCtgatga < 8:202221/140‑1 (MQ=255) cAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCa > 6:153510/1‑149 (MQ=255) cAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCa < 3:89163/149‑1 (MQ=255) ggCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACctggtgctg < 6:244701/111‑1 (MQ=255) ggCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACctggtgctg > 5:244701/1‑111 (MQ=255) ccTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCAc < 3:138465/135‑1 (MQ=255) ccTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCAc > 4:138465/1‑135 (MQ=255) gtgtCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACg > 2:273668/1‑148 (MQ=255) tgtCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGaa < 5:153510/149‑1 (MQ=255) tCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACt > 8:197446/1‑149 (MQ=255) gTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCgcgg > 5:50287/1‑134 (MQ=255) gTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCgcgg < 6:50287/134‑1 (MQ=255) cTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTc < 7:197446/148‑1 (MQ=255) ccGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCg < 1:273668/146‑1 (MQ=255) cgacgaCTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCg > 3:12648/1‑143 (MQ=255) cgacgaCTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCg < 4:12648/143‑1 (MQ=255) cgacgaCTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACg > 2:37803/1‑149 (MQ=255) ccAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGc > 6:151142/1‑147 (MQ=255) aGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACg > 4:327024/1‑135 (MQ=255) aGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACg < 3:327024/135‑1 (MQ=255) aGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGc < 5:151142/149‑1 (MQ=255) acaAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTctgcc < 1:37803/149‑1 (MQ=255) gTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTg > 3:9192/1‑148 (MQ=255) tCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGa > 6:1083/1‑149 (MQ=255) cGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCGGCGaa > 7:73662/1‑149 (MQ=255) ggTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCctgct > 2:329248/1‑123 (MQ=255) gAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGAcc > 2:289192/1‑124 (MQ=255) gAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGAcc < 1:289192/124‑1 (MQ=255) ccaccAGCACCAGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGAt > 6:15481/4‑127 (MQ=255) ccaccAGCACCAGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGAt < 5:15481/124‑1 (MQ=255) caccAGCACCAGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCGGCGAACTGCCGATTCGccc > 6:167357/3‑149 (MQ=255) caccAGCACCAGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCGGCGAACTGCCGATTCGccc > 6:162274/3‑149 (MQ=255) accAGCACCAGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCGGCGAACTGc > 3:17012/2‑138 (MQ=255) accAGCACCAGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCGGCGAACTGc < 4:17012/137‑1 (MQ=255) ccAGCACCAGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTg < 3:117466/121‑1 (MQ=255) ccAGCACCAGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTg > 4:117466/1‑121 (MQ=255) cAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCgg > 2:23658/1‑128 (MQ=255) cAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCgg < 1:23658/128‑1 (MQ=255) aGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTctgcctgc > 6:220058/1‑111 (MQ=255) aGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTctgcctgc < 5:220058/111‑1 (MQ=255) aGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCGGCGAACTGCCGATTCGCCCGAAc < 6:140009/149‑1 (MQ=255) ctggtgctggtgGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCGGCGAACTGCCGATTCGCCCGAACGTGCt > 7:329440/1‑149 (MQ=255) | TTGCCCAGGCCCTGCAGGATGCCATGGGCGACACCAGCCCAATGGGCACCCTGGACGTGTCGTTCTACCGCGACGACTTCAGCCAGAACGGCCTGCACCCACAAGTGCGCCCGTCCGAGTTGCCGTTCGAGGTCGAAGGCCAGCACCTGGTGCTGGTGGATGACGTGCTGATGAGCGGTCGCACCATCCGCGCGGCGCTCAACGAACTGTTCGATTACGGCCGCCCGGCCAGCGTCACCCTGGTCTGCCTGCTGGACCTGGATGCCGGCGAACTGCCGATTCGCCCGAACGTGCT > NC_002947/5693866‑5694160 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |