Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,712,957 | T→A | 9.7% | S136T (TCG→ACG) | ubiB → | 2‑octaprenylphenol hydroxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,712,957 | 0 | T | A | 9.7% | 111.1 / 2.8 | 41 | S136T (TCG→ACG) | ubiB | 2‑octaprenylphenol hydroxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/21); new base A (2/2); total (18/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
CATCGCCGACGAGCTGATGCTGTTGCAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGCCGCCGAACGCGCCTCGGCGG > NC_002947/5712815‑5713101 | cATCGCCGACGAGCTGATGCTGTTGCAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGTACGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTgg < 1:270978/149‑1 (MQ=255) cgacgaGCTGATGCTGTTGCAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAgg < 3:27610/149‑1 (MQ=255) ttGCAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCt > 3:129934/1‑149 (MQ=255) cAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTGGGCCAccgaggccgaggccaga > 1:163026/1‑130 (MQ=255) cAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTGGGCCAccgaggccgaggccaga > 1:168425/1‑130 (MQ=255) cAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTGGGCCAccgaggccgaggccaga < 2:163026/135‑6 (MQ=255) cAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTGGGCCAccgaggccgaggccaga < 2:168425/135‑6 (MQ=255) cAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTa < 1:15949/148‑1 (MQ=255) cACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAagag > 7:145835/1‑149 (MQ=255) aCCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAgg < 6:351702/149‑1 (MQ=255) cGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAggtggtg < 2:64653/148‑1 (MQ=255) gACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAggtggtggt > 6:19017/1‑149 (MQ=255) aCCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTc < 4:129934/149‑1 (MQ=255) ccGACACAAGCCGTGACCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTc > 7:7/1‑147 (MQ=255) cGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAg < 6:333967/149‑1 (MQ=255) aaGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCAcgcc < 4:201203/107‑1 (MQ=255) aaGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCAcgcc > 3:201203/1‑107 (MQ=255) cGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGcc < 7:13913/149‑1 (MQ=255) gTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAggt > 8:145919/1‑128 (MQ=255) gTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAggt < 7:145919/128‑1 (MQ=255) ccTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGc < 5:19017/149‑1 (MQ=255) cTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGc < 1:44835/148‑1 (MQ=255) cTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGc > 2:44835/1‑148 (MQ=255) gATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGTCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCt < 6:65236/147‑1 (MQ=255) aacGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGCTCCGCCAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGCGCCTCTGGCCTCGCCCTCGGTGGCCCAGGTGCACCCCCCACGACTTAAAACCGGCGAAGACGTGCTGGTCAAGGTCGTGCGCCCGGGCCTGaa > 4:321011/3‑149 (MQ=255) aGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCg < 5:99323/149‑1 (MQ=255) aGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCg > 6:99323/1‑149 (MQ=255) gCTCGGTGAGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCg < 3:161768/98‑1 (MQ=255) gCTCGGTGAGAAGGTCGGAGAGGTGTTCAGCAGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCg > 4:161768/1‑98 (MQ=255) ggTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGcc > 5:12671/1‑147 (MQ=255) ggTCGGGGTGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTGTGGCCTAGGGCTCGGTGGGCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTATAACCGGCGAATAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGGCCGGGcc < 3:198634/122‑1 (MQ=255) gCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTCCACGCCGCTCGTCTTAAAACCGGCTAAGTGGTGGTGGTCATGGTGGTGCGCCGGGGCCTGAAGCGGGTCATCGCCCAGGAcctggcctgg < 6:89545/149‑1 (MQ=255) gtgtTCAACCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGtt < 8:145835/149‑1 (MQ=255) gtTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGTGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTgc < 4:34182/101‑1 (MQ=255) gtTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGTGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTgc > 3:34182/1‑101 (MQ=255) ttCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCt > 3:226135/1‑149 (MQ=255) gACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAACCCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAgg < 4:226135/148‑1 (MQ=255) gACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGgc > 1:45624/1‑149 (MQ=255) gAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGccgccg > 4:265363/1‑148 (MQ=255) gCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGCCGCCGAAc < 3:265363/149‑1 (MQ=255) ccTCTGGCCTCGGCCTCGGTGCCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAACGTGGTGCGCCCGGCCCTGAAGCCGGTCATCGACCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGCCGACGAAcg > 6:24676/1‑149 (MQ=255) tcggcctcggTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGCCGCCGAACGCGCCTcggc > 5:233319/1‑149 (MQ=255) ggcctcggTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGCCGCCGAACGCGCCTcggcgg < 6:233319/149‑1 (MQ=255) ggcctcggTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGCCGCCGAACGCGCCTcggcg < 1:121106/148‑1 (MQ=255) ggcctcggTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGCCGCCGAACGCGCCTcggcg > 2:121106/1‑148 (MQ=255) ggcctcggTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGCCGCCGAACGCGCCTcggc < 3:321011/147‑1 (MQ=255) | CATCGCCGACGAGCTGATGCTGTTGCAGGACCGTGTGCCACCGTTCGACCCGACACAAGCCGTGGCCTTGATCGAGGAACAGCTCGGTGCGAAGGTCGGCGAGGTGTTCAGCCGCTTCGACGTCGAGCCTCTGGCCTCGGCCTCGGTGGCCCAGGTGCACGCCGCACGTCTTAAAACCGGCGAAGAGGTGGTGGTCAAGGTGGTGCGCCCGGGCCTGAAGCCGGTCATCGCCCAGGACCTGGCCTGGCTGTTCCTGATCGCCAAGGCCGCCGAACGCGCCTCGGCGG > NC_002947/5712815‑5713101 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |