Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,767,350 | C→A | 9.6% | M1174I (ATG→ATT) ‡ | PP_5060 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,767,350 | 0 | C | A | 9.6% | 146.8 / 7.1 | 52 | M1174I (ATG→ATT) ‡ | PP_5060 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/24); new base A (3/2); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.65e-01 |
GGCGACAGGCAAGTCACAGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCATGTCGATGTCGGTGATGGCCAACAGGCGATCCAGCTGGCTGGAGACATTGATG > NC_002947/5767206‑5767497 | ggCGACAGGCAAGTCACAGAACATCAGCAGATGATGCGTTTTTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATg < 2:229149/148‑1 (MQ=255) aGGCAAGTCACAGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCAt > 8:8670/1‑141 (MQ=255) aGGCAAGTCACAGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCAt < 7:8670/141‑1 (MQ=255) tCACAGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCATGGGCCTggtcga < 8:330277/145‑5 (MQ=255) tCACAGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCATGGGCCTggtcga > 7:330277/1‑141 (MQ=255) acaGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGccc > 3:195546/1‑130 (MQ=255) acaGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGccc < 4:195546/130‑1 (MQ=255) acaGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGa > 7:259601/1‑149 (MQ=255) caGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGAt > 8:222670/1‑149 (MQ=255) gAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGt < 2:125493/149‑1 (MQ=255) aTCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGAt > 6:327516/1‑149 (MQ=255) agcagATGATGCGTTTGTGCGGCCACGCGCAGACGCTGACTTGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCg < 5:327516/148‑1 (MQ=255) atgatgCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAAc < 1:190091/130‑1 (MQ=255) atgatgCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAAc > 2:190091/1‑130 (MQ=255) atgatgCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGgtcg < 6:127969/149‑1 (MQ=255) cGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTAc < 4:341901/149‑1 (MQ=255) cGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTAc < 5:175552/149‑1 (MQ=255) gTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGGCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGgtcgtc > 7:275438/1‑144 (MQ=255) gTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGgtcgtc < 8:275438/144‑1 (MQ=255) gtgCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTc > 2:189394/1‑149 (MQ=255) cGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTcgc > 7:191293/1‑148 (MQ=255) gCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGa > 4:40850/1‑148 (MQ=255) aCCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGGATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCCTGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGAGaag > 6:358692/1‑148 (MQ=255) aCCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAAt > 6:15035/1‑149 (MQ=255) ccGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATc > 5:59789/1‑121 (MQ=255) ccGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATc < 6:59789/121‑1 (MQ=255) ccGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGc > 4:73109/1‑149 (MQ=255) gCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTc < 8:259601/149‑1 (MQ=255) aGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTc > 4:211062/1‑135 (MQ=255) aGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTc < 3:211062/135‑1 (MQ=255) tGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCATGGGCCTggtc > 3:189535/1‑93 (MQ=255) tGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCATGGGCCTggtc < 4:189535/95‑3 (MQ=255) aCTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTTGCGATAATGCTCGAGACGGTCa < 7:222670/149‑1 (MQ=255) tGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATc > 6:245820/1‑107 (MQ=255) tGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATc < 5:245820/107‑1 (MQ=255) gCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCagag < 3:73109/148‑1 (MQ=255) gCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCaga < 8:67120/147‑1 (MQ=255) cATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTg < 5:15035/149‑1 (MQ=255) tGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGAc < 8:191293/149‑1 (MQ=255) ggAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGgtc > 6:93645/1‑98 (MQ=255) gAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAg < 1:189394/149‑1 (MQ=255) tCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGgt > 6:176640/1‑91 (MQ=255) tGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTg > 7:250244/1‑148 (MQ=255) cACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACgg < 8:116558/91‑1 (MQ=255) cACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACgg > 7:116558/1‑91 (MQ=255) ggCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCATGTCGATGTCGGTGATGGCCAACAGGCGATCCAgct < 8:250244/149‑1 (MQ=255) ccAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCATGTCGATGTCGGTGATGGCCAACAGGCGATCCAgctgg > 2:95992/1‑149 (MQ=255) cAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCATGTCGATGTCGGTGATGGCCAACAGGCGATCCAgctggc > 7:30059/1‑149 (MQ=255) aGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCATGTCGATGTCGGTGATGGCCAACAGGCGATCCAgctggct > 6:71521/1‑149 (MQ=255) gACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCATGTCGATGTCGGTGATGGCCAACAGGCGATCCAGCTGGCTGgaga < 5:71521/149‑1 (MQ=255) gACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCATGTCGATGTCGGTGATGGCCAACAGGCGATCCAGCTGGCTGgag < 8:30059/148‑1 (MQ=255) tccAGGCCATGGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGGCTTACGGCTCGCGATACTGCACGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGAAAGGCACTAGCATGTAGATGTCGGTGATGGCGAACAGGCCATCCAGCTGGCTCgaga > 8:272095/2‑148 (MQ=255) aGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCatgtcgat > 7:318947/1‑107 (MQ=255) aGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCatgtcgat < 8:318947/107‑1 (MQ=255) ccATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCATGGCGATGTCGGTGATGGCCAACAGGCGATCCAGCTGGCTGGAGACATtgatg < 3:40850/149‑1 (MQ=255) | GGCGACAGGCAAGTCACAGAACATCAGCAGATGATGCGTTTGTGCGGCCACCCGCAGACGCTGACTGGCGAGCGCATGGCGGAAGATCATGTAGTGCTGGGTAGGCGTGCCTTTGTGCCACTGCAGGGCCAGCTCGACCAGGCCCATGGCCTGGAAAAACCGGATGTTGATCGTGGTCGTCTTACGGCTCGCGATAATGCTCGAGACGGTCAGAGTGGTATTGACGTAAGGCACTTGCATGTCGATGTCGGTGATGGCCAACAGGCGATCCAGCTGGCTGGAGACATTGATG > NC_002947/5767206‑5767497 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |