| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,931,111 | G→C | 6.2% | P320R (CCA→CGA) | ubiH ← | 2‑octaprenyl‑6‑methoxyphenyl hydroxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,931,111 | 0 | G | C | 6.2% | 206.0 / 2.4 | 64 | P320R (CCA→CGA) | ubiH | 2‑octaprenyl‑6‑methoxyphenyl hydroxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/31); new base C (2/2); total (31/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
CAAGGTTGCGTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCTGTGTGCTGCGTTGCCCAGCACCACCAGGTGCGGCCGCACCTGCTCCTGGGCCTCGATCAAGGA > NC_002947/5930968‑5931256 | cAAGGTTGCGTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTggg > 2:338840/1‑146 (MQ=255)cAAGGTTGCGTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTggg < 1:338840/146‑1 (MQ=255)cAAGGTTGCGTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGccc > 2:65582/1‑149 (MQ=255)cAAGGTTGCGTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGccc > 2:235151/1‑149 (MQ=255) aaGGTTGCGTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTgg < 7:175415/144‑1 (MQ=255) aaGGTTGCGTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTgg > 8:175415/1‑144 (MQ=255) aGGTTGCGTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGc < 6:185137/149‑1 (MQ=255) gTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCagcagc < 1:65582/149‑1 (MQ=255) tCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATGGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAgcg > 4:92745/1‑149 (MQ=255) tCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGGCGGGCCCACagcagcc < 8:118325/149‑2 (MQ=255) tCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGGCGGGCCCACagcagcc < 6:241661/149‑2 (MQ=255) gCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTc > 4:212913/1‑149 (MQ=255) cGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCgg > 1:20942/1‑149 (MQ=255) gTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGc > 1:268618/1‑149 (MQ=255) gTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGc < 1:235151/149‑1 (MQ=255) tCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGc > 7:47244/1‑148 (MQ=255) gCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAgg < 2:264482/149‑1 (MQ=255) gCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTg > 7:150281/1‑148 (MQ=255) cTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGca < 2:268618/149‑1 (MQ=255) aTTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAg > 7:325403/1‑138 (MQ=255) aTTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAg < 8:325403/138‑1 (MQ=255) aTTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGcaca < 5:270074/148‑1 (MQ=255) gctgcCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATCGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCa < 3:92745/148‑1 (MQ=255) gctgcCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCa < 2:94840/148‑1 (MQ=255) tgcCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTgg < 6:29570/109‑1 (MQ=255) tgcCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCcagcag > 3:219468/1‑121 (MQ=255) tgcCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCcagcag < 4:219468/121‑1 (MQ=255) tgcCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACg > 4:163726/1‑148 (MQ=255) tgcCGAACAGGCGGGTCACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTgg > 5:29570/1‑109 (MQ=255) aaCAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGc > 2:349791/1‑144 (MQ=255) aaCAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGc < 1:349791/144‑1 (MQ=255) aaCAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGa < 3:163726/149‑1 (MQ=255) cAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGcac < 2:279850/135‑1 (MQ=255) cAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGcac > 1:279850/1‑135 (MQ=255) gggTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCGGAACATCACGCAACGACAGAtt > 5:15634/1‑148 (MQ=255) ggTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTggg < 6:254862/97‑1 (MQ=255) ggTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTggg > 5:254862/1‑97 (MQ=255) ggTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGa < 4:34906/149‑1 (MQ=255) gTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGaa < 8:150281/149‑1 (MQ=255) tGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACAt > 6:6556/1‑124 (MQ=255) ggAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCcg > 2:199841/1‑149 (MQ=255) tCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGT‑GTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGc > 4:131749/1‑149 (MQ=255) gCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCtgt < 8:314439/148‑1 (MQ=255) ccTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGCTAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCtgtgt < 3:212399/149‑1 (MQ=255) gTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCTGTGtgc < 8:47244/147‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCTGTGtgctgc > 5:40218/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCa > 6:78828/1‑134 (MQ=255) cAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTCGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGAACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCTGTGTGCTGCGt > 2:247697/1‑149 (MQ=255) cgctggTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGc < 5:93083/109‑1 (MQ=255) cgctggTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGc > 6:93083/1‑109 (MQ=255) tggTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCTGTGTGCTGCGTTGCCCAGcaccac > 3:99508/1‑149 (MQ=255) gATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTg > 7:30622/1‑100 (MQ=255) gATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTg < 8:30622/100‑1 (MQ=255) 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tgctgTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCTGTGTGCTGCGTTGCCCAGCACCACCAGGTGCGGCCGCACCTGCTCCTGGGCCTCGATc > 7:275084/1‑147 (MQ=255) ctgTGTGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCGTGCACATCACGAAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCTGTGTGCTGCGGTGCCCAGCACCACCAGGTGCGGCCGCACCTGCTCCTGGGCCTCGATCaa < 6:15634/147‑1 (MQ=255) tgtgGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGATAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCTGTGTGCTGCGTTGCCCAGCACCACCAGGTGCGGCCGCACCTGCTCCTGGGCCTCGATCAAGGa > 8:91051/1‑149 (MQ=255) | CAAGGTTGCGTCCGGCCGTCAGCAACGGCTGATTGCTGCCGAACAGGCGGGTGACCTGGTCGGAGAAGCCGATGGTCATAGCCTGGTCCAGGCGCTGGCGCTGGTGATAGGCCTGCAGCGTGGTCAGGTCGCCAGGCTGCTGTGGGCCCGCCAGCAGCGCTTCGGCCAGGGCCTGCACATCACGCAACGACAGATTGAAACCCTGGCCCGCGAT‑GGGGTGCAGGCTGTGTGCTGCGTTGCCCAGCACCACCAGGTGCGGCCGCACCTGCTCCTGGGCCTCGATCAAGGA > NC_002947/5930968‑5931256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |