| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,984,449 | T→C | 6.9% | intergenic (+45/+44) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,984,449 | 0 | T | C | 6.9% | 158.3 / 2.4 | 58 | intergenic (+45/+44) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/24); new base C (2/2); total (32/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-02 | |||||||||||
GTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGC > NC_002947/5984304‑5984596 | gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTg > 2:202743/1‑147 (MQ=255)gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTg > 4:143929/1‑147 (MQ=255) tAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCt < 7:161562/145‑1 (MQ=255) gTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAggg < 1:202743/149‑1 (MQ=255) gTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAggg < 3:143929/149‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCg > 5:151505/1‑149 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGc < 1:194/148‑1 (MQ=38) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGTTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 6:286032/149‑1 (MQ=255) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg > 6:137723/1‑148 (MQ=255) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 5:137723/148‑1 (MQ=255) gCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGttt < 2:12736/149‑1 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCGGACGGGCGGCTGTAGGGGCGGGGTTAc > 2:186491/1‑149 (MQ=39) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCcgctc > 1:338554/1‑147 (MQ=255) gtgtCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCa < 5:290624/148‑1 (MQ=255) tGGGGGGATGCCGGATTCGTGTCAGGCTGCCTTTGAATCACGCATCGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGTCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAgg < 1:186491/147‑1 (MQ=37) tGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCAACGGTCCGGTGTAGGGGCGGGTTTACCCCCGAAGAGG‑CCAGTTCAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCg > 1:272591/1‑149 (MQ=38) gCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCACCGCGAGGCCAGCGATGcc > 6:334276/1‑147 (MQ=255) cGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGc > 2:218622/1‑89 (MQ=18) cGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGc < 1:218622/89‑1 (MQ=18) gATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCt < 6:151505/149‑1 (MQ=255) gtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcat > 8:260654/1‑148 (MQ=255) gTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAg < 7:197504/104‑1 (MQ=255) gTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGt > 6:354041/1‑149 (MQ=255) gTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAg > 8:197504/1‑104 (MQ=255) tttGAATCACGCATCGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtc < 8:145062/135‑1 (MQ=255) aTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 5:334276/149‑1 (MQ=255) aTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 5:354041/149‑1 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAg < 2:272720/108‑1 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAg > 1:272720/1‑108 (MQ=255) aCGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGttt < 5:73206/93‑1 (MQ=255) aCGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGttt > 6:73206/1‑93 (MQ=255) gCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTAGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATa > 1:253791/1‑149 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTCGGGTCGGCTGTTGGGGCGGTTTAACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGc < 3:152254/149‑1 (MQ=38) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAt < 4:76165/141‑1 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAt > 3:76165/1‑141 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagcag < 7:260654/149‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGt > 4:224465/1‑148 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAcc > 7:137197/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAcc > 7:175176/1‑149 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGccc > 3:126608/1‑149 (MQ=255) aaCCGGCTCCTAGGGTCGGCTGTTGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCg < 8:137197/149‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa > 4:290736/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa < 1:133492/107‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa > 2:133492/1‑107 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc < 8:243831/136‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAc > 7:243831/1‑136 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt > 3:323279/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTATGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:96982/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 8:24947/1‑149 (MQ=255) cGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 8:291913/1‑149 (MQ=37) gCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc > 6:93613/1‑149 (MQ=255) cTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg < 4:126608/149‑1 (MQ=255) gtagggTGGGCTGTAGGGGCGGGTTTAGCGGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATGAGCGCGAGGCCAGGGCTGCGTAGCTGTTCATGAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt < 2:272591/144‑1 (MQ=38) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGc > 7:212780/1‑76 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGc < 8:212780/76‑1 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 2:114914/1‑149 (MQ=255) cGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcgc < 2:253791/149‑1 (MQ=255) cGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGt > 8:20327/1‑149 (MQ=255) cTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTcgc > 2:325887/1‑149 (MQ=255) | GTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGC > NC_002947/5984304‑5984596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |