| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,013,852 | A→G | 17.4% | intergenic (+57/+53) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,852 | 0 | A | G | 17.4% | 47.3 / 4.2 | 23 | intergenic (+57/+53) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/9); new base G (2/2); total (12/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
GCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGC > NC_002947/6013704‑6013999 | gcCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGaa < 8:13404/149‑1 (MQ=255) ccGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAc < 6:167491/149‑1 (MQ=255) gCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGCCCTGTGCTGCACCtgtg > 8:328339/1‑149 (MQ=25) gTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCg < 7:328339/149‑1 (MQ=21) ccGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGCTGTGGGCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCGTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGc < 7:174463/148‑1 (MQ=255) aaTCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTggg < 8:33166/133‑1 (MQ=21) tCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTAc < 6:72011/124‑1 (MQ=255) tCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTAc > 5:72011/1‑124 (MQ=255) gTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGc > 3:134592/1‑121 (MQ=255) gTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGc < 4:134592/121‑1 (MQ=255) aaCGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTg < 1:316397/149‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCtgtg > 2:99400/1‑51 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCtgtg < 1:99400/51‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 2:265939/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 2:282444/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 2:100837/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 5:21880/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 1:172019/1‑149 (MQ=21) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCa > 1:123819/1‑149 (MQ=255) ggTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt < 6:21880/149‑1 (MQ=255) gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTg > 6:115000/1‑149 (MQ=255) gTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGccc > 1:132735/1‑147 (MQ=255) gAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTg < 1:265939/148‑1 (MQ=255) gAACGCTGTGCCGTAACTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACACTTCAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAgg < 1:100837/148‑1 (MQ=255) aaCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGc < 2:123819/149‑1 (MQ=255) aCGCTGTGCGGTACCTGTGGTTGGGGGCGTGCCCGCTAATGGCCGAAACCCTTTTTTCATTGGTTGCGGCATCTCGATCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTACCCCAACTGCATCCGCCCCAgg < 1:282444/148‑1 (MQ=255) | GCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGC > NC_002947/6013704‑6013999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |