| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,013,885 | T→C | 100% | intergenic (+90/+20) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,885 | 0 | T | C | 100.0% | 83.2 / NA | 26 | intergenic (+90/+20) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/11); total (15/11) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCA > NC_002947/6013795‑6014025 | aaCGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTg < 1:316397/149‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 2:282444/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 2:100837/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 2:265939/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 5:21880/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 1:172019/1‑149 (MQ=21) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCa > 1:123819/1‑149 (MQ=255) ggTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt < 6:21880/149‑1 (MQ=255) gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTg > 6:115000/1‑149 (MQ=255) gTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGccc > 1:132735/1‑147 (MQ=255) gAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTg < 1:265939/148‑1 (MQ=255) gAACGCTGTGCCGTAACTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACACTTCAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAgg < 1:100837/148‑1 (MQ=255) aaCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGc < 2:123819/149‑1 (MQ=255) aCGCTGTGCGGTACCTGTGGTTGGGGGCGTGCCCGCTAATGGCCGAAACCCTTTTTTCATTGGTTGCGGCATCTCGATCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTACCCCAACTGCATCCGCCCCAgg < 1:282444/148‑1 (MQ=255) tgtgCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCa > 7:327714/1‑149 (MQ=255) ccGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCg > 8:126178/1‑110 (MQ=255) ccGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt < 3:21674/122‑1 (MQ=255) ccGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt > 4:21674/1‑122 (MQ=255) ccGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAc < 8:327714/148‑1 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCACCCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCg > 5:257482/1‑149 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCg > 2:43750/1‑149 (MQ=255) tgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGcc > 2:37298/1‑149 (MQ=255) gggCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGc < 5:115000/149‑1 (MQ=255) ggCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCa < 2:132735/149‑1 (MQ=255) gCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGt < 7:203584/141‑1 (MQ=255) gCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGt > 8:203584/1‑141 (MQ=255) | AACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC‑‑TGGTTGCCGC‑‑CAGCCCCGCCAACA‑‑ACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCA > NC_002947/6013795‑6014025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |