| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,071,883 | C→G | 7.1% | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II ← | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,071,883 | 0 | C | G | 7.1% | 219.7 / 5.1 | 69 | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/33); new base G (3/2); total (34/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTT > NC_002947/6071735‑6072023 | aCAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTc < 1:26183/149‑1 (MQ=255) ggtatcggtatcCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAgg > 1:125143/1‑149 (MQ=255) ggtatcCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTc > 5:12329/1‑145 (MQ=255) tcCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCgg < 6:12329/149‑1 (MQ=255) cccGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCggg < 2:284898/148‑1 (MQ=255) cccGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑t > 3:325868/1‑149 (MQ=255) aaTTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAg < 3:90001/149‑1 (MQ=255) gACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTGAAGGTCgaag < 8:196888/134‑3 (MQ=255) gACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTGAAGGTCgaag > 7:196888/1‑132 (MQ=255) 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8:189375/145‑1 (MQ=255) gTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCAc < 2:125143/149‑1 (MQ=255) gTTTGCCCATGTACATGAAATCTGTGTAATCCGAAACACGCGCCTCTTGCTGCATTTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGATATCGGG‑TCCAGCGCCGa < 6:153991/145‑1 (MQ=255) tttGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTTGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑Tcc < 8:335294/136‑1 (MQ=255) tttGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑Tcc > 7:335294/1‑136 (MQ=255) cccATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGtt < 5:197163/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCaa < 3:197864/148‑1 (MQ=255) tACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCaa < 1:251123/148‑1 (MQ=255) tACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCaa < 6:79894/148‑1 (MQ=255) gcgGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑t > 7:97349/1‑115 (MQ=255) gcgGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑t < 8:97349/115‑1 (MQ=255) ggTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCGGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCt > 5:240631/1‑149 (MQ=255) tCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGCTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAagc < 1:192320/133‑1 (MQ=255) tCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAagc > 2:192320/1‑132 (MQ=255) acacGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGc < 1:331233/149‑1 (MQ=255) gccgcTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGt > 1:26657/1‑149 (MQ=255) gtgcATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGa < 1:222236/148‑1 (MQ=255) tgcATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTc > 1:127590/1‑104 (MQ=255) tgcATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTc < 2:127590/104‑1 (MQ=255) gttgtGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGAc > 6:121794/1‑147 (MQ=255) acgatgacgatgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACgctgct < 2:26657/148‑1 (MQ=255) gatgacgatgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACgctgctgct > 4:242855/1‑149 (MQ=255) gatgacgatgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACgctgctgct > 5:169359/1‑149 (MQ=255) gatgacgatgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACgctgctgct > 3:15560/1‑149 (MQ=255) ttGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGcc > 8:34908/1‑149 (MQ=255) gATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAg < 3:242855/149‑1 (MQ=255) cAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGcc < 7:34908/148‑1 (MQ=255) cAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGcc > 6:316591/1‑148 (MQ=255) aTTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGa < 6:79960/113‑1 (MQ=255) aTTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGa > 5:79960/1‑113 (MQ=255) aTTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGa > 8:318684/1‑148 (MQ=255) aTTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGAc < 7:318684/149‑1 (MQ=255) tCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGc < 3:173316/97‑1 (MQ=255) tCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGc > 4:173316/1‑97 (MQ=255) aTAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACg > 1:259811/1‑111 (MQ=255) aTAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACg < 2:259811/111‑1 (MQ=255) aGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAg < 3:132073/130‑1 (MQ=255) aGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAg > 4:132073/1‑130 (MQ=255) aTCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAg > 2:246151/1‑149 (MQ=255) aTCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAg > 4:177034/1‑149 (MQ=255) gTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCgg < 3:177034/149‑1 (MQ=255) gTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCgg < 5:121794/149‑1 (MQ=255) cgatctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCgg > 8:74428/6‑149 (MQ=255) tctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTcc > 3:344012/3‑149 (MQ=255) cttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTcc > 1:115703/1‑149 (MQ=255) ttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCa > 7:246325/1‑140 (MQ=255) ttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCa < 8:246325/140‑1 (MQ=255) cGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCtt < 8:162847/148‑1 (MQ=255) gACCTTGAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGt < 7:74428/143‑1 (MQ=255) ttCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGcc < 2:263123/104‑1 (MQ=255) | ACAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGG‑TCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTT > NC_002947/6071735‑6072023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |