Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,160,979 | C→A | 6.7% | S151R (AGC→AGA) | PP_5740 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,160,979 | 0 | C | A | 6.7% | 191.1 / 3.4 | 60 | S151R (AGC→AGA) | PP_5740 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/29); new base A (2/2); total (29/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 |
AGGCAAGCAATGGCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAGGCCTTGCTGTTATCCGCCC > NC_002947/6160838‑6161124 | aGGCAAGCAATGGCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGc > 2:117816/1‑148 (MQ=255) gcaagcaaTGGCTTCAGCTGGCTTATACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGAACCCAATCGGTTAATGGCTGATGGACAGATGTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGGCGACTTTTTCCCCGTGTAGGCTTTGGACGGTAGAAACGGCTAt > 7:53371/1‑149 (MQ=255) gcaagcaaTGGCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGAAACGGCTAt > 3:196580/1‑149 (MQ=255) gcaagcaaTGGCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGAAACGGCTAt < 4:196580/149‑1 (MQ=255) gcaaccaaTGGCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCCGGCGGTTAATTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCATATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGAAACGGCTAt < 8:53371/149‑1 (MQ=255) caagcaaTGGCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATc < 2:83364/149‑1 (MQ=255) gcaaTGGCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGAc > 4:203627/1‑149 (MQ=255) ggCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTAt < 4:75747/140‑1 (MQ=255) ggCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTAt > 3:75747/1‑140 (MQ=255) cTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATcag > 3:266943/1‑149 (MQ=255) gCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCtt < 7:128095/147‑1 (MQ=255) gCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGATTTGGACGGTAGCAACgg > 2:315093/1‑125 (MQ=255) aTCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTcgc > 3:202927/1‑148 (MQ=255) ccTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGAc < 4:202927/146‑1 (MQ=255) tCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGa > 8:325958/1‑127 (MQ=255) tCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGa < 7:325958/127‑1 (MQ=255) tCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACt > 7:234237/1‑149 (MQ=255) cccAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCg > 7:279409/1‑149 (MQ=255) cAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGtt < 2:307789/149‑1 (MQ=255) aGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTtc < 1:117816/149‑1 (MQ=255) gCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTtctc < 5:151921/149‑1 (MQ=255) gCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTtctc > 6:95269/1‑149 (MQ=255) ccAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGa < 7:323554/148‑1 (MQ=255) ccAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGAc > 6:19430/1‑149 (MQ=255) tGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATg > 2:247826/1‑149 (MQ=255) ggCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATgg > 7:331741/1‑149 (MQ=255) gCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATg < 7:302442/147‑1 (MQ=255) tGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATggcgg > 2:196578/1‑149 (MQ=255) aTGGACAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGGATGCTTTGGACGGTCGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTGCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGGGGTCTATGGCGGCt < 5:285836/149‑1 (MQ=255) tCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGAc > 5:205018/1‑117 (MQ=255) tCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGAc < 6:205018/117‑1 (MQ=255) ataTCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGtt < 8:279409/146‑1 (MQ=255) aGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATg < 5:123559/137‑1 (MQ=255) aGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATg > 6:123559/1‑137 (MQ=255) aGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGtt < 5:95269/148‑1 (MQ=255) aGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTc < 8:234237/149‑1 (MQ=255) aGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTc < 1:196578/149‑1 (MQ=255) ttctCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAAt > 5:334201/1‑148 (MQ=255) cTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGaaaa < 5:19430/149‑1 (MQ=255) tCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATgg < 6:347322/126‑1 (MQ=255) tCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATgg > 5:347322/1‑126 (MQ=255) cGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTc < 8:331741/149‑1 (MQ=255) gAAGGTCGACTTTTTCCACGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAAt < 6:256904/139‑1 (MQ=255) ccGTGTATGCTTTGGAAGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGAATCGCATGGACGAGTGGTCTATGGAGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCACTGGGCGGTATCGCTCCCAAg > 6:170120/1‑149 (MQ=255) gtATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAGGCCt > 7:245327/1‑149 (MQ=255) cTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAGGCCTTGCTg < 2:102151/149‑1 (MQ=255) tttGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAg > 8:57744/1‑139 (MQ=255) tttGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAg < 3:231622/139‑1 (MQ=255) tttGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAg < 7:57744/139‑1 (MQ=255) tttGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAg < 3:236207/139‑1 (MQ=255) tttGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAg > 4:231622/1‑139 (MQ=255) tttGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAg > 4:236207/1‑139 (MQ=255) tGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGtt < 5:174002/97‑1 (MQ=255) tGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGtt > 6:174002/1‑97 (MQ=255) ggACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAGGCCTTGCTGTTAt > 1:297093/1‑149 (MQ=255) ggTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGt > 3:257476/1‑76 (MQ=255) ggTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGt > 3:252831/1‑76 (MQ=255) ggTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGt < 4:252831/76‑1 (MQ=255) ggTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGt < 4:257476/76‑1 (MQ=255) tAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAGGCCTTGCTGTTATCCGccc < 2:297093/149‑1 (MQ=255) | AGGCAAGCAATGGCTTCAGCTGGCATCTACCTCCACCCCAGGCGGTGAAGTTGATCCCAATCGGTTACTGGCTGATGGTCAGATCTTCTCGCTCCGACCTGGGAAGGTCGACTTTTTCCCCGTGTATGCTTTGGACGGTAGCAACGGCTATCGACCGATCAGCAGGCTTCGCGACGTACTGTCCGTTCTCTCGACTCGCATGGACGAGTGGTCTATGGCGGCTTGGTTCCAATCAGAAAATTCGTCCCTGGGCGGTATCGCTCCCAAGGCCTTGCTGTTATCCGCCC > NC_002947/6160838‑6161124 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |