Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 708,760 | G→A | 12.2% | V388I (GTC→ATC) | murJ → | lipid II flippase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 708,760 | 0 | G | A | 12.2% | 105.2 / 5.1 | 41 | V388I (GTC→ATC) | murJ | lipid II flippase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/18); new base A (3/2); total (21/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.08e-01 |
TGGCAAGTTCAGCGCGTTTGATGCGGCGATGACCCAGCGGGCGTTGATCGCCTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGT > NC_002947/708615‑708901 | tGGCAAGTTCAGCGCGTTTGATGCGGCGATGACCCAGCGGGCGTTGATCGCCTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCt < 6:121711/149‑1 (MQ=255) tGGCAAGTTCAGCGCGTTTGATGCGGCGATGACCCAGCGGGCGTTGATCGCCTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCt > 6:99102/1‑149 (MQ=255) cAAGTTCAGCGCGTTTGATGCGGCGATGACCCAGCGGGCGTTGATCGCCTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCa < 4:300391/149‑1 (MQ=255) aaGTTCAGCGCGTTTGATGCGGCGATGACCCAGCGGGCGTTGATCGCCTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGACTGCGATCTTCAc < 6:209053/149‑1 (MQ=255) cgcgTTTGATGCGGCGATGACCCAGCGGGCGTTGATCGCCTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCt < 5:99102/149‑1 (MQ=255) tGATGCGGCGATGACCCAGCGGGCGTTGATCGCCTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCAcc < 3:186227/148‑1 (MQ=255) aCCCAGCGGGCGTTGATCGCCTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCt < 3:70869/149‑1 (MQ=255) cTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTg > 6:283202/1‑149 (MQ=255) gTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGc > 3:147961/1‑149 (MQ=255) ggCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCGACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCAt > 2:196135/1‑149 (MQ=255) aTTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGa > 1:72446/1‑148 (MQ=255) ttCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGAt > 5:75837/1‑148 (MQ=255) ttCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATc < 6:75837/149‑1 (MQ=255) cAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGca < 3:129233/118‑1 (MQ=255) cAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGca > 4:129233/1‑118 (MQ=255) aGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCAccc < 7:119911/69‑1 (MQ=255) aGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCAccc > 8:119911/1‑69 (MQ=255) gCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTGGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGt < 1:246844/141‑1 (MQ=255) gCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGtgcctgc > 6:151579/1‑147 (MQ=255) gCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGtgcctgc < 5:151579/147‑1 (MQ=255) gCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGt > 2:246844/1‑141 (MQ=255) gCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTgcctgcct < 4:147961/149‑1 (MQ=255) cTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAAt > 3:129476/1‑149 (MQ=255) tGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGcc < 4:97909/113‑1 (MQ=255) tATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCAtt < 4:133129/113‑1 (MQ=255) tATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCAtt > 3:133129/1‑113 (MQ=255) tGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGc > 2:90718/1‑149 (MQ=255) cgcAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTg < 5:283202/149‑1 (MQ=255) gcagAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCt < 1:90718/149‑1 (MQ=255) cagAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGGCGGTTTGCTGTTCt < 5:189556/148‑1 (MQ=255) cagAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCt > 6:189556/1‑148 (MQ=255) gAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGcc < 8:332941/133‑1 (MQ=255) gAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGcc > 7:332941/1‑133 (MQ=255) gCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTgcg > 8:104975/1‑148 (MQ=255) cagggTGAAGACTGCGATCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGt > 3:345029/4‑148 (MQ=255) agggTGAAGACTGCGATCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTTCACATGCAGGCCTGGCATTGGCGATCAGCATCGGTGCCTGCCTCAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGt > 2:53043/3‑147 (MQ=255) gTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTcagca < 4:129476/149‑1 (MQ=255) gTGAAGACTGCGATCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTc > 7:130702/1‑129 (MQ=255) gTGAAGACTGCGATCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTc < 8:130702/129‑1 (MQ=255) gAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCagcagc > 2:106342/1‑149 (MQ=255) gATCGCAGTCTTGACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCGCTGGTCGGACAGCTTGCAAATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCGTGCCTGAATGCGGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTTCGCAGTCAGCAGCTGt > 8:242173/1‑149 (MQ=255) | TGGCAAGTTCAGCGCGTTTGATGCGGCGATGACCCAGCGGGCGTTGATCGCCTATTCCGTGGGCTTGCTGGCGATCATTCTGATCAAGGTACTGGCACCTGGCTTCTATGCGCAGCAGAATATTCGCACGCCGGTGAAGATCGCAGTCTTCACCCTGGTCTGCACCCAGCTGTTCAACCTTGCCCTGGTCGGCCCGCTTGCACATGCCGGCCTGGCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGT > NC_002947/708615‑708901 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |