Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 835,985 | C→T | 7.8% | A32T (GCC→ACC) | PP_0718 ← | sulfate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 835,985 | 0 | C | T | 7.8% | 142.9 / 2.2 | 52 | A32T (GCC→ACC) | PP_0718 | sulfate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/24); new base T (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 |
CAGGATACGGCTGGGACCGAACAGGGCATAGGCCAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGCTGCCTTGTAGTGGAGCAGGGTGACCAGGCCGGGTAACCAGCGTTGCCAGTCGAAACGAGTGGGTTGGGGCATGGTGTCGGCTCTGGGCGAGAAGGGCGCTGAACCTCAGCTTAGATGCTGAAG > NC_002947/835842‑836129 | cAGGATACGGCTGGGACCGAACAGGGCATAGGCCAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGt < 3:103396/149‑1 (MQ=255) cgctatcTGGGACCGAACATGGGAATTGCCATGAGGGGGATGATTGTTTCGGACACGGCATATTTACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCtt < 6:196233/143‑1 (MQ=255) aTACGGCTGGGACCGAACAGGGCATAGGCCAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCtt < 3:150809/149‑1 (MQ=255) cGGCTGGGACCGAACAGGGCATAGGCCAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTgg < 1:7837/148‑1 (MQ=255) ggCTGGGACCGAACAGGGCATAGGCCAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTggg > 4:20202/1‑148 (MQ=255) gCTGGGACCGAACAGGGCATAGGCCAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTa < 3:153964/149‑1 (MQ=255) tGGGACCGAACAGGGCATAGGCCAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGAACGCCGG‑ACCCGACGCGTAAGCCCATCCCCACAGGCCCAAGAATGGTGGTCCGCCCCAGGCCGGCGCCGATGGCCtt > 5:196233/1‑142 (MQ=255) ggACCGAACAGGGCATAGGCCAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGTCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGcc < 7:220967/148‑1 (MQ=255) ggACCGAACAGGGCATAGGCCAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGcc < 7:216796/148‑1 (MQ=255) 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6:195158/118‑1 (MQ=255) ccAGCAGGGGGATGATGGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTc > 5:195158/1‑118 (MQ=255) tgGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGCTGCCTTGTAGTGGAGCAGGGTGACCAGGCCg < 2:331624/149‑1 (MQ=255) tgGTAGCGTACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGCTGCCTTGTAGTGGAGCAGGGTGACCAGGCCg > 1:331624/1‑149 (MQ=255) tAGCGTACAAGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGc > 2:216706/1‑115 (MQ=255) tAGCGTACAAGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGc < 1:216706/115‑1 (MQ=255) tACAGGCCATAGATACCGGGGACGCCGGAAGCCTCGGCGT‑AGGCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGCTGCCTTGTAGTGGAGCAGGGTGACCAGGCCGGGTAACCa < 3:20202/149‑1 (MQ=255) 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8:164177/147‑1 (MQ=255) gCGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGCTGCCTTGTAGTGGAGCAGGGTGACCAGGCCGGGTAACCAGCGTTGCCAGTCGAAACGAGTGGGTTGGGGCATGGTGTCg > 7:164177/1‑147 (MQ=255) cGATGCCCACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGCTGCCTTGTAGTGGAGCAGGGTGACCAGGCCGGGTAACCAGCGTTGCCAGTCGAAACGAGTGGGTTGGGGCATGGTGTCGGct > 2:225487/1‑149 (MQ=255) ccACAGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGCTGCCTTGTAGTGGAGCAGGGTGACCAGGCCGGGTAACCAGCGTTGCCAGTCGAAACGAGAGGGTTGGGCGATGGTGTCGGCTCTCGGc > 4:28927/1‑149 (MQ=255) acaGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGCTGCCTTGTAGTGGAGCAGGGTGACCAGGCCGGGTAACCAGCGTTGCCAGTCGAAACGAGTGGGTTGGGGCATGGTGTCGGCTCTGGGc > 2:188554/1‑147 (MQ=255) acaGGCACGAGCATGGTGGTGAGCACCAGGCCGGCGGCGATGTCCTTGGGTAGCCAGGCTGCCTTGTAGTGGAGCAGGGTGACCAGGCCGGGTAACCAGCGTTGCCAGTCGAAACGAGTGGGTTGGGGCATGGTGTCGGCTCTGGGCga < 1:188554/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |