Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 989,021 | C→A | 7.5% | G291G (GGC→GGA) | hisS → | histidine‑‑tRNA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 989,021 | 0 | C | A | 7.5% | 163.2 / 4.1 | 53 | G291G (GGC→GGA) | hisS | histidine‑‑tRNA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/28); new base A (2/2); total (23/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 |
CCGCCTGGACGCTGCCGGTATTCCGTTCGTGATCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTGCGCCTTTGGCG > NC_002947/988877‑989166 | ccGCCTGGACTCTTCCTGTATTCCGATCGTTATCAACACCAAGCTGGTACGCTGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTTGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTgg < 8:226563/149‑1 (MQ=255) ccGCCTGGACGCTGCCGGTATTCCGTTCGTGATCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTgg < 8:176409/149‑1 (MQ=255) cTGCCGGTATTCCGTTCGTGATCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATg < 1:25202/149‑1 (MQ=255) cTGCCGGTATTCCGTTCGTGATCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATg < 3:45768/149‑1 (MQ=255) tCCGTTCGTGATCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGc > 2:329749/1‑149 (MQ=255) gTGATCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCAc > 6:343514/1‑149 (MQ=255) tGATCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACt > 3:232597/1‑149 (MQ=255) aTCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTg < 4:232597/148‑1 (MQ=255) tCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGc > 5:45524/1‑149 (MQ=255) cAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGc < 6:121023/148‑1 (MQ=255) cAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGc > 5:121023/1‑148 (MQ=255) cacCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTg < 1:109404/149‑1 (MQ=255) acCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTgg > 3:145235/1‑149 (MQ=255) cgcgGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCGGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATggg > 8:183221/1‑149 (MQ=255) cgcgGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATgg < 4:145235/148‑1 (MQ=255) cgcgGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATgg < 1:279074/148‑1 (MQ=255) gcgGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCGGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGc < 7:183221/149‑1 (MQ=255) ctacAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGa < 5:343514/149‑1 (MQ=255) ctacAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGa > 2:279449/1‑149 (MQ=255) cAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATcc > 2:18582/1‑149 (MQ=255) gACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATggg > 8:130609/1‑126 (MQ=255) gACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGt < 1:329749/149‑1 (MQ=255) ccGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTg < 3:218584/149‑1 (MQ=255) ttCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGACTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAg > 5:26991/1‑126 (MQ=255) ttCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGACTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAg > 5:32117/1‑126 (MQ=255) ttCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGACTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAg < 6:26991/126‑1 (MQ=255) ttCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGACTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAg < 6:32117/126‑1 (MQ=255) ggTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTgg > 2:251100/1‑62 (MQ=255) ggTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTgg < 1:251100/62‑1 (MQ=255) gTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATgg > 5:114268/1‑109 (MQ=255) gTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATgg < 6:114268/109‑1 (MQ=255) gTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGc > 3:209492/1‑147 (MQ=255) cGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGc > 2:330840/1‑149 (MQ=255) gACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGcc < 2:246679/115‑1 (MQ=255) gACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCt < 2:45549/116‑1 (MQ=255) ccAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAgcc < 6:45524/149‑1 (MQ=255) gCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAgccgc > 4:194956/1‑146 (MQ=255) cGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATc < 1:279449/149‑1 (MQ=255) tgtgCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAg < 6:364306/119‑1 (MQ=255) tgtgCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAg > 5:364306/1‑119 (MQ=255) gggTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTAcc > 2:293665/1‑149 (MQ=255) gCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTgc < 1:18582/149‑1 (MQ=255) cGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGcc < 8:308549/110‑1 (MQ=255) cGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGt < 4:326123/137‑1 (MQ=255) cGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGt > 3:326123/1‑137 (MQ=255) cGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTgcgc > 2:230271/1‑149 (MQ=255) cGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTgc < 6:109641/147‑1 (MQ=255) cGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTgc > 5:109641/1‑147 (MQ=255) gTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTGCGcc > 6:275060/1‑149 (MQ=255) cgacgGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTGCGCCttt < 5:275060/148‑1 (MQ=255) gacgGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTGCGCCTTTgg < 4:209492/149‑1 (MQ=255) gacgGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTGCGCCTTTgg < 1:293665/149‑1 (MQ=255) cgGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTGCGCCTTTGGCg < 1:330840/149‑1 (MQ=255) | CCGCCTGGACGCTGCCGGTATTCCGTTCGTGATCAACACCAAGCTGGTACGCGGCCTGGACTACTACAGCAAGACCGTGTTCGAGTGGGTAACCGACAAGCTCGGTGCCCAGGGCACGGTGTGCGCGGGTGGCCGTTACGACGGCCTGGTCGAACAGATGGGTGGCAAGCCGACCACTGGCGTTGGTTTCGCCATGGGCATCGAGCGCCTGATCCTGCTGTTGGAAACCCTGGGCAAGGTGCCGGAGTCCATCAGCCGCCAGATCGACGTTTACCTGTGCGCCTTTGGCG > NC_002947/988877‑989166 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |