Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 137,602 | G→A | 8.9% | R168H (CGT→CAT) | PP_0131 → | membrane‑anchored phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 137,602 | 0 | G | A | 8.9% | 122.9 / 2.6 | 45 | R168H (CGT→CAT) | PP_0131 | membrane‑anchored phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/21); new base A (2/2); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 |
GAGCGAGCGTTCGTTCCCTTGCGGGCGCCAGATATCCAGGGGCCGACGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCACCCTCGGCCTGGTCGACCAGC > NC_002947/137463‑137735 | gagcgagcGTTCGTTCCCTTGCGGGCGCCAGATATCCAGGGGCCGACGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTCGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCAttt > 5:308714/1‑149 (MQ=255) ttcgttcCCTTGCGGGCGCCAGATATCCAGGGGCCGACGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGAtgt > 6:119294/1‑149 (MQ=255) cAGGGGCCGACGTACAGATACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGTACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCt < 3:34217/149‑1 (MQ=255) aGGGGCCGACGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTg > 4:330416/1‑141 (MQ=255) aGGGGCCGACGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTg < 3:330416/141‑1 (MQ=255) aGGGGCCGACGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCtg < 6:308714/149‑1 (MQ=255) cGACGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCtggtggtg < 8:88697/149‑1 (MQ=255) gACGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCATGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCtggtggtgg > 4:343195/1‑149 (MQ=255) aCGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTggtggtggt < 2:119286/149‑1 (MQ=255) aCGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTggtggtggt < 5:119294/149‑1 (MQ=255) gTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCa > 8:60228/1‑134 (MQ=255) gTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCa < 7:60228/134‑1 (MQ=255) aGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTTCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCtgg < 1:97074/136‑1 (MQ=255) aGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCtgg > 2:97074/1‑136 (MQ=255) cTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGAc > 5:243921/1‑148 (MQ=255) aCTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAAc > 5:160455/1‑149 (MQ=255) ccaccaccGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGc > 1:130261/1‑148 (MQ=255) caccaccGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTGGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGTTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGCGCCa > 1:244494/1‑149 (MQ=255) caccaccGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGcc > 4:210192/1‑148 (MQ=255) caccaccGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCa > 2:105305/1‑149 (MQ=255) caccGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTc > 5:101109/1‑149 (MQ=255) gatcGAGATCCTGGCAGCAGTGATGCTGGGGCGGGGCAAGTTTGTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACGGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGTCAACGGCGCCCGGGCCATTCCgg < 8:168861/140‑1 (MQ=255) gAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGCGGCAACTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGAAGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCAGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCgg > 7:168861/1‑143 (MQ=255) aaCGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCgg > 1:177922/1‑149 (MQ=255) cGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGcc > 1:65238/1‑149 (MQ=255) gagaACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGccc > 3:61402/1‑149 (MQ=255) aaCCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGc > 6:156833/1‑148 (MQ=255) aaCCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCATGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGc > 5:251811/1‑148 (MQ=255) gcagcaCTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAgg < 1:105305/148‑1 (MQ=255) gcagcaCTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAg < 6:101109/147‑1 (MQ=255) agcaCTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCgg > 8:311110/1‑128 (MQ=255) agcaCTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCgg < 7:311110/128‑1 (MQ=255) gcaCTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATg < 2:130261/149‑1 (MQ=255) gcaCTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATg < 6:160455/149‑1 (MQ=255) gcaCTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCATGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATg < 3:343195/149‑1 (MQ=255) aCTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGc > 7:309949/1‑149 (MQ=255) ggTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCAccc < 5:156833/147‑1 (MQ=255) gTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCACCCTCg < 8:309949/149‑1 (MQ=255) cGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGAGCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCGGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCACCCTCGGc < 2:244494/149‑1 (MQ=255) aaGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCACCCTCGGCCTGGTc < 2:65238/149‑1 (MQ=255) ttCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAg < 2:256509/119‑1 (MQ=255) gTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTCGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCACCCTCGGCCTGGTCGACCAGc < 2:177922/147‑1 (MQ=255) gTTTCCACCTCCCATGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCACCCTCGGCCTGGTCGACCAGc < 6:251811/147‑1 (MQ=255) ccTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCACCCTCGGCCTg < 1:1703/130‑1 (MQ=255) ccTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCACCCTCGGCCTg > 2:1703/1‑130 (MQ=255) | GAGCGAGCGTTCGTTCCCTTGCGGGCGCCAGATATCCAGGGGCCGACGTACAGCTACTGGCTTAACACCACCACCGAGCCGAACGAGAACCTGGCAGCACTGATGCTGGGTCGGGGCAAGTTTCTGGTTTCCACCTCCCGTGGGCATTTGACCGATGTGGTGGACCTGCCCCCAGGTGGCAGCCTGGTGGTGGTGCTGGACAACGGCGCCCGGGCCATTCCGGTGCTCGGCCCGCCACAGGTATGGCCACCACCCTCGGCCTGGTCGACCAGC > NC_002947/137463‑137735 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |