Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,045,265 | T→C | 8.6% | intergenic (+38/+68) | PP_0905 → / ← PP_0906 | hypothetical protein/RND family multidrug transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,045,265 | 0 | T | C | 8.6% | 159.2 / 4.7 | 58 | intergenic (+38/+68) | PP_0905/PP_0906 | hypothetical protein/RND family multidrug transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/27); new base C (3/2); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
CAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTAAA > NC_002947/1045136‑1045410 | cAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGtttttt < 2:225187/149‑1 (MQ=255) aaaaCCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCggg > 6:213962/1‑134 (MQ=255) aaaaCCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTg > 1:114569/1‑149 (MQ=255) aaaaCCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTg > 8:105519/1‑149 (MQ=255) ccGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGtttttt > 6:80074/1‑144 (MQ=255) ccGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGtttttt < 5:80074/144‑1 (MQ=255) agcagcagGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGcc > 2:21029/1‑149 (MQ=255) cagGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTc > 5:65239/1‑140 (MQ=255) cagGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTc < 6:65239/140‑1 (MQ=255) gCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGc < 2:114569/149‑1 (MQ=255) gagcgagcCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCtt > 4:286381/1‑149 (MQ=255) gagcCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAACCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTcgcg < 2:132487/149‑1 (MQ=255) cAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGtttttt < 2:322285/114‑1 (MQ=255) cAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGtttttt > 1:322285/1‑114 (MQ=255) aGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAgcccgc > 3:325190/1‑149 (MQ=255) aGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAgcccgc > 2:156899/1‑149 (MQ=255) ttttGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAg > 7:211603/1‑149 (MQ=255) tGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCaa < 6:331267/142‑1 (MQ=255) tGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTCGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGACGGCCTCTACGCGGGCAGCCCGCCCCAAgagatag > 5:331267/1‑143 (MQ=255) tGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAAACATGCGTTAGCTGGAAAAGCAAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCTGCCTCTTCGCGGGAAGACCGCCCCAAGGTCGGt > 7:279287/1‑149 (MQ=255) tttcTGTTTGGCCTGCGTCAAGTGTTGCGTTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGTAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGtt < 8:279287/145‑1 (MQ=255) ttCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCt < 8:233677/105‑1 (MQ=255) ttCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCt > 7:233677/1‑105 (MQ=255) ttCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGtt > 6:296079/1‑148 (MQ=255) ttCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTc < 7:105519/149‑1 (MQ=255) ttCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCCGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGt < 3:286381/147‑1 (MQ=255) ttCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTACGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGtt > 8:323240/1‑148 (MQ=255) cTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTACGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCaa < 7:323240/148‑1 (MQ=255) tttGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGc < 2:339610/147‑1 (MQ=255) ccTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTg > 4:91051/1‑147 (MQ=255) cTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGt < 4:113041/135‑1 (MQ=255) cTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGt > 3:113041/1‑135 (MQ=255) cGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGt < 4:325190/148‑1 (MQ=255) tCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGcc < 8:53646/91‑1 (MQ=255) tCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCgg < 6:101412/109‑1 (MQ=255) tCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGcccc > 7:144951/1‑121 (MQ=255) tCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGcccc < 8:144951/121‑1 (MQ=255) tCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGcc > 7:268051/1‑149 (MQ=255) ttGCGGTCAAAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGAGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGgcgc > 2:127407/1‑149 (MQ=255) gggATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTgc < 1:21029/149‑1 (MQ=255) gATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAATGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTgcgc < 8:268051/149‑1 (MQ=255) gAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCcag > 2:2787/1‑149 (MQ=255) aCCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCcag > 7:321877/1‑147 (MQ=255) ccTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAgg < 8:211603/149‑1 (MQ=255) gAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTgc > 7:200286/1‑127 (MQ=255) gAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTgc < 8:200286/127‑1 (MQ=255) aaaaGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACgg < 3:91051/149‑1 (MQ=255) aGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCaa < 1:156899/149‑1 (MQ=255) caaagGCCCCGCAATCGCGAGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGc > 6:163166/4‑139 (MQ=255) caaagGCCCCGCAATCGCGAGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGc < 5:163166/136‑1 (MQ=255) ggCCCCGCAATCGCGAGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACacaaa > 2:234306/1‑148 (MQ=255) gCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACacaaac > 7:70898/1‑148 (MQ=255) cccgcaATCGCGAGGCCTCTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAg < 8:70898/147‑1 (MQ=255) cTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACg > 7:251572/1‑135 (MQ=255) cTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACg < 8:251572/135‑1 (MQ=255) tCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGgtg > 8:23797/1‑124 (MQ=255) tCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGgtg < 7:23797/124‑1 (MQ=255) gATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTaaa < 8:321877/149‑1 (MQ=255) | CAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTAAA > NC_002947/1045136‑1045410 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |