| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 165,932 | A→C | 8.3% | D325E (GAT→GAG) | pntAA ← | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 165,932 | 0 | A | C | 8.3% | 181.8 / 8.0 | 60 | D325E (GAT→GAG) | pntAA | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/27); new base C (3/2); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
GCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTGCG > NC_002947/165788‑166077 | gCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCgg > 4:127357/1‑149 (MQ=255)gCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCg < 5:66889/148‑1 (MQ=255) tttGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATTTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTc < 3:127357/148‑1 (MQ=255) ggACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTgg > 5:54025/1‑149 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCa < 6:54025/149‑1 (MQ=255) cctCACCGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGCTGATGATCAGCGCGCCATCCTCGTCGCACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTg < 8:234345/147‑1 (MQ=255) cATAACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGAAGTCGTCTTCGAGGTTGATGATAAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCATGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGCGCCGGCAGGTTg > 4:58881/1‑149 (MQ=255) aTCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACt < 4:183088/129‑1 (MQ=255) aTCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACt > 3:183088/1‑129 (MQ=255) aCGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCgg > 4:311763/1‑122 (MQ=255) aCGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCgg < 3:311763/122‑1 (MQ=255) caggcaggCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGc < 1:101603/143‑1 (MQ=255) caggcaggCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGc > 2:101603/1‑143 (MQ=255) ggcaggcCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACgat > 2:42241/1‑148 (MQ=255) gcaggcCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcg < 6:233543/142‑1 (MQ=255) gcaggcCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcg > 5:233543/1‑142 (MQ=255) aggcCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACgatgat > 3:30164/1‑148 (MQ=255) gcgACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGcc > 6:103526/1‑149 (MQ=255) aTGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTtctc < 2:293172/149‑1 (MQ=255) aTGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTtctc < 4:30164/149‑1 (MQ=255) ttCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACACCGTTCTCCTGcacca > 8:280066/1‑149 (MQ=255) cGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGt < 3:46922/108‑1 (MQ=255) cGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGt > 4:46922/1‑108 (MQ=255) gAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCAGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCt > 6:38955/1‑149 (MQ=255) gTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGt > 3:304516/1‑149 (MQ=255) atCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGAc > 8:96021/1‑149 (MQ=255) tCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACg < 1:42241/149‑1 (MQ=255) aGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGa < 4:38265/145‑1 (MQ=255) aGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGa > 3:38265/1‑145 (MQ=255) cgcCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGc < 5:103526/149‑1 (MQ=255) ccATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCgg < 4:304516/149‑1 (MQ=255) cTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGt > 8:197081/1‑149 (MQ=255) ttGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGtt > 3:189433/1‑149 (MQ=255) ttGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGtt > 4:69687/1‑149 (MQ=255) gAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTgccgc < 7:197081/149‑1 (MQ=255) gAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGCGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACg < 3:105443/130‑1 (MQ=255) gAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGCGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACg > 4:105443/1‑130 (MQ=255) aaCAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTg < 5:59828/110‑1 (MQ=255) aaCAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTg > 6:59828/1‑110 (MQ=255) aaCAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTgccgcc > 8:311733/1‑149 (MQ=255) agcagcTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACTCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTg < 7:280066/149‑1 (MQ=255) gcagcTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTgg < 4:189433/149‑1 (MQ=255) gAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTtctc > 3:156187/1‑93 (MQ=255) gAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTtctc < 4:156187/93‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCAGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGt < 5:38955/149‑1 (MQ=255) agcagGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGt < 6:294059/110‑1 (MQ=255) agcagGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGt > 5:294059/1‑110 (MQ=255) gcagGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATg < 7:96021/149‑1 (MQ=255) ttGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCt > 3:304364/1‑129 (MQ=255) ttGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCt < 4:304364/129‑1 (MQ=255) cgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCg < 3:69687/149‑1 (MQ=255) tgaGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGc > 1:17628/3‑149 (MQ=255) aGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTg < 3:328507/105‑1 (MQ=255) aGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTg > 4:328507/1‑105 (MQ=255) aGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGc > 4:81022/1‑72 (MQ=255) ccGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATc > 4:74648/1‑149 (MQ=255) gAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTg < 7:311733/149‑1 (MQ=255) gAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTg > 1:223157/1‑149 (MQ=255) aGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTgc > 2:27416/1‑149 (MQ=255) ggCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTgcg < 3:74648/149‑1 (MQ=255) | GCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTGCG > NC_002947/165788‑166077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |