Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,235,074 | G→A | 8.0% | A71V (GCG→GTG) | glpK ← | glycerol kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,235,074 | 0 | G | A | 8.0% | 143.5 / 2.2 | 50 | A71V (GCG→GTG) | glpK | glycerol kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/27); new base A (2/2); total (21/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 |
GAGCTGAGCACAGATCTCGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACTCGCGCTGGGAGGTACCTACAACATTGGCGTCACGGTCGAAAATGATCGC > NC_002947/1234929‑1235222 | gagctgagcACAGATCTCGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGc < 8:110294/147‑1 (MQ=255) gctgagcACAGATCTCGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTgg < 3:116838/149‑1 (MQ=255) cacaGATCTCGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAgg < 8:114466/149‑1 (MQ=255) acaGATCTCGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAgg < 8:114464/148‑1 (MQ=255) acaGATCTCGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCACCTGGGCAAggg > 5:315183/1‑149 (MQ=255) aTCTCGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACATTGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTc > 1:31087/1‑149 (MQ=255) tcGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑Ac > 2:58549/1‑149 (MQ=255) tcGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑Ac > 4:79708/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTc < 3:198492/144‑1 (MQ=255) gTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCAt < 3:79708/149‑1 (MQ=255) gcggcACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGgcgc < 7:185187/149‑1 (MQ=255) aCTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTtgt < 2:239705/149‑1 (MQ=255) ccAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTgg < 4:127906/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAAtct > 4:324847/1‑149 (MQ=255) tACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCgg > 2:120663/1‑149 (MQ=255) acCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTc < 4:180136/107‑1 (MQ=255) acCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTc > 3:180136/1‑107 (MQ=255) ccGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCa < 3:21905/149‑1 (MQ=255) cGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCAtgg < 6:255354/113‑1 (MQ=255) cGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCAtgg > 5:255354/1‑113 (MQ=255) cGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAAtct > 2:37056/1‑137 (MQ=255) cGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCAt > 4:14685/1‑149 (MQ=255) cGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGGTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCGTACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAAtct < 1:37056/138‑1 (MQ=255) gCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTc > 3:81249/1‑148 (MQ=255) gCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATAGTGGCGCttt < 2:183922/117‑1 (MQ=255) gCCCGGTTTCCTTCTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGATGGTGATGCCCAGCGCACCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGTGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCAt > 5:349982/1‑144 (MQ=255) gCCAGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGTTGATGCCCATCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGTCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCTGGTCAt < 6:349982/144‑1 (MQ=255) cccGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGa < 1:120663/149‑1 (MQ=255) ccGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGAc > 5:214415/1‑149 (MQ=255) tCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCACCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCAtggt > 7:138306/1‑101 (MQ=255) tCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCACCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCAtggt < 8:138306/101‑1 (MQ=255) ccACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCg > 4:195585/1‑149 (MQ=255) ccACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCg > 5:110494/1‑149 (MQ=255) ccACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCg > 2:52741/1‑149 (MQ=255) cacaCCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCgg < 4:131334/149‑1 (MQ=255) ccaccGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTaa < 3:195585/149‑1 (MQ=255) tGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCtgt < 1:52741/149‑1 (MQ=255) tGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCtgt < 1:58549/149‑1 (MQ=255) gTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGc < 6:110494/149‑1 (MQ=255) gcgTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCACGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACt > 8:162474/1‑149 (MQ=255) gttggttgGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCAt < 3:259813/108‑1 (MQ=255) gttggttgGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCAt > 4:259813/1‑108 (MQ=255) gttggtGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACTCGCGCt > 6:42085/1‑149 (MQ=255) ggtGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTTGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACTCGCGCTgg < 7:162474/148‑1 (MQ=255) ggtGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACTCGCGCTgg < 3:14685/148‑1 (MQ=255) ggtGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCACCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACTCGCGCTgg < 6:315183/148‑1 (MQ=255) gtGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACTCGCGCTGGGa < 3:324847/149‑1 (MQ=255) aTGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACTCGCGCTGGGAGGt < 6:214415/149‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGc > 6:211376/1‑115 (MQ=255) gCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGc < 5:211376/115‑1 (MQ=255) gCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACTCGCGCTGGGAGGTACCTACAACATTGGCGTCACGGTCGAAAATGATCGc > 4:238025/1‑149 (MQ=255) | GAGCTGAGCACAGATCTCGGTGCTGCGGCGGCACTGCCAGACAATGGCGTTGTACACCGGACGCCCGGTTTCCTTGTCCCACACCACCGTGGTTTCGCGTTGGTTGGTGATGCCCAGCGCAGCGACCTGGGCGTGGCTGATACCCGCCTGGGCAAGGGCCTCG‑ACCATGGTGGCGCTTTGTGTGGCGAAAATCTCCATCGGGTCATGCTCGACCCAGCCCGCCTGCGGGTAATGCTGTGCGAACTCGCGCTGGGAGGTACCTACAACATTGGCGTCACGGTCGAAAATGATCGC > NC_002947/1234929‑1235222 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |