| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,321,977 | C→G | 10.7% | G252R (GGG→CGG) | PP_1154 ← | sensory box protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,321,977 | 0 | C | G | 10.7% | 158.0 / 8.4 | 56 | G252R (GGG→CGG) | PP_1154 | sensory box protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/25); new base G (3/3); total (28/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
CCTGGTTGCTTTGTTGCAGATGCACGAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTGCGCCAGTTTGCTTTCGGTGAGC > NC_002947/1321830‑1322125 | ccTGGTTGCTTTGTTGCAGATGCACGAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGcccc > 5:110137/1‑149 (MQ=255) ggTTGCTTTGTTGCAGATGCACGAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCgg > 7:15480/1‑148 (MQ=255) tttGTTGCAGATGCACGAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCggg > 4:22539/1‑149 (MQ=255) gttgCAGATGCACGAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCt < 1:98429/148‑1 (MQ=255) ttgCAGATGCACGAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGt < 7:213818/149‑1 (MQ=255) cAGATGCACGAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTcc < 6:110137/149‑1 (MQ=255) aCGAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGt > 6:172344/1‑146 (MQ=255) gAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGAt < 8:15480/149‑1 (MQ=255) gCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAg < 5:345905/140‑1 (MQ=255) gCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAg > 6:345905/1‑140 (MQ=255) cGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAg > 5:330272/1‑149 (MQ=255) cGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAg > 5:155145/1‑149 (MQ=255) cgatctcAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCTTCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGa < 7:10109/143‑1 (MQ=255) cTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGAt < 6:330272/149‑1 (MQ=255) aaGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGCCAACCCTGCCCACCCCATCTGCAGCCCCGGCAGCGGGCTGGTCCACGTCAGATGGTACCCGGTGTCGCCCACGACGAtacatcg > 8:10109/1‑143 (MQ=255) aTGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGcc > 5:84337/1‑129 (MQ=255) aTGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGcc < 6:84337/129‑1 (MQ=255) aTGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAggtggt > 6:173572/1‑149 (MQ=255) tGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGtt < 5:173572/149‑1 (MQ=255) ggAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTtgtta < 4:254553/149‑3 (MQ=255) tgTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGc < 4:92852/148‑1 (MQ=255) tACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGcc > 2:243345/1‑148 (MQ=255) cAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTa < 3:22539/148‑1 (MQ=255) aGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACGGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTAtc < 6:361968/149‑1 (MQ=255) aGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTAtc > 2:164655/1‑149 (MQ=255) cccAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCa > 8:154019/1‑149 (MQ=255) tCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCAt < 6:155145/148‑1 (MQ=255) gtagtGCGCACAACAGTGCCGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCg < 4:162958/149‑1 (MQ=255) gtagtGCGCACAACAGTGCCGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCg > 3:162958/1‑149 (MQ=255) gtGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGtt > 2:246475/1‑109 (MQ=255) gtGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGtt < 1:246475/109‑1 (MQ=255) gtGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGt < 5:172344/148‑1 (MQ=255) acaacaGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCg > 4:290878/1‑149 (MQ=255) aacaGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGc > 2:144854/1‑111 (MQ=255) aacaGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGc < 1:144854/111‑1 (MQ=255) gTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCATATCCTCCTTTTAAACGTGAATGACGGTCAGGCCGgcgaca > 8:83087/1‑146 (MQ=255) acacTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACg < 1:54337/116‑1 (MQ=255) acacTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACg > 2:54337/1‑116 (MQ=255) acTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTg > 8:246461/1‑149 (MQ=255) tGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGt > 7:19675/1‑113 (MQ=255) tGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGt < 8:19675/113‑1 (MQ=255) cccACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTgcgc > 1:293883/1‑148 (MQ=255) ccACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTGCGCCa < 1:164655/149‑1 (MQ=255) caGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGcc < 3:187495/135‑1 (MQ=255) caGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGcc > 4:187495/1‑135 (MQ=255) aTCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGc > 6:8148/1‑84 (MQ=255) aTCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGc < 5:8148/84‑1 (MQ=255) tCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTGCGCCAGTTTGCtt > 3:137954/1‑149 (MQ=255) cccgctgcCGGGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCttt < 3:182535/92‑1 (MQ=255) cccgctgcCGGGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTGCGCCAGttt < 1:287654/142‑1 (MQ=255) cccgctgcCGGGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTGCGCCAGttt > 2:287654/4‑145 (MQ=255) cccgctgcCGGGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGAAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCttt > 4:182535/4‑95 (MQ=255) ccgctgcCGGGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCAGCGCCTTTGCCCAACt > 6:91091/3‑134 (MQ=255) ccgctgcCGGGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCAGCGCCTTTGCCCAACt < 5:91091/132‑1 (MQ=255) ctgcCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTGCGCCAGTTTGCTTTCg < 3:290878/148‑1 (MQ=255) gcCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCg < 3:59748/104‑1 (MQ=255) gcCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCg > 4:59748/1‑104 (MQ=255) ccGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTGCGCCAGTTTGCTTTCGGTGAGc > 7:36022/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTGCGCCAGTTTGCTTTCGGTGAGc < 4:137954/149‑1 (MQ=255) | CCTGGTTGCTTTGTTGCAGATGCACGAGCGTGAGGCCGATTGCCCGGGAGCTGCGCAAGGCATGGCGGAACAGGTACAGCATCACCAGCCCAAGTATCAGTAGTGCGCACAACAGTGCTGGCAACACTGCCCACAGCATCTGCTGCCCCGGCAGCGGGCTGTTCCAGGTCAGATGGTAGCCGGTGTCGCCCAGGTCGATGCGCAGGTGGTTGTGATCCTGCCTATCCTCCTTTTCCACGTGCATGCCGGTCAGGCCGGCGCCTTTGCCCAACTGCGCCAGTTTGCTTTCGGTGAGC > NC_002947/1321830‑1322125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |