| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,332,475 | A→G | 11.4% | intergenic (+56/‑1200) | PP_1157 → / → PP_1159 | acetolactate synthase/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,332,475 | 0 | A | G | 11.4% | 86.5 / 3.4 | 35 | intergenic (+56/‑1200) | PP_1157/PP_1159 | acetolactate synthase/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/15); new base G (2/2); total (18/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
CCAGGTGTGCACGTGATCGACTGCCCGGTCGATTACAGCGAGAACGACCGCATCCTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACGAGATCATGACTATTGGTTCAACACACAACCATCCTGCCGATCTGGCCATCGACCCT > NC_002947/1332327‑1332613 | ccAGGTGTGCACGTGATCGACTGCCCGGTCGATTACAGCGAGAACGACCGCATCCTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTa < 7:296110/149‑1 (MQ=255) cAGGTGTGCACGTGATCGACTGCCCGGTCGATTACAGCGAGAACGACCGCATCCTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAg > 2:329059/1‑149 (MQ=255) gATCGACTGCCCGGTCGATTACAGCGAGAACGACCGCATCCTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAg > 3:305201/1‑136 (MQ=255) gATCGACTGCCCGGTCGATTACAGCGAGAACGACCGCATCCTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAg < 4:305201/136‑1 (MQ=255) gATCGACTGCCCGGTCGATTACAGCGAGAACGACCGCATCCTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTg > 7:2138/1‑149 (MQ=255) cccGGTCGATTACAGCGAGAACGACCGCATCCTAAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAg > 1:46491/1‑148 (MQ=255) gATTACAGCGAGAACGACCGCATCCTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACt > 7:86865/1‑149 (MQ=255) ccTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGa > 1:9164/1‑145 (MQ=255) ccTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGa < 2:9164/145‑1 (MQ=255) tCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATtc > 8:252644/1‑149 (MQ=255) cAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATtct > 6:332366/1‑149 (MQ=255) aCAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCa < 8:86865/149‑1 (MQ=255) aCAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCa < 5:332366/149‑1 (MQ=255) gCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATc < 3:71877/139‑1 (MQ=255) gCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATc > 4:71877/1‑139 (MQ=255) gCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGt < 8:2138/149‑1 (MQ=255) tGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAg > 8:108041/1‑141 (MQ=255) tGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAg < 7:108041/141‑1 (MQ=255) cGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACt < 2:46491/149‑1 (MQ=255) aGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCAt < 7:252644/148‑1 (MQ=255) gcgcgcTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCAt < 8:224866/126‑1 (MQ=255) gcgcgcTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCAt > 7:224866/1‑126 (MQ=255) gtAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTAc > 4:66270/1‑128 (MQ=255) tAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTGGGTGCCGGCAg > 2:306314/1‑70 (MQ=255) tAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTGGGTGCCGGCAg < 1:306314/70‑1 (MQ=255) aGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACGAGATCATGa < 1:53312/148‑1 (MQ=255) aGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACGAGATCATGa < 1:329059/148‑1 (MQ=255) cTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTGGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACGAGATCATGACTAtt > 1:11991/1‑149 (MQ=255) ccGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACGAGATCATGACTATTGGTTCAACACACAACCATCCt > 1:253529/1‑148 (MQ=255) ccGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACGAGATCATGACTATTGGTTCAACACACAACCATCCt < 2:253529/148‑1 (MQ=255) gCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTAc > 6:315108/1‑96 (MQ=255) gCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTAc < 5:315108/96‑1 (MQ=255) acaGGTATCACACGATCCTGTGGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACGAGATCATGACTATTGGTTCAACACACAACCATCCTGCCGATCTgg < 2:11991/149‑1 (MQ=255) acGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACGAGATCATGACTATTGGTTCAACACACAACCATCCTGCCGATCTGGCCATCGACCCt > 5:233626/1‑149 (MQ=255) gATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACg < 7:63759/91‑1 (MQ=255) gATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACg > 8:63759/1‑91 (MQ=255) | CCAGGTGTGCACGTGATCGACTGCCCGGTCGATTACAGCGAGAACGACCGCATCCTCAACAGCGAGCTGCGTGAGCGCGCGCTGGCGGTGTAAGGCCTAACGACCTTATCGCAGTAAGCCGGCACCCACAGGTATCACACGATCCTGTAGGTGCCGGCAGGTGCTACATAGCAACCACTTCACGCCTCTTGCAATTGATCATTCTCAGGTTCTCTACTCATGGAGAACACGAGATCATGACTATTGGTTCAACACACAACCATCCTGCCGATCTGGCCATCGACCCT > NC_002947/1332327‑1332613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |