Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,416,874 | T→C | 9.4% | L41P (CTG→CCG) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,416,874 | 0 | T | C | 9.4% | 138.8 / 5.2 | 53 | L41P (CTG→CCG) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/25); new base C (2/3); total (25/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
AGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCC > NC_002947/1416726‑1417018 | aGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCgct > 8:257170/1‑149 (MQ=255) cgcTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCgctgc > 5:227906/1‑149 (MQ=255) cTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTc < 6:318425/149‑1 (MQ=255) cTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTc < 8:104297/149‑1 (MQ=255) aTTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgg > 1:192046/1‑149 (MQ=255) ttCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCg < 6:301635/147‑1 (MQ=255) ttCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGAAACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgg > 5:233098/1‑148 (MQ=255) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCAGAAACC‑‑CCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCggttt > 2:164584/1‑146 (MQ=38) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTc < 5:57749/143‑1 (MQ=255) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTc > 6:57749/1‑143 (MQ=255) gACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTc > 1:182737/1‑149 (MQ=255) gACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGACGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTc > 6:112876/1‑149 (MQ=255) ccaccTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTg < 7:257170/149‑1 (MQ=255) caccTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCCCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCggtttcacg < 8:103522/149‑8 (MQ=38) caccTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTg > 1:180761/1‑148 (MQ=255) accTGGGCTCAGTGCGCTTCGCGGTACGCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGCGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGca < 8:263877/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcag < 6:246570/149‑1 (MQ=255) ggCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcagctc < 5:112876/148‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTGTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTcagt < 7:314330/149‑1 (MQ=255) cgGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATGGCCAGTGGTGACAGGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTg < 6:227906/149‑1 (MQ=255) cgGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTg < 3:120490/149‑1 (MQ=255) ggTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGttt < 3:209948/122‑1 (MQ=255) ggTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGttt > 4:209948/1‑122 (MQ=255) cTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgg < 4:235746/113‑1 (MQ=255) cTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgg > 3:235746/1‑113 (MQ=255) ccAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGcc > 2:214686/1‑148 (MQ=255) ccAACGGAACGGCACGCACATCGCCACAGCTCACACGTTCATCCTGGTCCATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTCAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGCCGCTGCTCCTGGTTTCTGCACCTCAGCTCAGTGCAGTCCTGTTCACCAACGAACAtcac > 4:76831/1‑145 (MQ=255) cAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGa > 6:216309/1‑149 (MQ=255) aGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGAcc < 3:76831/149‑1 (MQ=255) aGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGAcc < 1:214686/149‑1 (MQ=255) gAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTg < 1:82222/101‑1 (MQ=255) gAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTg > 2:82222/1‑101 (MQ=255) aaCGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGt < 2:182737/149‑1 (MQ=255) cACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATg < 2:180761/149‑1 (MQ=255) cACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATg < 5:216309/149‑1 (MQ=255) cACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGGCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCAt < 1:332404/148‑1 (MQ=255) aCGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCg < 4:319278/136‑1 (MQ=255) aCGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCg > 3:319278/1‑136 (MQ=255) tgACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCAc > 4:224208/1‑149 (MQ=255) tgACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCAc < 3:224208/149‑1 (MQ=255) acacGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACgg > 2:150964/1‑149 (MQ=255) acGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTcagtg > 4:8912/1‑88 (MQ=255) cTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACAAGCCGACCCCATGCACGTGGTCGGcat < 4:237609/128‑3 (MQ=255) cGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTAcc > 7:277126/1‑149 (MQ=255) cTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCt > 7:149304/1‑147 (MQ=255) ccTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTAc > 6:43136/1‑131 (MQ=255) ccTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTAc < 5:43136/131‑1 (MQ=255) cTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg > 7:266576/1‑149 (MQ=255) gTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGgcgc < 4:272394/116‑1 (MQ=255) gTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGgcgc > 3:272394/1‑116 (MQ=255) accccGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTg > 4:221568/4‑149 (MQ=255) a‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgcg < 1:150964/149‑1 (MQ=255) gAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgcgcat > 7:236186/1‑147 (MQ=255) cggcgCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGTGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCAt < 8:266576/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGTGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGcc > 2:268426/1‑149 (MQ=255) | AGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAA‑‑CCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCC > NC_002947/1416726‑1417018 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |