| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,550 | T→C | 15.9% | intergenic (‑39/+97) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,550 | 0 | T | C | 15.9% | 52.5 / 3.4 | 25 | intergenic (‑39/+97) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/13); new base C (2/2); total (10/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
ATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCC > NC_002947/1419411‑1419628 | aaggcaccttgaggcatggcacgatgcatgaactggaggcgctgcggcctcttcttgagtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaagggccggcCTCTTCGCgg > 7:47546‑M1/140‑149 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTAGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCAc < 1:289905/149‑1 (MQ=255) tGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 5:134214/149‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 4:182873/149‑1 (MQ=255) tgcatgaactggaggcgctgcggcctcttcttgagtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggcaggtccggcCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt‑g < 2:58292‑M1/34‑1 (MQ=255) atgaactggaggcgctgcggcctcttcttgagtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaagggccggcCTCTTcgcg < 8:119369‑M1/9‑1 (MQ=255) atgaactggaggcgctgcggcctcttcttgagtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaagggccggcCTCTTcgcg > 7:119369‑M1/113‑121 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCTTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGt < 5:243400/148‑1 (MQ=255) ccTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCtg > 1:115165/1‑149 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 2:115165/147‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc > 6:157733/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt‑gtg < 2:123428/122‑1 (MQ=255) gtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaaggtccggcCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGAAAGGCTTGACTAGTGTGGTGACCGCTGTggg < 2:327916‑M1/68‑1 (MQ=255) ggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggcaggtccggcCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGTGCAAGTCTTGACTACTGTGGTGACCGCTGTGGGa > 1:58292‑M1/79‑148 (MQ=255) ggcgctgggtcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaaggtccggcCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAAGTCTTGACTACTGTGGTGACCGCTGTGGGAg > 1:327916‑M1/79‑148 (MQ=255) ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTcgc < 4:82282/84‑1 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGt < 5:157733/149‑1 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTgg > 3:192211/1‑135 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTgg < 4:192211/135‑1 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGccc < 1:318513/149‑1 (MQ=255) gatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaagggccggcCTCTTCGCggg > 2:323516‑M1/61‑71 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑Ct < 4:30738/121‑1 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑Ct > 3:30738/1‑121 (MQ=255) gtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGc < 2:210681/106‑1 (MQ=255) gtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGc > 1:210681/1‑106 (MQ=255) | ATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCC > NC_002947/1419411‑1419628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |