Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,495,650 | G→A | 13.7% | A27T (GCC→ACC) | mdeA → | methionine gamma‑lyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,495,650 | 0 | G | A | 13.7% | 121.0 / 9.6 | 51 | A27T (GCC→ACC) | mdeA | methionine gamma‑lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/21); new base A (2/5); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-02 |
GAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATGGCTTC > NC_002947/1495514‑1495798 | gAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATATCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCAc < 2:262732/149‑1 (MQ=255) aaaaaaTCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATTGCAAGCCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTGTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGAGCCTCTTTCCCATGGTGGAGCCCTGGTGccc > 6:72988/1‑146 (MQ=255) aaaaTCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCACCAGGGCGCCAccat < 6:25933/149‑3 (MQ=255) aaaTCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCACCAGGGCGCCAccatg < 8:119148/149‑4 (MQ=255) aaTCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGTGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGgtg > 2:133001/1‑149 (MQ=255) aTCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCACCAGGGCGCCAccat > 8:195945/1‑144 (MQ=255) aTCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCACCAGGGCGCCAccat < 7:195945/146‑3 (MQ=255) ggTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGc < 1:25471/147‑1 (MQ=255) tGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTAcc > 1:95275/1‑149 (MQ=255) aTAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGATGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTACCATGGTGGCGCCCAGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATg > 1:201829/1‑149 (MQ=255) tAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTAc < 8:168153/132‑1 (MQ=255) tAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTAc > 7:168153/1‑132 (MQ=255) gCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACt < 4:276493/149‑1 (MQ=255) gCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACt < 4:15614/149‑1 (MQ=255) cacaAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAg > 3:20400/1‑149 (MQ=255) cacaAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCACCAGGGCGCCAcc > 5:321929/1‑109 (MQ=255) cacaAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCACCAGGGCGCCAcc < 6:321929/109‑1 (MQ=255) caAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTa > 4:281424/1‑149 (MQ=255) agGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGt < 2:95275/149‑1 (MQ=255) gTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGc < 1:143556/122‑1 (MQ=255) gTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGc > 2:143556/1‑122 (MQ=255) gTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGa < 5:51757/137‑1 (MQ=255) gTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCACCACTGTCGa > 6:51757/1‑137 (MQ=255) ttGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGtgctgc < 3:204809/148‑1 (MQ=255) gCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGctgcctg > 2:320787/1‑149 (MQ=255) gcgACTCCCACCCCAACACCGGTTTTGCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGcc > 1:186367/1‑149 (MQ=255) aCTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCggg < 3:281424/149‑1 (MQ=255) tCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCgg > 5:100524/1‑146 (MQ=255) tCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCgg < 6:100524/146‑1 (MQ=255) caacaCCGGTTTTTCCACGTGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTg < 1:133001/149‑1 (MQ=255) acacCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTggg < 2:201829/149‑1 (MQ=255) gTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGa > 6:100027/1‑106 (MQ=255) gTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTAc < 7:271180/110‑1 (MQ=255) gTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTAc > 8:271180/1‑110 (MQ=255) ttCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTa < 6:155634/105‑1 (MQ=255) ttCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTa > 5:155634/1‑105 (MQ=255) aCGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCg > 6:349600/1‑149 (MQ=255) atGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACa > 8:232631/1‑129 (MQ=255) atGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACa < 7:232631/129‑1 (MQ=255) atGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACg < 4:20400/149‑1 (MQ=255) gCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTg > 4:42238/1‑149 (MQ=255) tGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGcc < 5:349600/148‑1 (MQ=255) aCCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTg > 1:226372/1‑149 (MQ=255) gCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGgga > 6:160770/1‑96 (MQ=255) cgcATGGTGGCGCCCTGGTGCGACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGagca < 2:186367/146‑1 (MQ=255) ccATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTcc > 2:271071/1‑121 (MQ=255) ccATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTcc < 1:271071/121‑1 (MQ=255) ccATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGagcagc > 7:213482/1‑149 (MQ=255) ccATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGagcagc > 1:319245/1‑149 (MQ=255) caccggtggCACCAGGGCGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGgga < 1:331843/86‑1 (MQ=38) tggtggCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCa < 8:213482/149‑1 (MQ=255) gcCCTGGTGCCACCTGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCGGCCTGCTTCGCCGGGGACGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATGGCTTc < 5:72988/149‑1 (MQ=255) gcCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTgg < 6:50720/133‑1 (MQ=255) gcCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTgg > 5:50720/1‑133 (MQ=255) | GAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATGGCTTC > NC_002947/1495514‑1495798 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |