Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,585,220 | G→C | 8.0% | intergenic (‑207/‑169) | PP_1388 ← / → PP_1389 | EmrB/QacA family drug resistance transporter/oxaloacetate decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,585,220 | 0 | G | C | 8.0% | 157.0 / 3.3 | 50 | intergenic (‑207/‑169) | PP_1388/PP_1389 | EmrB/QacA family drug resistance transporter/oxaloacetate decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/22); new base C (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 |
CTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTACAGGGGTCGGTAGTTACCGT > NC_002947/1585074‑1585365 | cTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGCGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGtt < 4:298300/149‑1 (MQ=255) tCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTg > 7:285594/1‑149 (MQ=255) ggATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGt < 7:276179/149‑1 (MQ=255) gTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAACCTGGTgc‑aa < 1:304998/148‑2 (MQ=255) tAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTgc‑agca > 7:237200/1‑149 (MQ=255) tAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAACCTGGTgc‑aag < 7:116403/148‑3 (MQ=255) aGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGcc > 2:147633/1‑149 (MQ=255) tAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGtt < 8:285594/149‑1 (MQ=255) ttCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGttttt > 1:305287/1‑148 (MQ=255) ccTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCa < 4:271597/148‑1 (MQ=255) aTGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTcc > 4:157436/1‑149 (MQ=255) tACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGc < 2:305287/148‑1 (MQ=255) tACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGc < 8:237200/148‑1 (MQ=255) tATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGtc > 4:212967/1‑149 (MQ=255) cATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTcc < 1:147633/146‑1 (MQ=255) cccTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATAtt > 1:259260/1‑114 (MQ=255) cccTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATAtt < 2:259260/114‑1 (MQ=255) cTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGATGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCttt > 8:142705/1‑149 (MQ=255) cTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCCGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGc > 7:262899/1‑133 (MQ=255) cTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCCGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGc > 7:258149/1‑133 (MQ=255) cTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCCGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGc < 8:258149/133‑1 (MQ=255) cTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCCGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGc < 8:262899/133‑1 (MQ=255) tGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTAt < 7:142705/149‑1 (MQ=255) cAAGATCGGCATTGGTGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTc > 2:325111/1‑149 (MQ=255) aaGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTcc > 7:153023/1‑149 (MQ=255) gATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCctc > 7:7932/1‑149 (MQ=255) ggCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTctgcc > 6:181263/1‑149 (MQ=255) cATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGa < 3:212967/149‑1 (MQ=255) cATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGa < 7:37532/149‑1 (MQ=255) cATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCa < 1:325111/148‑1 (MQ=255) cAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCa < 8:125673/144‑1 (MQ=255) cAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCa > 7:125673/1‑144 (MQ=255) ctgcATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGcc > 3:100297/1‑147 (MQ=255) ctgcATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCa < 5:181263/149‑1 (MQ=255) aTGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATg < 3:157436/149‑1 (MQ=255) gCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGc < 8:7932/148‑1 (MQ=255) tCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAAc < 8:153023/149‑1 (MQ=255) tATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAAcaggtcag > 6:71349/1‑149 (MQ=255) tGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTa > 8:66084/1‑148 (MQ=255) gAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTa > 3:149009/1‑147 (MQ=255) ccGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTa > 5:191886/1‑71 (MQ=255) ccGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTa < 6:191886/71‑1 (MQ=255) gctGCACCAACCTGGTGCAAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTACAGGGGTCgg > 3:75900/3‑147 (MQ=255) ctGCACCAACCTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTACAGGGGTCGGTAGt > 1:251097/2‑149 (MQ=255) gCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGAt > 2:292680/1‑131 (MQ=255) ccAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTgg > 8:294023/1‑107 (MQ=255) cAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCTGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTACAGGGGTCGGTAGTTACCGt < 2:108602/149‑1 (MQ=255) cAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTACAgg < 2:162087/133‑1 (MQ=255) cAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTACAgg > 1:162087/1‑133 (MQ=255) cAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTACAGGGGTCGGTAGTTACCGt > 4:301882/1‑149 (MQ=255) | CTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGC‑AGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGACGGTTGGAACAGGTCAGGTAGACCCGATTACAGGGGTCGGTAGTTACCGT > NC_002947/1585074‑1585365 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |