| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,921,550 | T→A | 13.8% | intergenic (+25/+36) | PP_1720 → / ← PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,921,550 | 0 | T | A | 13.8% | 128.4 / 12.7 | 58 | intergenic (+25/+36) | PP_1720/PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/24); new base A (6/2); total (32/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
CGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAG > NC_002947/1921403‑1921691 | cGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTa < 5:32551/149‑1 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGGCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:241680/149‑1 (MQ=255) cAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAgg‑gg < 7:193649/149‑1 (MQ=255) tGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCgg < 4:104945/149‑1 (MQ=255) ggTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTAGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGc > 5:240471/1‑149 (MQ=255) acacCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑Gc > 3:208622/1‑149 (MQ=255) acacCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑Gc > 3:285147/1‑149 (MQ=255) acacCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑Gc > 7:236737/1‑149 (MQ=255) cacCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAgg‑g < 6:208708/137‑1 (MQ=255) tGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCt < 8:236737/149‑1 (MQ=255) ggAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCtt < 3:86932/149‑1 (MQ=255) tcgTTTGCCCCGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCCGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTACGGGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTc < 4:285147/147‑1 (MQ=255) taGTTTGCCCAGGCGGCTTATGCCGAGATGGAGACCAACCAGGTGTCGGGAAAGCTGGTGATGTTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGTTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTc < 4:200636/148‑1 (MQ=255) gTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTcag > 3:45603/1‑149 (MQ=255) gTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTAGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTc > 3:200636/1‑147 (MQ=255) tttGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTcagc > 7:255265/1‑149 (MQ=255) cccAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTcagctcc < 6:309959/148‑1 (MQ=255) cccAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTcagctc > 7:192646/1‑147 (MQ=255) ccAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGTGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTcagctccag > 1:4715/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGaa < 5:136785/113‑1 (MQ=255) ccAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGaa > 6:136785/1‑113 (MQ=255) tATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCg < 8:192646/149‑1 (MQ=255) tGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACACGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGc > 3:68050/1‑149 (MQ=255) ccGAGCTGGATACAACCCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGcc < 8:255265/148‑1 (MQ=255) tgAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCAc > 2:96484/2‑149 (MQ=255) cGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCAc < 4:208622/149‑1 (MQ=255) gagaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCgg > 1:303059/1‑138 (MQ=255) gagaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGa > 4:334041/1‑149 (MQ=255) gagaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGa > 4:344184/1‑149 (MQ=255) gagaCCAACATGGTGTGGGGCAAGGTGGTGATGTTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTGGCGGGTTTACCGGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCgg < 2:303059/138‑1 (MQ=255) gaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAgg‑gg > 6:2232/1‑93 (MQ=255) caGGTGGCGGGCATGCTGGTGATGGTGATCGCCCCTAGCCGGGTGAAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCAt < 8:138264/149‑1 (MQ=255) gtCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTcg > 7:27444/1‑149 (MQ=255) tCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGTGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTcgc < 2:4715/149‑1 (MQ=255) cGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTcgcg < 3:334041/149‑1 (MQ=255) gggCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTcagctccagctc > 4:151647/1‑113 (MQ=255) gggCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTcagctccagctc < 3:151647/113‑1 (MQ=255) ggCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCATCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCATCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCCGCAAGCTcgccc > 4:131610/1‑146 (MQ=255) gCAAGGTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCaa < 3:131610/149‑1 (MQ=255) cGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGc < 8:188617/122‑1 (MQ=255) cGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGc > 7:188617/1‑122 (MQ=255) aCCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGAGGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTcacca > 1:91706/1‑149 (MQ=255) cTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCgg > 5:103051/1‑95 (MQ=255) ccTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCCCCCATTGATGTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTGACCACATGCcgg > 8:224239/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCggg > 2:63300/1‑149 (MQ=255) tGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGt < 4:163602/127‑1 (MQ=255) tGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGt > 3:163602/1‑127 (MQ=255) tgtAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATc < 2:91706/149‑1 (MQ=255) aGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCATCACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCAct < 1:63300/149‑1 (MQ=255) gCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTcaacaa < 8:27444/147‑1 (MQ=255) cccTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCaacaacaac > 8:238655/1‑149 (MQ=255) ccTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGG‑GGCCAGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACg > 5:3105/1‑149 (MQ=255) ccTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGG‑GGCCAGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACg > 1:122524/1‑149 (MQ=255) cTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACAGGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACg > 1:47626/1‑149 (MQ=255) cTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCggg > 6:298248/1‑111 (MQ=255) cTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCggg < 5:298248/111‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 6:269504/1‑148 (MQ=255) cgGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAg > 4:306812/1‑148 (MQ=255) | CGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGG‑GGCCGGCACA‑GCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAG > NC_002947/1921403‑1921691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |