Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,946,536 | T→A | 6.3% | intergenic (‑65/+19) | PP_1747 ← / ← PP_1748 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,946,536 | 0 | T | A | 6.3% | 189.4 / 2.5 | 63 | intergenic (‑65/+19) | PP_1747/PP_1748 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/29); new base A (2/2); total (32/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 |
TCAGTGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCTGGC > NC_002947/1946392‑1946680 | tCAGTGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTg > 6:313790/1‑148 (MQ=255) gTGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGc < 6:336472/149‑1 (MQ=255) tCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CTGCAAAGCGGCCCCaac < 1:89489/149‑2 (MQ=255) gcgGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAgg < 1:136255/148‑1 (MQ=255) cTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGtt > 8:326897/1‑149 (MQ=255) cTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGtt > 3:288052/1‑149 (MQ=255) tCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGtt > 1:197960/1‑149 (MQ=255) tCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGttt > 2:76450/1‑149 (MQ=255) cAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTc > 5:148826/1‑149 (MQ=255) aaTCAGGCGGGTCAGGGTTTCGTCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTc < 7:107881/148‑1 (MQ=255) aaTCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGttt < 4:288052/147‑1 (MQ=255) aaTCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTcc < 2:197960/149‑1 (MQ=255) aGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGAc > 8:115236/1‑148 (MQ=255) aGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGAc > 3:107879/1‑148 (MQ=255) ggCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTcc > 3:256826/1‑144 (MQ=255) ggCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTcc < 4:256826/144‑1 (MQ=255) cGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAgg < 7:326897/149‑1 (MQ=255) gggTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCa > 3:247185/1‑149 (MQ=255) tttCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGAc > 8:130441/1‑135 (MQ=255) tttCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGAc < 7:130441/135‑1 (MQ=255) cGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGcc < 5:313790/148‑1 (MQ=255) aaTTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCcgc > 2:182970/1‑149 (MQ=255) aaTTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGCGCGGTGTCTGAAATAGGTATCGGCATGCTACGCGATACATTCGAGGTCTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCATGGCCGTTTAGCCTTTCTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCcgc > 2:182972/1‑149 (MQ=255) tAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCtt < 7:115236/149‑1 (MQ=255) gggATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTc > 8:198432/1‑148 (MQ=255) aGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTg < 4:107879/148‑1 (MQ=255) gCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTgc < 4:121582/148‑1 (MQ=255) gCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTgc > 3:121582/1‑148 (MQ=255) gTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATc < 6:148826/148‑1 (MQ=255) gTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATc < 7:198432/148‑1 (MQ=255) gTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCg > 2:336289/1‑149 (MQ=255) gggCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGc < 1:76450/149‑1 (MQ=255) ggTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTc > 3:281080/1‑147 (MQ=255) gtgtCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGGAGCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTc > 1:261934/1‑147 (MQ=255) tGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATc < 1:81187/135‑1 (MQ=255) tGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATc > 2:81187/1‑135 (MQ=255) tGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTATAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCttt < 6:325981/122‑1 (MQ=255) tGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTATAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCttt > 5:325981/1‑122 (MQ=255) gTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAg > 2:79037/1‑149 (MQ=255) 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> 1:290484/1‑149 (MQ=255) gAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGc > 4:275897/1‑49 (MQ=255) gAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCtggtgg < 3:151536/126‑1 (MQ=255) gAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCtggtgg > 4:151536/1‑126 (MQ=255) aaaCATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGt > 3:187723/1‑145 (MQ=255) aaaCATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGt < 4:187723/145‑1 (MQ=255) gAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGc > 1:241543/1‑143 (MQ=255) gAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGc < 2:241543/143‑1 (MQ=255) aGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGc < 2:261934/149‑1 (MQ=255) gcccttGGGG‑CTGCAAAGCGGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGc > 1:13846/5‑148 (MQ=255) ccttGGGG‑CTGCAAAGCGGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTgg > 7:231359/3‑138 (MQ=255) ccttGGGG‑CTGCAAAGCGGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTgg < 8:231359/136‑1 (MQ=255) gtTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTGGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAAt > 1:109725/1‑149 (MQ=255) gtTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCaa < 3:297261/125‑1 (MQ=255) gtTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCaa > 4:297261/1‑125 (MQ=255) ggg‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCt < 2:290484/149‑1 (MQ=255) gg‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCTg < 4:247185/149‑1 (MQ=255) g‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCTgg < 2:109725/149‑1 (MQ=255) cGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCTGGc > 4:316862/1‑148 (MQ=255) | TCAGTGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTT‑GCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACATTCGAGGTGTTGGGG‑CCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCTGGC > NC_002947/1946392‑1946680 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |