Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,029,783 | G→A | 8.1% | G508D (GGC→GAC) | wbpM → | polysaccharide biosynthesis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,029,783 | 0 | G | A | 8.1% | 137.5 / 2.1 | 49 | G508D (GGC→GAC) | wbpM | polysaccharide biosynthesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/20); new base A (2/2); total (27/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 |
CCAAGCGTCTTTCCGAGTTGATTCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACTGGTGGTTCAGGCAGGGGCGATGGGGCAGG > NC_002947/2029651‑2029929 | ccAAGCGTCTTTCCGAGTTGATTCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGt < 8:209401/148‑1 (MQ=255) cAAGCGTCTTTCCGAGTTGATTCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGa > 5:146552/1‑149 (MQ=255) ggcTTTCCGAGTTGATTCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGGGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCg < 7:118683/147‑1 (MQ=255) gTCTTTCCGAGTTGATTCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCg < 7:237097/149‑1 (MQ=255) gAGTTGATTCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGTTCCCGTTGTTCca < 6:146552/149‑1 (MQ=255) aTTCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGACTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAg > 8:240882/1‑147 (MQ=255) ttCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCctct < 5:99920/119‑1 (MQ=255) ttCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCctct > 6:99920/1‑119 (MQ=255) tAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGt > 5:286058/1‑149 (MQ=255) aGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAg > 2:93051/1‑141 (MQ=255) aGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAg < 1:93051/141‑1 (MQ=255) ccGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACaa < 6:114542/129‑1 (MQ=255) ccGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACaa > 5:114542/1‑129 (MQ=255) ccGAGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGcc > 5:62858/1‑149 (MQ=255) cgcgAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGcc > 3:156690/1‑148 (MQ=255) gcgAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGccc > 4:298910/1‑148 (MQ=255) cACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGACTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGtt < 7:240882/149‑1 (MQ=255) ccGTCATGTACGGTGACAGCAGGAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTacc > 7:54050/1‑149 (MQ=255) aTGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCGCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTacccacc < 6:62858/148‑1 (MQ=255) tGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGGTACCCACCCGAAGATTa > 7:117592/1‑149 (MQ=255) agcaAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTa > 4:144061/1‑149 (MQ=255) 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aaCCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTAAGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATACCCGAACCCg > 8:127919/1‑149 (MQ=255) gCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCaa > 4:277976/1‑149 (MQ=255) ttCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAg > 1:37695/1‑139 (MQ=255) ttCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAg < 2:37695/139‑1 (MQ=255) cACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACtgg < 8:117592/149‑1 (MQ=255) ccATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACtggtg < 3:144061/149‑1 (MQ=255) cATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACtggtgg < 3:298910/149‑1 (MQ=255) cATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCCTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACtggtgg > 8:95850/1‑149 (MQ=255) tGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACTGGTGGTTcag > 1:18955/1‑149 (MQ=255) gcgcTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTAc < 4:42963/102‑1 (MQ=255) gcgcTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTAc > 3:42963/1‑102 (MQ=255) 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tgtgCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCCTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACTGGTGGTTCAGGCAGGGGCGATgg < 7:95850/149‑1 (MQ=255) atcgttggCTCATCTGGCTCTTTGATCCCGTTGTTCCACAAGCATATCAAGGCCGGGGGCCCAATTACGGTTAGCCACCCGAAGATTTCCCTCTATTTCATGACTATCCCAGAATCCGCTCAACTGGTGGTTCAGGCAGGGGCGATggg < 7:151045/143‑1 (MQ=255) tgCGGGGCTCCTCTGGCTCGGGGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGCGCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGGTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACTGGTGGTTCAGGCAGGGGCGATgggg < 8:283735/149‑1 (MQ=255) tGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGc > 7:247309/1‑115 (MQ=255) tGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGc < 8:247309/115‑1 (MQ=255) tGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACTGGTGGTTCAGGCAGGGGCGATGGGGCAg > 1:25405/1‑149 (MQ=255) gggCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACTGGTGGTTCAGGCAGGGGCGATGGGGCAgg > 7:171145/1‑149 (MQ=255) ggCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACTGGTGGTTCAGGCAGGGGCGATGGGGCAgg < 2:18955/148‑1 (MQ=255) | CCAAGCGTCTTTCCGAGTTGATTCTGCAAGCACTAAGCCGCGAGGCGGCACCCGTCATGTACGGTGACAGCAGCAAGATCGCCCGGGTGAACAAAACCCGCTTCACCATGGTGCGCTTTGGCAATGTGCTGGGCTCCTCTGGCTCGGTGATCCCGTTGTTCCACAAGCAGATCAAGGCCGGTGGCCCAATTACGGTTACCCACCCGAAGATTACCCGCTATTTCATGACTATCCCCGAAGCCGCTCAACTGGTGGTTCAGGCAGGGGCGATGGGGCAGG > NC_002947/2029651‑2029929 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |