Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,072,927 | T→C | 10.4% | I161V (ATC→GTC) | PP_1847 ← | TonB‑dependent ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,072,927 | 0 | T | C | 10.4% | 123.0 / 6.1 | 48 | I161V (ATC→GTC) | PP_1847 | TonB‑dependent ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/18); new base C (2/3); total (27/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 |
TTCATGGGCCAGGTTGGCGCGCAGGCCGAACTGCTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATGCGGTAGCTACTGGCGGCGTTCAG > NC_002947/2072781‑2073068 | ttCATGGGCCAGGTTGGCGCGCAGGCCGAACTGCTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATc > 7:21686/1‑148 (MQ=255) ggCGCGCAGGCCGAACTGCTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTcc < 7:173253/148‑1 (MQ=255) ccGAACTGCTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGc < 6:156299/145‑1 (MQ=255) ccGAACTGCTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGc > 5:156299/1‑145 (MQ=255) cGAACTGCTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGATCAACTATGTGACCAAgcg < 4:2703/127‑2 (MQ=255) cGAACTGCTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGATCAACTATGTGACCAAgcg > 3:2703/1‑126 (MQ=255) gAACTGCTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCt < 8:21686/149‑1 (MQ=255) cTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGcc > 2:108698/1‑149 (MQ=255) cTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGcc > 2:228159/1‑149 (MQ=255) gCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGa > 4:74796/1‑147 (MQ=255) gCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGAGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGa > 8:36418/1‑147 (MQ=255) cTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAg > 1:268060/1‑149 (MQ=255) tGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCaa < 4:234948/109‑1 (MQ=255) tGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCaa > 3:234948/1‑109 (MQ=255) tGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAgg > 4:178543/1‑149 (MQ=255) gAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCG‑GCTTGATCAACTATGTGACCAAgcgcgc > 3:329475/1‑106 (MQ=37) gAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCG‑GCTTGATCAACTATGTGACCAAgcgcgc < 4:329475/110‑5 (MQ=37) cAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAg < 2:268060/149‑1 (MQ=255) aGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAg > 4:9775/1‑148 (MQ=255) cgccAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCgg > 6:253749/1‑120 (MQ=255) cgccAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGccc < 1:215048/130‑1 (MQ=255) cgccAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGccc > 2:215048/1‑130 (MQ=255) cAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAg > 6:168080/1‑142 (MQ=255) cAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAg < 5:168080/142‑1 (MQ=255) cGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACctgc < 3:9775/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCtgctgc < 3:178543/149‑1 (MQ=255) gTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGttt‑t > 1:330566/1‑149 (MQ=255) gTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGttt > 4:285034/1‑148 (MQ=255) gCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGTCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCa < 3:285034/149‑1 (MQ=255) ttCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTAcc > 4:264896/1‑130 (MQ=255) ttCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTAcc < 3:264896/130‑1 (MQ=255) gTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGGGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTcc > 3:163933/1‑149 (MQ=255) tCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCg < 3:74796/149‑1 (MQ=255) gATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAg > 2:285898/1‑83 (MQ=255) gTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCAAATAGTTTATCAAGC‑CGCCCGGCTCCTACACGCCGGTCTGCCTCCGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAAt < 1:108698/149‑1 (MQ=255) aCGCTGCGTATGTCTTCGGGGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCt < 4:163933/148‑1 (MQ=255) cGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTTCTCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTg < 1:228159/149‑1 (MQ=255) tGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCt > 7:148044/1‑126 (MQ=255) tGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCt < 8:148044/126‑1 (MQ=255) gCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACatgc > 2:177168/1‑100 (MQ=255) tGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATg > 3:198390/1‑149 (MQ=255) ggCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATGCGGTAGc < 7:36418/149‑1 (MQ=255) ggCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATGCGGTAGc > 8:32418/1‑149 (MQ=255) ggTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑CCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATGCGGTAGCTACTggcgg > 4:90334/1‑149 (MQ=255) acaTAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATGCGGTAGCTACTGGCGGCGtt > 8:268765/1‑149 (MQ=255) tgtGACCAAGCGCGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATGCGGTAGCTACTGGCGGCGTTCAg < 4:327795/146‑1 (MQ=255) gTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATGCGGTAGCTACTGGCGGCGtt > 1:81569/1‑144 (MQ=255) gTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATGCGGTAGCTACTGGCGGCGtt < 2:81569/144‑1 (MQ=255) | TTCATGGGCCAGGTTGGCGCGCAGGCCGAACTGCTTTTCGCTGCCGAACCAGCCGCCAAGGTCGGTGGCCAGGTAGCGTTCGCCCTGTTCGTTGGTCGATACCGTGACGCTGCGTATGTCTTCGGCGCGCTTGGTCACATAGTTGATCAAGC‑CGCCCGGCTCCGACACGCCGGTCTG‑‑‑CAGCCCGGACAGGCCCTTGAGCAATTCTACCTGCTGCTTGTTT‑TCCAGGGCTACGTTCTGCTCTCCGGCAATGGTCTGGCCATTGATGCGGTAGCTACTGGCGGCGTTCAG > NC_002947/2072781‑2073068 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |