| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,134,271 | A→C | 9.5% | intergenic (‑37/+32) | PP_1892 ← / ← fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,134,271 | 0 | A | C | 9.5% | 189.2 / 10.6 | 63 | intergenic (‑37/+32) | PP_1892/fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/27); new base C (4/2); total (34/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
AGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTG > NC_002947/2134128‑2134416 | aGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGTGCGGAGtata < 8:29617/149‑1 (MQ=255)aGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGtata > 6:93275/1‑149 (MQ=255)aGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGtata < 5:95125/149‑1 (MQ=255)aGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGtata < 3:7697/149‑1 (MQ=255)aGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGtata < 3:2879/149‑1 (MQ=255) tcttctGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAACCGGGGGGCGGCGTATACTCCGcccccc < 2:120932/148‑1 (MQ=255) ctGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTtc > 2:243114/1‑149 (MQ=255) ctctgctTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATAcgc > 6:359124/1‑126 (MQ=255) ctctgctTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATAcgc < 5:359124/126‑1 (MQ=255) tgctTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGt < 1:243114/147‑1 (MQ=255) cccAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCAcc < 6:90102/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCtt < 5:93275/149‑1 (MQ=255) caGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGcc > 1:152277/1‑143 (MQ=255) caGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTAc > 6:301908/1‑149 (MQ=255) tGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACgg < 2:20738/143‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACgg > 1:20738/1‑143 (MQ=255) ggAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGt > 2:219664/1‑149 (MQ=255) cAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGaa < 5:64070/149‑1 (MQ=255) ttGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCg > 2:217981/1‑118 (MQ=255) ttGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCg < 1:217981/118‑1 (MQ=255) cAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGcatc < 7:318816/149‑1 (MQ=255) gTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGATATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGcatcga > 2:170349/1‑148 (MQ=255) gATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGcatcgacat > 1:97190/1‑149 (MQ=255) gATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGcatcgaca > 1:154316/1‑148 (MQ=255) atTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAAC‑GGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGAt > 5:45679/1‑149 (MQ=255) tCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGAt > 8:117054/1‑148 (MQ=255) ccAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATc < 2:154316/148‑1 (MQ=255) aGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTgc > 8:228021/1‑149 (MQ=255) gggTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAACGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTg < 7:282539/119‑1 (MQ=255) gggTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAAGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTg > 8:282539/1‑119 (MQ=255) ggTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGcc > 2:105214/1‑149 (MQ=255) ttGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGcc > 1:185378/1‑147 (MQ=255) ggCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTgc < 7:63055/142‑1 (MQ=255) ggCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTgc > 8:63055/1‑142 (MQ=255) gCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGc < 1:219664/148‑1 (MQ=255) gCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGc < 5:301908/148‑1 (MQ=255) aTGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCa < 5:2919/73‑1 (MQ=255) aTGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCa > 6:2919/1‑73 (MQ=255) 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gCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTg < 2:97190/148‑1 (MQ=255) gAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCa > 1:74742/1‑149 (MQ=255) aCGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCAtcg > 7:258293/1‑149 (MQ=255) cGGGGGGCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCAtcgt > 6:166035/1‑149 (MQ=255) cGGGGGGCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCAtcgt > 8:199630/1‑149 (MQ=255) cGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCAtcgt < 6:126838/149‑1 (MQ=255) ggggggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCa > 5:241262/1‑144 (MQ=255) ggggggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCa < 6:241262/144‑1 (MQ=255) ggggCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCAtcgtc < 7:247114/147‑1 (MQ=255) ggggCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCAtcgtc > 8:247114/1‑147 (MQ=255) ggggCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCgg > 4:341738/1‑149 (MQ=255) gggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCggg < 2:74742/149‑1 (MQ=255) gCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGtt < 6:45679/149‑1 (MQ=255) ggAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTg > 3:58113/1‑148 (MQ=255) | AGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTG > NC_002947/2134128‑2134416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |