| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 247,111 | A→G | 5.5% | N430S (AAC→AGC) | yheS → | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 247,111 | 0 | A | G | 5.5% | 208.0 / 2.6 | 73 | N430S (AAC→AGC) | yheS | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/41); new base G (2/2); total (29/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
CCAGCTGGACTCGCTGGACGACAAGGCCAGCCCCCTGCTGCACTTGCAGCGCATCGCCCCTACCGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTT > NC_002947/246971‑247250 | gtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTtc > 4:1925‑M1/65‑145 (MQ=255)gtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTtc < 3:1925‑M1/81‑1 (MQ=255) tttgtcaaggctctctagatccctgcgcccttctacgaatttcgcgtgttttgacagaggctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGTCTTCCATTTTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCg > 4:17810‑M1/64‑148 (MQ=255) caagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGc < 4:228858‑M1/90‑1 (MQ=255) ctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAg > 7:148186‑M1/54‑149 (MQ=255) tctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAgg > 7:10013‑M1/51‑147 (MQ=255) ctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGccc < 1:166035‑M1/100‑1 (MQ=255) tagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAGGGCCCg < 6:168809‑M1/101‑1 (MQ=255) gatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGccc > 1:281162‑M1/47‑146 (MQ=255) tccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTg < 1:186094‑M1/105‑1 (MQ=255) cctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTtctc < 8:243806‑M1/83‑1 (MQ=255) cctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTtctc > 7:243806‑M1/43‑125 (MQ=255) cctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGccc > 6:276713‑M1/43‑142 (MQ=255) cctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGccc > 2:265871‑M1/43‑142 (MQ=255) cctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGccc < 1:265871‑M1/100‑1 (MQ=255) cctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGccc < 5:276713‑M1/100‑1 (MQ=255) ctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAAc > 4:285237‑M1/42‑119 (MQ=255) ccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑cgcg < 5:75347‑M1/114‑1 (MQ=255) ttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCt < 1:65013‑M1/116‑1 (MQ=255) aacgcatttcgcgtgttttcacagagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCGATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGa > 4:242472‑M1/31‑148 (MQ=255) acgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGAtt > 6:75347‑M1/30‑149 (MQ=255) acgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGAtt < 4:318504‑M1/120‑1 (MQ=255) cgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTg > 4:342391‑M1/29‑145 (MQ=255) cgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTg < 3:342391‑M1/117‑1 (MQ=255) atttcgcgtgttttcacacagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCt < 7:3208‑M1/124‑1 (MQ=255) 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acagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACctg < 2:48856‑M1/141‑1 (MQ=255) acagcctgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACctg < 2:17957‑M1/141‑1 (MQ=255) tACCGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACTGTCCTTGGCGGCTTCGAATTCCATGTTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGCCGAAAAGCCCCGCCTGCCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACctgctg > 1:26782/1‑149 (MQ=255) tgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACctgctgctg < 2:163899‑M1/147‑1 (MQ=255) tgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACctgctgctg < 4:43419‑M1/147‑1 (MQ=255) tgGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACctgctgctg < 5:260645‑M1/147‑1 (MQ=255) aGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTc < 1:48856/149‑1 (MQ=255) cGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTcga < 2:65013/149‑1 (MQ=255) gCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGCTTGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGaa > 1:82619/1‑149 (MQ=255) gCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGc < 4:279766/94‑1 (MQ=255) gCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGc > 3:279766/1‑94 (MQ=255) 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cTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCt < 3:43419/149‑1 (MQ=255) ggcggcTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTg < 6:260645/147‑1 (MQ=255) ttCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAGCTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTcgac > 8:92709/1‑117 (MQ=255) ttCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAGCTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTcgac < 7:92709/117‑1 (MQ=255) ttCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAGCTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTcgac > 6:141081/1‑117 (MQ=255) ttCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAGCTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTcgac < 5:141081/117‑1 (MQ=255) ttCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGACGCCACCAACCCCCCAACCCCCGAGAACAGGAAATGc > 1:116370/1‑149 (MQ=255) cGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGt < 8:3208/148‑1 (MQ=255) cTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTgg < 2:82619/149‑1 (MQ=255) ttCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGgc > 5:229930/1‑149 (MQ=255) ccATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGgc < 2:166035/147‑1 (MQ=255) ccATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGgc < 1:195002/147‑1 (MQ=255) gTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGAc < 6:229930/148‑1 (MQ=255) cccTC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATg < 8:264190/149‑1 (MQ=255) cccGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATg < 1:163899/149‑1 (MQ=255) gggC‑TGCGACGAGCCGGTGGGTATCTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCTCT‑CGCGATGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑GTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGTCGCTGACCATgg < 2:116370/147‑1 (MQ=255) tGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCtt > 7:13439/1‑149 (MQ=255) gaGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGa < 8:13439/149‑1 (MQ=255) cGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGttt < 2:26782/149‑1 (MQ=255) gtTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGa > 6:205561/1‑56 (MQ=255) gtTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGa < 5:205561/56‑1 (MQ=255) aaCTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACTCCGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACctgct < 1:222877/69‑1 (MQ=255) aaCTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACctgct > 2:222877/1‑68 (MQ=255) | CCAGCTGGACTCGCTGGACGACAAGGCCAGCCCCCTGCTGCACTTGCAGCGCATCGCCCCTACCGAGCGTGAGCAGACGCTGCGCGACT‑TCCTTGGCGGCTTCGACTTCCATGGTGCCCGC‑TGCGACGAGCCGGTGGTTAACTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACT‑CGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTG‑CTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTT > NC_002947/246971‑247250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |