| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,396,280 | G→A | 5.4% | A1126V (GCC→GTC) | PP_2100 ← | two‑component system sensor protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,396,280 | 0 | G | A | 5.4% | 406.9 / 6.3 | 129 | A1126V (GCC→GTC) | PP_2100 | two‑component system sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/60); new base A (2/5); total (64/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GGGCAGTGGGCAAGTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGG > NC_002947/2396134‑2396426 | gggCAGTGGGCAAGTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGc > 3:25401/1‑148 (MQ=255) cAGTGGGCAAGTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAgg > 3:299665/1‑149 (MQ=255) ggCAAGTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGc < 6:118678/149‑1 (MQ=255) ggCAAGTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGc < 2:208300/149‑1 (MQ=255) ggCAAGTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGGCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCACCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGc < 6:194735/149‑1 (MQ=255) gCAAGTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGcc > 5:174483/1‑149 (MQ=255) gCAAGTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGcc > 2:254141/1‑149 (MQ=255) gTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGaa < 6:268741/149‑1 (MQ=255) 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gCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTgg > 6:62985/1‑119 (MQ=255) gCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTgg < 5:62985/119‑1 (MQ=255) gCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTggcg < 5:285782/148‑1 (MQ=255) cGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCgg > 2:271419/1‑81 (MQ=255) cGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTggcggc < 7:316468/149‑1 (MQ=255) gAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCggg > 1:267753/1‑149 (MQ=255) aaGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGc < 4:25401/149‑1 (MQ=255) agagcCTT‑CAGGCC‑GACCTGGCCAGCCTGATGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTAAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGc > 5:170609/4‑148 (MQ=255) gcgcCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTcc < 8:121445/104‑1 (MQ=255) gcgcCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTcc > 7:121445/1‑104 (MQ=255) gagcCTT‑CAGGCC‑GACCTGGCCAGCCTGATGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCg > 3:341109/3‑148 (MQ=255) gcCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAAt < 7:132351/149‑1 (MQ=255) gcCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAAt < 4:202186/149‑1 (MQ=255) cctt‑CAGGCC‑GACCTGGCCAGCCTGATGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAAt < 4:341109/145‑1 (MQ=255) cAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACggcggc < 1:68165/90‑1 (MQ=255) cAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACggcggc > 2:68165/1‑90 (MQ=255) aT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATgcc > 8:312584/1‑149 (MQ=255) t‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATgcca < 6:325856/149‑1 (MQ=255) 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gCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAgg < 5:252690/147‑1 (MQ=255) | GGGCAGTGGGCAAGTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCT‑GGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGG > NC_002947/2396134‑2396426 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |