| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 247,254 | G→T | 7.5% | G478C (GGT→TGT) | yheS → | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 247,254 | 0 | G | T | 7.5% | 167.7 / 4.2 | 53 | G478C (GGT→TGT) | yheS | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/24); new base T (2/2); total (27/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
CTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACTCGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTG‑GAGGACTACAGCCGCTGGCTGGTCGAGTACC > NC_002947/247112‑247389 | cTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACTCGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAg > 8:173493/1‑149 (MQ=255) ctcCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACTCGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAgt < 1:17957/147‑1 (MQ=255) ctcCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACTCGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTACCGGTGCAgtg < 7:117779/148‑1 (MQ=255) gTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACTCGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAgtggtggtg < 1:163836/149‑1 (MQ=255) ccTGGCACTCGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGt > 8:267844/1‑148 (MQ=255) gcgcTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTc < 7:173493/147‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCaa < 7:267844/149‑1 (MQ=255) gcTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGCCCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCaa > 6:116848/1‑147 (MQ=255) aTTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTc > 6:222977/1‑141 (MQ=255) aTTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTc < 5:222977/141‑1 (MQ=255) gCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACt > 6:140095/1‑149 (MQ=255) gCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGGCCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGCTGGTGCTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTc > 4:161201/1‑148 (MQ=255) cAAACCTGATGATGCTCGACGATCCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGTGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGACACACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTAct > 2:217085/1‑148 (MQ=255) ccTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCtgg < 5:140095/149‑1 (MQ=255) ctgctgctgCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCCCAAGAGCACCACtga < 7:300361/134‑1 (MQ=255) ctgctgctgCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCCCAAGAGCACCACtga > 8:300361/1‑134 (MQ=255) ctgctCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGa > 7:281107/1‑149 (MQ=255) tCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACgg > 2:164790/1‑148 (MQ=255) tCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACgg > 4:219533/1‑148 (MQ=255) gacgaACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTg > 5:55852/1‑73 (MQ=255) gacgaACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTg < 6:55852/73‑1 (MQ=255) gacgaACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAaga < 5:324096/112‑1 (MQ=255) gacgaACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAaga > 6:324096/1‑112 (MQ=255) gaACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGt > 3:262045/1‑149 (MQ=255) aaCCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAgg > 2:204163/1‑147 (MQ=255) aaCCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAgg < 1:204163/147‑1 (MQ=255) aCCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCTGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTc > 2:30748/1‑148 (MQ=255) aCCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCTGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTc > 4:4980/1‑148 (MQ=255) gACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATGCACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGac < 1:217085/149‑1 (MQ=255) ccaccTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCctgc > 4:53513/1‑119 (MQ=255) ccaccTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCctgc < 3:53513/119‑1 (MQ=255) ccTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACg > 6:188712/1‑149 (MQ=255) cTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACgg > 1:59580/1‑149 (MQ=255) gATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTg < 5:188712/148‑1 (MQ=255) gAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGGATTGGAGGTGTTTGGCGGTGGTGTGGTTGTTGTGTCCCACGACCGTCATTTGATCAAGTGCACCAGTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACTGTTACCt < 8:281107/146‑1 (MQ=255) gAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACtgat > 8:84805/1‑96 (MQ=255) gAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACtgat < 7:84805/96‑1 (MQ=255) gAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGAc < 3:219533/144‑1 (MQ=255) gAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTg‑ga < 1:164790/149‑1 (MQ=255) gAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCAACACCTTCGACGGTGACCTg < 4:262045/147‑1 (MQ=255) aaaTGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCTGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTg‑gag < 3:4980/149‑1 (MQ=255) aaaTGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCTGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTg‑gag < 1:30748/149‑1 (MQ=255) aaaTGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTg‑gag < 3:318504/149‑1 (MQ=255) gTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGTAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTG‑GAGGACTa > 1:9700/1‑148 (MQ=255) gTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCgt > 2:252990/1‑108 (MQ=255) ggCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACt > 4:310862/1‑89 (MQ=255) ggCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACt < 3:310862/89‑1 (MQ=255) gcTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTG‑GAGGACTACAGCCgct > 8:122820/1‑149 (MQ=255) aTGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTG‑GAGGACTACAGCCGCTGGCTGGt > 2:212377/1‑149 (MQ=255) tGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTG‑GAGGACTACAGCCGCTGGCTGGTc < 5:116848/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCt > 5:302474/1‑123 (MQ=255) ggCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCt < 6:302474/123‑1 (MQ=255) acgAGTTTGGCGTTTCACTGGGGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTTATT‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGAAGGCAATGTCGACACCTTCGACGGTGACCTGAGAGGACTACAGCCGCTGGCTGGTCGAGTAcc < 1:212377/146‑1 (MQ=255) | CTTCTCCGGTGGCGAAAAGGCCCGCCTGGCACTCGCGCTGATTGCCTGGGAGCGGCCAAACCTGCTGCTGCTCGACGAACCGACCAACCACCTCGATCTGGAAATGCGTCTGGCGCTGACCATGGCCTTGCAGGAGTTTGCCGGTGCAGTGGTGGTGGTGTCCCACGACCGTCATTTGCTCAAGAGCACCACTGATG‑ACTTCCTGCTGGTGGCCGACGGCAAGGTCGACACCTTCGACGGTGACCTG‑GAGGACTACAGCCGCTGGCTGGTCGAGTACC > NC_002947/247112‑247389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |