| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,396,295 | A→T | 5.7% | L1121H (CTT→CAT) | PP_2100 ← | two‑component system sensor protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,396,295 | 0 | A | T | 5.7% | 388.6 / 8.7 | 122 | L1121H (CTT→CAT) | PP_2100 | two‑component system sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/58); new base T (2/5); total (59/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGGCGCTGGCTGAGGG > NC_002947/2396147‑2396439 | tccgatcTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCCGGCCAGGTCGGCCTGAAg < 1:317049/141‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGaa < 6:278975/146‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGaa > 5:278975/1‑146 (MQ=255) gCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCTTCCAGGCCGACCTGGCCAGCCTGATGGcgc < 1:15669/148‑3 (MQ=255) gCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGctc < 6:174483/147‑1 (MQ=255) gCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTg < 8:210742/149‑1 (MQ=255) ccTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCTT‑CAGGCCGACCTGGCCAGCCTGATGGcgcttc < 5:38600/149‑3 (MQ=38) cTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGaa > 4:35531/1‑140 (MQ=255) cTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGaa < 3:35531/140‑1 (MQ=255) cTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGt < 7:11543/149‑1 (MQ=255) tCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTg > 5:97811/1‑149 (MQ=255) cGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTg > 8:132351/1‑148 (MQ=255) aGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGaa < 4:321842/136‑1 (MQ=255) aGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGaa > 3:321842/1‑136 (MQ=255) gCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGt > 6:83081/1‑149 (MQ=255) acaGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTcc < 3:243064/148‑1 (MQ=255) acaGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTc > 3:226064/1‑147 (MQ=255) gccATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAgcg < 7:138505/149‑1 (MQ=255) aTCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAgc < 6:36173/145‑1 (MQ=255) gtcaggGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGt > 4:85088/1‑149 (MQ=255) tcaggGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTg > 2:254082/1‑119 (MQ=255) tcaggGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTg < 1:254082/119‑1 (MQ=255) aggGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGAc > 1:66229/1‑143 (MQ=255) aggGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGAc < 8:321288/143‑1 (MQ=255) aggGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGAc > 7:321288/1‑143 (MQ=255) aggGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGAc < 2:66229/143‑1 (MQ=255) aggGGCTTCCAGCATGCGCGCGACGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCG‑CAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAAc < 2:277892/149‑1 (MQ=255) gggCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGt < 1:160951/117‑1 (MQ=255) gggCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGt > 2:160951/1‑117 (MQ=255) cTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCgg‑g < 1:207007/149‑1 (MQ=255) cTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCgg‑g > 6:285782/1‑149 (MQ=255) ttCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑Gt > 5:81282/1‑149 (MQ=255) cAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAg > 3:81318/1‑149 (MQ=255) cAGCATGCGCGCGGCGCTGAACACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAg > 5:155824/1‑149 (MQ=255) aGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAgg < 4:210313/149‑1 (MQ=255) cgcgcgGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGAc < 4:284599/149‑1 (MQ=255) cgcgGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCGGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCa < 2:212201/149‑1 (MQ=255) gcggcgCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGTCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGccc > 7:285171/1‑143 (MQ=255) gcggcgCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGTCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGccc < 8:285171/143‑1 (MQ=255) cggcgCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCAcg > 6:252690/1‑149 (MQ=255) ggcgCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCAcgg < 4:81318/149‑1 (MQ=255) gcgcTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTcc > 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ccTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTgg > 1:334781/1‑149 (MQ=255) ccTGCTCGGCAATGGCGCCACTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGcc > 5:227501/1‑139 (MQ=255) ccTGCTCGGCAATGGCGCCACTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGcc < 6:227501/139‑1 (MQ=255) cTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGc < 3:137360/118‑1 (MQ=255) cTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTgg > 3:132226/1‑148 (MQ=255) tGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTc < 1:122310/140‑1 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gCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCtt < 4:226064/149‑1 (MQ=255) cAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTg > 4:41172/1‑149 (MQ=255) cgccgcTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCgg < 5:296013/149‑1 (MQ=255) gccgcTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTgg > 5:33811/1‑133 (MQ=255) gccgcTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTgg < 6:33811/133‑1 (MQ=255) gccgcTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCggg < 2:334781/149‑1 (MQ=255) gccgcTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCggg > 2:278535/1‑149 (MQ=255) tGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGt > 2:115017/1‑149 (MQ=255) cGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGc < 3:41172/149‑1 (MQ=255) tgtTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTg > 4:229349/1‑149 (MQ=255) gCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTgg < 5:62985/119‑1 (MQ=255) gCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTggcg < 5:285782/148‑1 (MQ=255) cGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCgg < 1:271419/81‑1 (MQ=255) cGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCgg > 2:271419/1‑81 (MQ=255) cGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTggcggc < 7:316468/149‑1 (MQ=255) gAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCggg > 1:267753/1‑149 (MQ=255) aaGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCggg < 3:85088/148‑1 (MQ=255) aaGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGc < 4:25401/149‑1 (MQ=255) agagcCTT‑CAGGCCGACCTGGCCAGCCTGATGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTAAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGc > 5:170609/4‑148 (MQ=255) gcgcCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTcc > 7:121445/1‑104 (MQ=255) gcgcCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTcc < 8:121445/104‑1 (MQ=255) gagcCTT‑CAGGCCGACCTGGCCAGCCTGATGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCg > 3:341109/3‑148 (MQ=255) gcCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAAt < 4:202186/149‑1 (MQ=255) cAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACggcggc > 2:68165/1‑90 (MQ=255) cAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACggcggc < 1:68165/90‑1 (MQ=255) aT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATgcc > 8:312584/1‑149 (MQ=255) t‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATgcca < 6:325856/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATgccagc > 3:331632/1‑148 (MQ=255) gCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATgccagcca < 4:331632/149‑1 (MQ=255) gCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAgg < 5:252690/147‑1 (MQ=255) gTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGGCgctggc > 8:128270/1‑149 (MQ=255) ggCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGGCGCTGGCTGa < 1:254141/149‑1 (MQ=255) ccTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGGAGTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGGCGCTGGCTGAg > 1:82875/1‑149 (MQ=255) ccTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGGCGCTGGCTGAgg > 8:284006/1‑149 (MQ=255) ccTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGGCGCTGGCTGAgg < 2:37314/149‑1 (MQ=255) cTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGGCGCTGGCTGAggg > 6:193187/1‑149 (MQ=255) | GTCGCTGGCCTCGAGGGCTTCACAGGCCGCCATCAGGTCAGGGGCTTCCAGCATGCGCGCGGCGCTGAGCACCTTGTGGGCCTGCTCGGCAATGGCGCCGCTGTCGTGTTGCGGGTGAAGCGCCAT‑CAGGCTGGCCAGGTCGGCCTGAAGGCTCTGGTGCAAGGTTTCCAGGAAGCGCTGACGGTCAACCGG‑GTCAGGCCCGACCACGGCGGCCAGGCCGTCCAGCTGGTACAGCTTGCGTCGGGGGCGTTGCTGGCGGCGCGGGCGAATGCCAGCCAGGCGCTGGCTGAGGG > NC_002947/2396147‑2396439 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |