| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,447,051 | T→G | 5.1% | L147R (CTG→CGG) | nagZ → | beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,447,051 | 0 | T | G | 5.1% | 424.3 / 9.4 | 134 | L147R (CTG→CGG) | nagZ | beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/75); new base G (4/3); total (56/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
AGCAGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑CCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTCCGAC > NC_002947/2446907‑2447196 | aGCAGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTgg < 8:29189/147‑1 (MQ=255)aGCAGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGcc < 6:23875/149‑1 (MQ=255) aGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGgc > 7:132033/1‑149 (MQ=255) tGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGGGCTGGCGGTTGGCCGGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGgcgc < 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tgATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGt < 8:38362/149‑1 (MQ=255) aTGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTg < 6:340820/148‑1 (MQ=255) tGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTgg < 8:71051/148‑1 (MQ=255) ccGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAAt > 8:320683/1‑149 (MQ=255) ccGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAAt > 4:17177/1‑149 (MQ=255) 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> 6:333121/1‑149 (MQ=255) ccaccaGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGAACCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGCATGCGGCGGGTATGGCAGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGACTAAg > 7:194042/1‑149 (MQ=255) caccaGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑c < 5:347138/149‑1 (MQ=255) cccgCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCtgtg < 5:356622/110‑1 (MQ=255) cccgCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCtgtg > 6:356622/4‑113 (MQ=255) gCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCgg > 3:208989/1‑125 (MQ=255) gCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑cc > 5:271144/1‑145 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑CCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGt > 5:169862/1‑149 (MQ=255) aaCGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑CCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGt > 4:319834/1‑149 (MQ=255) aCGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑CCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTc > 5:45473/1‑149 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGc < 2:256733/86‑1 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGc > 1:256733/1‑86 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑CCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTgc > 5:206730/1‑142 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑CCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTc > 1:33980/1‑149 (MQ=255) gcCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑CCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTCCGAc > 3:89283/1‑149 (MQ=255) | AGCAGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTTCGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCCGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAG‑CCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTCCGAC > NC_002947/2446907‑2447196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |