Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,479,134 | T→C | 7.8% | intergenic (+387/+58) | PP_2172 → / ← PP_2173 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,479,134 | 0 | T | C | 7.8% | 288.1 / 10.3 | 102 | intergenic (+387/+58) | PP_2172/PP_2173 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/45); new base C (3/5); total (52/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ACGATCAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGAT > NC_002947/2478988‑2479277 | aCGATCAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGc < 2:303045/149‑1 (MQ=255) cAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTgg < 6:135257/148‑1 (MQ=255) aGCCACACAGAGTGGGCAATGTATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGCTGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGGCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTTATCCCCGGCCCGGTTGCCTg < 3:15911/146‑1 (MQ=255) aGCCAAACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCATGCTCATCAACCAACGCTGGCCGGCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTCCGTATCTGATCCACGGCCCGGTTGCCTg > 4:15911/1‑146 (MQ=255) acacaGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgc > 1:179129/1‑149 (MQ=255) acacaGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCACgc > 7:19475/1‑149 (MQ=255) acaGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcgc > 6:252971/1‑149 (MQ=255) agagTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGTTTTAGGCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcg > 1:289856/1‑149 (MQ=255) agagTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCt > 2:199342/1‑149 (MQ=255) tgtgCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGtt < 4:213076/126‑1 (MQ=255) ggCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTAGCGATGGGCCTGGTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATATGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGcc > 1:57409/1‑149 (MQ=255) ggCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCg > 4:178770/1‑149 (MQ=255) gCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCTCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTGTCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCgg < 8:27289/149‑1 (MQ=255) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCgggg < 5:336111/149‑3 (MQ=38) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg > 1:19615/1‑147 (MQ=38) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg < 2:19615/148‑2 (MQ=38) tttGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCACCGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg < 1:43241/146‑2 (MQ=38) tGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg > 2:43241/1‑144 (MQ=38) 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ttATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcgc > 5:317996/1‑116 (MQ=255) ttATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcgc < 6:317996/116‑1 (MQ=255) tATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGTCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTAccc < 5:246720/148‑1 (MQ=255) aTGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCAt > 7:21412/1‑149 (MQ=255) tGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATg > 4:102036/1‑149 (MQ=255) cAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCACGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATgg < 8:19475/148‑1 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cggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGgat > 8:5345/1‑148 (MQ=255) ttGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaa > 4:150934/1‑133 (MQ=255) ttGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaa < 3:150934/133‑1 (MQ=255) | ACGATCAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGAT > NC_002947/2478988‑2479277 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |