| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,479,137 | C→A | 7.6% | intergenic (+390/+55) | PP_2172 → / ← PP_2173 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,479,137 | 0 | C | A | 7.6% | 325.2 / 12.2 | 104 | intergenic (+390/+55) | PP_2172/PP_2173 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/45); new base A (3/5); total (54/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGATGATCAC > NC_002947/2478993‑2479283 | cAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTgg < 6:135257/148‑1 (MQ=255) aGCCACACAGAGTGGGCAATGTATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGCTGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGGCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTTATCCCCGGCCCGGTTGCCTg < 3:15911/146‑1 (MQ=255) aGCCAAACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCATGCTCATCAACCAACGCTGGCCGGCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTCCGTATCTGATCCACGGCCCGGTTGCCTg > 4:15911/1‑146 (MQ=255) acacaGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgc > 1:179129/1‑149 (MQ=255) acacaGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCACgc > 7:19475/1‑149 (MQ=255) acaGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcgc > 6:252971/1‑149 (MQ=255) agagTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGTTTTAGGCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcg > 1:289856/1‑149 (MQ=255) agagTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCt > 2:199342/1‑149 (MQ=255) ggCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCg > 4:178770/1‑149 (MQ=255) gCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCTCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTGTCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCgg < 8:27289/149‑1 (MQ=255) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCgggg < 5:336111/149‑3 (MQ=38) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg > 1:19615/1‑147 (MQ=38) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg < 2:19615/148‑2 (MQ=38) tttGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCACCGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg < 1:43241/146‑2 (MQ=38) tGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg > 2:43241/1‑144 (MQ=38) gATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGt > 6:195447/1‑149 (MQ=255) aTCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGtt > 1:99441/1‑149 (MQ=255) tCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgc > 3:51548/1‑130 (MQ=255) 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ccggcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGaacaa < 5:7452/149‑1 (MQ=255) cggcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGaacaac < 2:99441/149‑1 (MQ=255) gcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACg > 1:329478/1‑148 (MQ=255) ccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGgat < 5:170193/149‑1 (MQ=255) ccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGgat < 1:168243/149‑1 (MQ=255) cggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGgat > 8:5345/1‑148 (MQ=255) ttGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaa < 3:150934/133‑1 (MQ=255) ttGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaa > 4:150934/1‑133 (MQ=255) gCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGATGATCAc > 8:261394/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaaa > 4:3987/1‑131 (MQ=255) ccTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaaa < 3:3987/131‑1 (MQ=255) cTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGaacaa < 8:202991/136‑1 (MQ=255) cTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACAgagcgggaa > 7:202991/1‑140 (MQ=255) | CAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGATGATCAC > NC_002947/2478993‑2479283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |