| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,479,144 | T→G | 7.6% | intergenic (+397/+48) | PP_2172 → / ← PP_2173 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,479,144 | 0 | T | G | 7.6% | 314.8 / 13.9 | 106 | intergenic (+397/+48) | PP_2172/PP_2173 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/45); new base G (3/5); total (55/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGATGATCACGCAGTTC > NC_002947/2478998‑2479290 | acacaGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgc > 1:179129/1‑149 (MQ=255)acacaGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCACgc > 7:19475/1‑149 (MQ=255) acaGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcgc > 6:252971/1‑149 (MQ=255) agagTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGTTTTAGGCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcg > 1:289856/1‑149 (MQ=255) agagTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCt > 2:199342/1‑149 (MQ=255) ggCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTAGCGATGGGCCTGGTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATATGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGcc > 1:57409/1‑149 (MQ=255) ggCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCg > 4:178770/1‑149 (MQ=255) gCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCTCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTGTCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCgg < 8:27289/149‑1 (MQ=255) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCgggg < 5:336111/149‑3 (MQ=38) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg > 1:19615/1‑147 (MQ=38) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg < 2:19615/148‑2 (MQ=38) tttGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCACCGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg < 1:43241/146‑2 (MQ=38) tGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg > 2:43241/1‑144 (MQ=38) gATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGt > 6:195447/1‑149 (MQ=255) aTCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGtt > 1:99441/1‑149 (MQ=255) tCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgc > 3:51548/1‑130 (MQ=255) cctatctgATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGACATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTgg < 3:331758/141‑1 (MQ=255) ccAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGG‑CATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTa > 5:186255/1‑149 (MQ=255) cAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg > 8:80213/1‑137 (MQ=38) cAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg < 7:80213/138‑2 (MQ=38) aTCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAAACAACGCTGGCCCTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CAAGGGTACGTATCTGATCCCCGCACCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTgg > 4:331758/1‑140 (MQ=255) aTTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTgg < 4:142769/136‑1 (MQ=255) ttATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcgc < 6:317996/116‑1 (MQ=255) ttATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgcgc > 5:317996/1‑116 (MQ=255) 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aaCTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGcc < 2:179129/149‑1 (MQ=255) cTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCa < 5:252971/149‑1 (MQ=255) tGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTAc < 3:102036/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGG‑CATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACtt < 6:186255/148‑1 (MQ=255) ccTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACtt > 6:344829/1‑147 (MQ=255) 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> 1:326440/1‑149 (MQ=255) cATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCAAGTGgtgt > 1:321212/1‑149 (MQ=255) cGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCg < 3:112773/149‑1 (MQ=255) aGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGa < 8:21412/149‑1 (MQ=255) cAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAg < 7:331971/149‑1 (MQ=255) gTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGTCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCTGATAGACGCTCAg < 6:71797/149‑1 (MQ=255) 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tCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaaa < 5:129656/146‑1 (MQ=255) tCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGaa > 2:168243/1‑149 (MQ=255) ccccGGCCCGGTTGCCTTGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTcc < 7:48965/95‑1 (MQ=255) ccccGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTcc > 8:48965/1‑95 (MQ=255) ccggcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGaacaa < 5:7452/149‑1 (MQ=255) cggcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGaacaac < 2:99441/149‑1 (MQ=255) gcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACg > 1:329478/1‑148 (MQ=255) cccggTTGCCTGGCCGTGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGga < 7:84333/149‑1 (MQ=255) ccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGgat < 5:170193/149‑1 (MQ=255) ccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGgat < 1:168243/149‑1 (MQ=255) cggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGgat > 8:5345/1‑148 (MQ=255) ttGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaa > 4:150934/1‑133 (MQ=255) ttGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaa < 3:150934/133‑1 (MQ=255) gCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGATGATCAc > 8:261394/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaaa < 3:3987/131‑1 (MQ=255) ccTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaaa > 4:3987/1‑131 (MQ=255) cTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGaacaa < 8:202991/136‑1 (MQ=255) cTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACAgagcgggaa > 7:202991/1‑140 (MQ=255) tGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCAGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGATGATCACg > 4:336416/1‑147 (MQ=255) ccATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGGCGTTGCGCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGATGATCACGCAGtt > 1:285527/1‑149 (MQ=255) cATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGATGATCACGCAGttc < 6:52526/149‑1 (MQ=255) | ACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTA‑CGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCAT‑‑‑CCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGTCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAAGAACAACGGATGATCACGCAGTTC > NC_002947/2478998‑2479290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |