Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,564,324 | C→T | 9.1% | G141G (GGC→GGT) | PP_2248 → | putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,564,324 | 0 | C | T | 9.1% | 118.2 / 2.7 | 45 | G141G (GGC→GGT) | PP_2248 | putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/22); new base T (2/2); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 |
GCCGTCACCGTGGTCATGCTGGCTGGCGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGT > NC_002947/2564178‑2564469 | gCCGTCACCGTGGTCATGCTGGCTGGCGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGgcgc > 3:178304/1‑149 (MQ=255) cGTCACCGTGGTCATGCTGGCTGGCGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCa > 5:245876/1‑149 (MQ=255) gTCACCGTGGTCATGCTGGCTGGCGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTTGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCAt < 7:265450/149‑1 (MQ=255) aCCGTGGTCATGCTGGCTGGCGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATca < 6:137981/148‑1 (MQ=255) ccGTGGTCATGCTGGCTGGCGGTGGAGCATTGCTGGAGAAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATcaca > 3:150704/1‑149 (MQ=255) aTGCTGGCTGGCGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGc < 4:93667/148‑1 (MQ=255) gctggctgGCGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGa > 6:302199/1‑149 (MQ=255) ctggctggCGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGTGCCATCACACCCTTGCTGAt > 5:337897/1‑149 (MQ=255) ctggcGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCGGGACGTGCGCAAGATGAGGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATccgg < 1:243685/149‑3 (MQ=255) gcGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCtggtg < 5:302199/149‑1 (MQ=255) gcGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCtggt < 6:245876/148‑1 (MQ=255) gcGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCtggt < 4:178304/148‑1 (MQ=255) gCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTTGTGACGCTGGTGGTTGTCTGTATCGTTTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATa < 2:50416/148‑1 (MQ=255) gCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGTGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATa < 6:337897/148‑1 (MQ=255) gCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGt > 4:127459/1‑138 (MQ=255) gCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGt < 3:127459/138‑1 (MQ=255) gCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGt < 7:272776/145‑1 (MQ=255) gCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGt > 8:272776/1‑145 (MQ=255) ccGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCcg > 6:347625/1‑149 (MQ=255) cGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCAt < 8:332650/91‑1 (MQ=255) cGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCAt > 7:332650/1‑91 (MQ=255) ccGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACGCTTGCTGATCCTGGTGGCTACGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGagagcagagc > 5:120894/1‑149 (MQ=255) caccggccTGGCGACGCTGCTGGCCGTCGGTATCGTCAGCCTGGACGTCCGCACGACCATCCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGACCCTGGTCGCTTCGCCGATACCGCTGTATGCCGCCATCACCCCCGAGCAGAGCTTtg < 6:120894/142‑1 (MQ=255) gCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGcc < 7:208083/109‑1 (MQ=255) gCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGcc > 8:208083/1‑109 (MQ=255) tggtggtggTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTg > 4:128014/1‑149 (MQ=255) gtggtggtCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGTGCCAt < 4:221919/59‑1 (MQ=255) gtggtggtCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGTGCCAt > 3:221919/1‑59 (MQ=255) gtCGGTATCGTGTGCCTGCACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGAGCCATACCCCCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTCTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGgccagc > 4:21173/1‑147 (MQ=255) gtgCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGgcc < 4:226549/133‑1 (MQ=255) gtgCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGgcc > 3:226549/1‑133 (MQ=255) cgcAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTg > 3:340571/1‑149 (MQ=255) atgatgCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGgct < 4:264943/146‑1 (MQ=255) atgatgCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACACGCCATTGgct > 3:264943/1‑146 (MQ=255) tgatgCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGctgctg > 3:275024/1‑149 (MQ=255) ttGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTtgct < 8:218078/89‑1 (MQ=255) ttGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTtgct > 7:218078/1‑89 (MQ=255) ttGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAAc < 6:262529/117‑1 (MQ=255) ttGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAAc > 5:262529/1‑117 (MQ=255) ttGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCg > 2:271062/1‑149 (MQ=255) aTTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCtt < 1:271062/149‑1 (MQ=255) aTTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCtt < 4:340571/149‑1 (MQ=255) ggCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCAtt > 6:188338/1‑127 (MQ=255) ggCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCAtt < 5:188338/127‑1 (MQ=255) ggCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGt < 4:275024/148‑1 (MQ=255) ggCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGGGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTGTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGt < 5:347625/148‑1 (MQ=255) | GCCGTCACCGTGGTCATGCTGGCTGGCGGTGGAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGT > NC_002947/2564178‑2564469 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |