Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,568,696 | T→G | 7.1% | E284D (GAA→GAC) | PP_2252 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,568,696 | 0 | T | G | 7.1% | 167.0 / 4.7 | 57 | E284D (GAA→GAC) | PP_2252 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/23); new base G (2/2); total (31/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 |
CACCGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCTTTTCG > NC_002947/2568552‑2568843 | cACCGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCCCGTGCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGa > 7:325653/1‑149 (MQ=255) cGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACa < 2:15434/149‑1 (MQ=255) ggcgCACTGGCCAGCATGCGGTCCTCACACTGCCGCGACAGTTAATAGACCCCCGCCAGGCCCCCGCTGTGGCGGTTCTGCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCgg < 1:109320/149‑1 (MQ=255) aCTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGggtggt > 7:285726/1‑149 (MQ=255) gCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑Cg < 5:7470/149‑1 (MQ=255) cAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCAt > 8:184179/1‑149 (MQ=255) aaGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATg < 7:299388/149‑1 (MQ=255) aGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATgg < 4:105006/149‑1 (MQ=255) gCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATggg < 8:285726/149‑1 (MQ=255) gTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑Cgg < 5:350972/139‑1 (MQ=255) gTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑Cgg > 6:350972/1‑139 (MQ=255) cTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGtcatc < 7:184179/148‑1 (MQ=255) tCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCAc > 7:109890/1‑149 (MQ=255) aCCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCAcccc > 6:240809/1‑149 (MQ=255) aGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACTATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGc > 2:112741/1‑149 (MQ=255) tAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACGATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCgg > 7:186304/1‑148 (MQ=255) gACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATc < 8:109890/148‑1 (MQ=255) cccGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATg > 4:347873/1‑113 (MQ=255) cccGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGATCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAat < 5:240809/149‑1 (MQ=255) ccccGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCt < 8:186304/149‑1 (MQ=255) ccGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCgg < 3:64264/121‑1 (MQ=255) ccGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCgg > 4:64264/1‑121 (MQ=255) ccGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGc > 3:28975/1‑149 (MQ=255) ccGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGc > 1:139006/1‑149 (MQ=255) ctcCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGaac > 5:269343/1‑62 (MQ=39) ctcCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGaac < 6:269343/64‑3 (MQ=39) tcCATCAACTCCTGCCATTGCTGGTTGAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTGGCCCATCGGCGGGTGGTGA‑CGGTCATGGGTCATGACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGCAATAATCGCCCCTGCCCCCGTGCCCACTGc > 2:140906/1‑149 (MQ=255) ccATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGc > 8:317132/1‑141 (MQ=255) ccATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGc < 7:317132/141‑1 (MQ=255) cATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCgg < 4:213660/110‑1 (MQ=255) cATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCgg > 3:213660/1‑110 (MQ=255) aTCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGa > 3:219933/1‑149 (MQ=255) tCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGAt < 8:325653/149‑1 (MQ=255) tCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCgg > 5:158657/1‑62 (MQ=255) tCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCgg < 4:47364/62‑1 (MQ=255) tCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCgg < 6:158657/62‑1 (MQ=255) tCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCgg > 3:47364/1‑62 (MQ=255) tGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACgg > 1:190724/1‑148 (MQ=255) gCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCa > 3:145627/1‑149 (MQ=255) ccATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGc > 8:235694/1‑114 (MQ=255) cATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACt > 6:13021/1‑149 (MQ=255) ccTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGTGGCATCGGCAGTggg > 1:238888/1‑147 (MQ=255) ccTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGc < 4:219933/148‑1 (MQ=255) ccTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGc < 4:145627/148‑1 (MQ=255) cTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGTGGCATCGGCAGTgggc < 2:238888/148‑3 (MQ=255) cTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGAt < 8:127280/133‑1 (MQ=255) cTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGAt > 7:127280/1‑133 (MQ=255) cTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCg > 3:61862/1‑148 (MQ=255) tGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACAGGCTGCGGAAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGAt > 5:171304/1‑149 (MQ=255) cGCCACGTTCATGATCACCCGCAGTTGTTCGACTATCTGCGGGTGGTCACCCGTCATGGGTCATCACCCCGAAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGt < 1:112741/149‑1 (MQ=255) gCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTgg < 1:140906/149‑1 (MQ=255) gATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTgg > 6:29843/1‑149 (MQ=255) aCCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCAGCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGgcgc < 1:24135/148‑1 (MQ=255) ccGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCaa < 4:28975/149‑1 (MQ=255) ccGCAGATGGTCGAACAACTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGcc > 7:331043/1‑147 (MQ=255) aGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCtt > 3:91535/1‑149 (MQ=255) aGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCtt > 3:96406/1‑149 (MQ=255) gttCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCTTTTCg > 1:146680/1‑149 (MQ=255) ttCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTgg < 3:37489/110‑1 (MQ=255) ttCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTgg > 4:37489/1‑110 (MQ=255) | CACCGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCA‑CGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCTTTTCG > NC_002947/2568552‑2568843 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |