Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,576,157 | C→A | 7.5% | A445D (GCC→GAC) | PP_2258 → | sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,576,157 | 0 | C | A | 7.5% | 167.3 / 3.7 | 53 | A445D (GCC→GAC) | PP_2258 | sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/24); new base A (2/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
GGCATTTGCAGCGCAGTGACTTTGCCGAGCGCCTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGACCAGTCGTTCGTGCGTGACATCCTTCATGACCAGGACGACCTGG > NC_002947/2576013‑2576303 | ggCATTTGCAGCGCAGTGACTTTGCCGAGCGCCTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGAtgcctgc < 5:218854/149‑1 (MQ=255) gCATTTGCAGCGCAGTGACTTTGCCGAGCGCCTGCAGCAGCTGCTGGTAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGAtgcctgcc < 4:151391/149‑1 (MQ=255) tttGCAGCGCAGTGACTTTGCCGAGCGCCTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTg > 1:65773/1‑149 (MQ=255) tGACTTTGCCGAGCGCCTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGc < 2:65773/149‑1 (MQ=255) tttGCCGAGCGCCTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGttt > 3:321123/1‑149 (MQ=255) gAGCGCCTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCt < 8:314547/149‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCt < 3:306448/149‑1 (MQ=255) cTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGa > 8:27610/1‑149 (MQ=255) cTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTCCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGa > 4:318198/1‑149 (MQ=255) cagcagCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGAtgc > 6:181973/1‑110 (MQ=255) cagcagCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGAtgc < 5:181973/110‑1 (MQ=255) cagcagCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGAttt > 8:4535/1‑149 (MQ=255) cagcagCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGAtt < 4:321123/148‑1 (MQ=255) gcagcTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCg < 7:4535/149‑1 (MQ=255) gCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTa < 6:183281/146‑1 (MQ=255) gCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTa > 5:183281/1‑146 (MQ=255) ccGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCg < 6:323743/117‑1 (MQ=255) ccGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCg > 5:323743/1‑117 (MQ=255) gcggTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGGCACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGa < 1:32090/149‑1 (MQ=255) tGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTAc < 7:27610/149‑1 (MQ=255) gACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCt < 3:318198/149‑1 (MQ=255) gACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCt > 3:332848/1‑149 (MQ=255) ccGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGa > 3:118303/1‑148 (MQ=255) ggCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGACATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGAAGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTGCGGCACCGGTAATTCGTCCTTGAGTTACCTCAAAc > 8:175922/1‑149 (MQ=255) ctggaactggaaATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATTCCTGCAGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCTGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGc < 1:145600/148‑1 (MQ=255) ggACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGa > 6:297933/1‑149 (MQ=255) gACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCt > 7:131041/1‑134 (MQ=255) gACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCt < 8:131041/134‑1 (MQ=255) gACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGAc < 5:341990/149‑1 (MQ=255) gAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAg < 4:332848/147‑1 (MQ=255) gAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGAc > 1:280912/1‑149 (MQ=255) aaTCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCt > 8:110933/1‑126 (MQ=255) aaTCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCt < 7:110933/126‑1 (MQ=255) tcgAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGcc < 7:128719/133‑1 (MQ=255) tcgAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGcc > 8:128719/1‑133 (MQ=255) tcgAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGATTGCCGACCCAGACGATc > 6:199866/1‑146 (MQ=255) tCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCg < 5:297933/148‑1 (MQ=255) gTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGAc > 6:131373/1‑147 (MQ=255) gTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGACCa < 2:280912/149‑1 (MQ=255) cATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTAcc < 2:66642/107‑1 (MQ=255) cATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTAcc > 1:66642/1‑107 (MQ=255) cATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCa < 7:88696/126‑1 (MQ=255) cATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCa > 8:88696/1‑126 (MQ=255) aTCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTAt > 7:114794/1‑90 (MQ=255) aTCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTAt < 8:114794/90‑1 (MQ=255) gcagcaTGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGACCAGTCGTTCGTGCGTGACa > 8:77130/1‑149 (MQ=255) tCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGaaa > 4:12341/1‑92 (MQ=255) tCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGaaa < 3:12341/92‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGACCAGTCGTTCGTGCGTGACATCCTTCATGa < 5:131373/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGACCAGTCGTTCGTGCGTGACATCCTTCATGACCa < 5:199866/149‑1 (MQ=255) gCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGACCAGTCGTTCGTGCGTGACATCCTTCATGACCAGgac > 8:121212/1‑149 (MQ=255) cTGGATGACTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGa < 2:143617/91‑1 (MQ=255) cTGGATGACTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGa < 2:138995/91‑1 (MQ=255) cTGGATGACTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGa > 1:143617/1‑91 (MQ=255) cTGGATGACTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGa > 1:138995/1‑91 (MQ=255) ggATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGACCAGTCGTTCGTGCGTGACATCCTTCATGACCAGGACGAcc > 8:191082/1‑149 (MQ=255) gATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTCG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGACCAGTCGTTCGTGCGTGACATCCTTCATGACCAGGACGACCt > 4:96254/1‑149 (MQ=255) tgcctggcGTGCGCTGGGGGGGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGTCCCAGAGGATCAAGATCGACCAGTCGTTCGTGCGGGACATCCTTCATGACCAGGACGACCTgg < 7:175922/149‑1 (MQ=255) | GGCATTTGCAGCGCAGTGACTTTGCCGAGCGCCTGCAGCAGCTGCTGGCAGCGTACCCGGCGGTGGACCCGGCGCTGCTGGACCTGGAAATCGTCGAGTCGGTGGCCATCGACAACCTGCAGCATGTCAGCCGCTGCCTGGATGCCTGCCGTGCGCTGGGTGTGCGTTTCTCGCTGG‑ACGATTTCGGCACCGGTTATTCGTCCTTGAGTTACCTGAAACGCTTGCCGACCCAGACGATCAAGATCGACCAGTCGTTCGTGCGTGACATCCTTCATGACCAGGACGACCTGG > NC_002947/2576013‑2576303 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |