Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,651,770 | C→T | 8.1% | V216V (GTG→GTA) | aroF‑I ← | tyr‑sensitive phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,651,770 | 0 | C | T | 8.1% | 139.6 / 2.2 | 49 | V216V (GTG→GTA) | aroF‑I | tyr‑sensitive phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/20); new base T (2/2); total (27/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.45e-01 |
GCTGACCGAGTCGTAGTTCGGCTTGCCATTGCCGCCGCGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTT > NC_002947/2651641‑2651918 | gCTGACCGAGTCGTAGTTCGGCTTGCCATTGCCGCCGCGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACAAGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGa > 6:155903/1‑149 (MQ=255) ccGAGTCGTAGTTCGGCTTGCCATTGCCGCCGCGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACt > 4:249415/1‑132 (MQ=255) ccGAGTCGTAGTTCGGCTTGCCATTGCCGCCGCGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACt < 3:249415/132‑1 (MQ=255) gCCATTGCCGCCGCGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGTCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATg < 6:169292/127‑1 (MQ=255) cATTGCCGCCGCGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTa < 7:159675/149‑1 (MQ=255) aTTGCCGCCGCGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTAc < 1:312432/149‑1 (MQ=255) gccgcGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCt > 3:91224/1‑149 (MQ=255) gCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAg > 2:112476/1‑148 (MQ=255) gTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGATACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGa > 6:198236/1‑147 (MQ=255) gTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGATACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGa > 6:203236/1‑147 (MQ=255) gTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGa > 8:248621/1‑147 (MQ=255) gTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGccc > 7:263142/1‑148 (MQ=255) ggtggtGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGATACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCAt < 5:198236/147‑1 (MQ=255) ggtggtGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGATACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCAt < 5:203236/147‑1 (MQ=255) ggtgACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTcgc < 7:248621/149‑1 (MQ=255) aCGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAg > 3:71221/1‑128 (MQ=255) aCGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAg < 4:71221/128‑1 (MQ=255) aCGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGgt < 4:91224/148‑1 (MQ=255) aCGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGgt < 1:334276/148‑1 (MQ=255) gATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGaaa > 4:340817/1‑109 (MQ=255) gATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGaaa < 3:340817/109‑1 (MQ=255) gATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAgg > 6:299185/1‑127 (MQ=255) gATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAgg < 5:299185/127‑1 (MQ=255) gATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGgtgtg > 6:49606/1‑149 (MQ=255) tCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGTCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGtt > 2:71051/1‑149 (MQ=255) acacGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCAt < 5:266619/87‑1 (MQ=255) acacGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCAt > 6:266619/1‑87 (MQ=255) acacGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGc < 8:263142/149‑1 (MQ=255) acacGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGc > 2:39302/1‑149 (MQ=255) acGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGa > 4:81831/1‑149 (MQ=255) acGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGa > 6:44858/1‑149 (MQ=255) ccTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCg > 6:67348/1‑81 (MQ=255) cTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACa < 8:155952/111‑1 (MQ=255) cTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACa > 7:155952/1‑111 (MQ=255) ttCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCAtctc > 1:193077/1‑126 (MQ=255) ttCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCAtctc < 2:193077/126‑1 (MQ=255) tGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCAcc > 2:292296/1‑148 (MQ=255) gCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAg < 7:282933/94‑1 (MQ=255) gCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAg > 8:282933/1‑94 (MQ=255) ccAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATg > 7:7323/1‑149 (MQ=255) cAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATgg < 3:81831/149‑1 (MQ=255) cAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATg < 7:88419/148‑1 (MQ=255) cAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATg > 8:88419/1‑148 (MQ=255) aGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGTTTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGc > 6:4028/1‑149 (MQ=255) gTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGAtt < 7:126517/119‑1 (MQ=255) gTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGAtt > 8:126517/1‑119 (MQ=255) gTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGc > 5:115942/1‑149 (MQ=255) cTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGGCAGGCCGCCATCGGTAGCGTTCTTGAAACCCTCCGCCGAGGACAGGCCCGATGCCATCTCGCTGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGAtga < 5:49606/149‑3 (MQ=255) ggACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAg < 7:327068/147‑1 (MQ=255) acacCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCt > 5:23408/1‑149 (MQ=255) cacCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCtt > 8:92774/1‑149 (MQ=255) cacCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCtt < 6:23408/149‑1 (MQ=255) | GCTGACCGAGTCGTAGTTCGGCTTGCCATTGCCGCCGCGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTT > NC_002947/2651641‑2651918 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |