Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 282,578 | A→T | 8.3% | N10I (AAT→ATT) | betT‑II → | choline/carnitine/betaine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 282,578 | 0 | A | T | 8.3% | 175.2 / 5.4 | 60 | N10I (AAT→ATT) | betT‑II | choline/carnitine/betaine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/28); new base T (2/3); total (29/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
TAACTTGAACGCTTGTTCAATGAAAAACGCTGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACGGTCGGCTGGTAC > NC_002947/282433‑282726 | tAACTTGAACGCTTGTTCAATGAAAAACGCTGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATg < 7:297991/148‑1 (MQ=255) tAACTTGAACGCTTGTTCAATGAAAAACGCTGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATg < 7:24491/148‑1 (MQ=255) tAACTTGAACGCTTGTTCAATGAAAAACGCTGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATg < 6:36808/148‑1 (MQ=255) cTTGAACGCTTGTTCAATGAAAAACGCTGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGACTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCaa < 1:28219/149‑1 (MQ=255) ttGAACGCTTGTTCAATGAAAAACGCTGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGc > 6:238334/1‑146 (MQ=255) gAACGCTGGTTCAATGAAAAACGCTGGTCCGCTTCCGGTGTTCAACAGGTGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCATTGGCAAg < 2:95975/147‑1 (MQ=255) aaTGAAAAACGCTGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAAccc > 5:8921/1‑149 (MQ=255) cTGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCt < 6:8921/149‑1 (MQ=255) tGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCATTGGCAAgggaa < 1:268268/127‑5 (MQ=255) tGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCATTGGCAAgggaa > 2:268268/1‑123 (MQ=255) gTCCGCTGCCTGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACAGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTAc < 2:238515/148‑1 (MQ=255) gCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAAcccc < 8:190078/132‑1 (MQ=255) cGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTgcggc > 4:220447/1‑147 (MQ=255) tgtTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGtt < 4:84748/149‑1 (MQ=255) aaCAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATc < 3:220447/149‑1 (MQ=255) aggaggATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGgtgt > 4:48051/1‑123 (MQ=255) aggaggATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGgtgt < 3:48051/123‑1 (MQ=255) aggaggATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCt > 2:157059/1‑148 (MQ=255) ggaggaTTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCa < 5:238334/149‑1 (MQ=255) tGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTg < 4:146918/148‑1 (MQ=255) tGCGGAACCCGGTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTg < 4:297057/148‑1 (MQ=255) gCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTgg < 1:157059/148‑1 (MQ=255) gAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGgt < 5:310027/104‑1 (MQ=255) gAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGgt > 6:310027/1‑104 (MQ=255) cccGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTgcg > 4:116903/1‑114 (MQ=255) cccGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTgcg > 6:192582/1‑114 (MQ=255) ccGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCAtc > 1:171991/1‑149 (MQ=255) ccGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACACC‑GGGGGGTTcatgcg > 6:329485/1‑104 (MQ=255) ccGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACACC‑GGGGGGTTcatgcg < 5:329485/109‑6 (MQ=255) gTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCAtctc < 2:171991/149‑1 (MQ=255) tCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAACTGCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAAcc > 1:261723/1‑149 (MQ=255) cGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTATACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCg > 6:43615/1‑148 (MQ=255) cGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTATACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAg < 5:43615/149‑1 (MQ=255) gTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCCCCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCAGCAAGCCGCAgg > 2:234734/1‑149 (MQ=255) gTCATTCGACGAGGTGCACGCCCAATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAgg > 6:66911/1‑149 (MQ=255) gacgaGGTGCACGCCCAATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTg < 5:66911/148‑1 (MQ=255) gTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCt > 8:321394/1‑148 (MQ=255) gTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCt < 7:321394/148‑1 (MQ=255) gCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGt < 5:312124/84‑1 (MQ=255) gCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGt > 6:312124/1‑84 (MQ=255) gCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGt > 3:255510/1‑135 (MQ=255) gCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGt < 4:255510/135‑1 (MQ=255) ccTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGACCCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAgcg > 3:18157/1‑147 (MQ=255) ccTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCACCCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAgcg > 2:331428/1‑147 (MQ=255) cTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTg > 7:165670/1‑140 (MQ=255) cTATGAGTGCACCGAAC‑ACTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTg < 8:165670/140‑1 (MQ=255) aCCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGggcgg > 3:317871/1‑149 (MQ=255) cttcccttGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCCGCCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTg > 1:53005/1‑120 (MQ=255) cttcccttGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTg < 2:53005/119‑1 (MQ=255) ttcccttGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCaa < 1:322583/100‑1 (MQ=255) ttcccttGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCaa > 2:322583/1‑100 (MQ=255) ttcccttGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGtta < 7:192873/111‑3 (MQ=255) ttcccttGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGtta > 8:192873/1‑109 (MQ=255) ggatcttGCCATTGGCAAGGTCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACg < 6:335899/144‑1 (MQ=255) ggatcttGCCATTGGCAAGGTCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACg > 5:335899/5‑148 (MQ=255) ccttGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACGGTc < 1:234734/148‑1 (MQ=255) cttGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACGGTCgg > 5:355725/1‑149 (MQ=255) cttGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACGGTCgg > 7:59885/1‑149 (MQ=255) gCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACGGTCGGc < 4:18157/147‑1 (MQ=255) gCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACGGTCGGCTg > 5:30954/1‑149 (MQ=255) aTGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACGGTCGGCTGGtac < 6:355725/149‑1 (MQ=255) | TAACTTGAACGCTTGTTCAATGAAAAACGCTGGTCCGCTGCCGGTGTTCAACAGGAGGATTCCTTTGCTGAACCCGTTCATTCCGAACCTCACGTCATTCGACGAGGTGCACGCCCTATGAGTGCACCGAAC‑CCTTCCCTTGCCAATGGCAAGATCCGCATGAACCCC‑CCGGTGTTCTACTTTGCGGCGAGTTTCATCCTCATCTTTGGCCTGGTAGTCATCTCCAACCCGCAAGCCGCAGGTGACTGGTTGCTGGCAGCGCAGAACTGGGCGGCCAACACGGTCGGCTGGTAC > NC_002947/282433‑282726 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |