Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,708,280 | T→C | 7.5% | D310G (GAT→GGT) | cysI ← | sulfite reductase hemoprotein subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,708,280 | 0 | T | C | 7.5% | 148.6 / 2.9 | 53 | D310G (GAT→GGT) | cysI | sulfite reductase hemoprotein subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/24); new base C (2/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.47e-01 |
CCACGGCGTCCAGCTGCTTGTCGGTCACGTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAA > NC_002947/2708137‑2708422 | ccACGGCGTCCAGCTGCTTGTCGGTCACGTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAGCCCTGGATGCCGAGCACCCAgg > 1:89077/1‑149 (MQ=255) ccACGGCGTCCAGCTGCTTGTCGGTCACGTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGGCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGATGCCGAGCACCCAgg < 7:210661/149‑1 (MQ=255) aCGGCGTCCAGCTGCTTGTCGGTCACGTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGc > 6:241867/1‑149 (MQ=255) ggCGTCCAGCTGCTTGTCGGTCACGTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAGCCCTGGATGCCGAGCACCCAgggttc < 2:89077/149‑4 (MQ=255) aGCTGCTTGTCGGTCACGTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTc < 8:156315/149‑1 (MQ=255) tCGGTCACGTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTc < 6:125860/149‑1 (MQ=255) tCACGTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACGCTGGGTGCTCGGGATCCAGGGCg < 4:158134/128‑1 (MQ=255) gTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGgtg < 8:254249/127‑1 (MQ=255) gTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGgtg > 7:254249/1‑127 (MQ=255) gTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGc > 7:250884/1‑147 (MQ=255) gTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGa < 4:100030/149‑1 (MQ=255) gTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGa < 8:250884/149‑1 (MQ=255) ggggCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTc < 5:241867/149‑1 (MQ=255) gCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCggg < 1:183504/149‑1 (MQ=255) cacCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTc > 6:315406/1‑148 (MQ=255) gggttGAGTGACAGTGTCACAGGCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCggg < 4:70009/134‑1 (MQ=255) ggCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCggg > 3:70009/1‑137 (MQ=255) ttGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGgcg > 3:36303/1‑149 (MQ=255) gAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTgcagcg > 5:166681/1‑144 (MQ=255) gTGACAGGGTCACAGCCTCGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCTTCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTcg < 3:65822/134‑1 (MQ=255) gTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAg < 3:70198/140‑1 (MQ=255) gTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAg > 4:70198/1‑140 (MQ=255) gTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGa > 8:112319/1‑148 (MQ=255) gTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCCGCATCCAGGGCGCTGTAGTCGACGTAGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTcg > 4:65822/1‑134 (MQ=255) acaGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCAc > 5:13650/1‑149 (MQ=255) aCGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCActtcggc > 5:223041/1‑149 (MQ=255) ccGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGt > 5:32662/1‑148 (MQ=255) cGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGt > 1:190577/1‑147 (MQ=255) cGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCa < 4:36303/149‑1 (MQ=255) gcTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTa < 4:298803/94‑1 (MQ=255) gcTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTa > 3:298803/1‑94 (MQ=255) ttGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGggtggt > 3:141982/1‑149 (MQ=255) tgtgGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGggtggtg < 5:315406/149‑1 (MQ=255) tgtgGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGggtggtg > 7:237751/1‑149 (MQ=255) tgGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGggtggtggt < 6:223041/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTgc < 8:237751/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACgcgc < 1:286954/115‑1 (MQ=255) gcgGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACgcgc > 2:286954/1‑115 (MQ=255) gggTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCa > 5:172085/1‑149 (MQ=255) tgtTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGc < 4:141982/149‑1 (MQ=255) cgAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGa < 7:112319/149‑1 (MQ=255) cAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTc < 6:32662/149‑1 (MQ=255) aGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGgcgc < 4:289637/86‑1 (MQ=255) aGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGgcgc > 3:289637/1‑86 (MQ=255) aGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCg > 4:345821/1‑149 (MQ=255) cGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGc < 3:345821/149‑1 (MQ=255) gggCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGcc > 3:343855/1‑149 (MQ=255) accgcccTGGATGCCGAGCACCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGCCTc > 8:106704/5‑148 (MQ=255) gAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGCCTCGa > 1:347512/1‑149 (MQ=255) gAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGCCTCGa > 8:311634/1‑149 (MQ=255) tCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGCCTCGACCttt < 8:202972/141‑1 (MQ=255) tCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGCCTCGACCttt > 7:202972/1‑141 (MQ=255) ggCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGaa < 6:172085/147‑1 (MQ=255) | CCACGGCGTCCAGCTGCTTGTCGGTCACGTCGCCCGGGGCAACACCGGTAGGCTTGAGTGACAGGGTCACAGCCACGTAGCCCGGGCGCTTGTGGGCGCGGGTGTTGCGCGAGCGCCAGCGGGCGAACCCTGGGTGCTCGGCATCCAGGGCGGTGTAGTCGACGTTGTCGAGTGCGAGGTACTCGGGGTCGACGAAGTGGCGCGATACGCGCTGCACTTCGGCTTCGGTCAGGGTGGTGGTGCCGCCACGCAGGTGGACCATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAA > NC_002947/2708137‑2708422 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |