Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,782,074 | T→G | 8.0% | T98P (ACC→CCC) | iscS‑II ← | cysteine desulfurase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,782,074 | 0 | T | G | 8.0% | 147.9 / 5.2 | 50 | T98P (ACC→CCC) | iscS‑II | cysteine desulfurase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/23); new base G (2/2); total (25/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 |
CTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGTTGCCGAAGTTGGCCTGGTTAC > NC_002947/2781927‑2782217 | cTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTc < 8:264287/149‑1 (MQ=255) cTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTc < 3:78364/149‑1 (MQ=255) gggTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAg < 1:94183/149‑1 (MQ=255) ggCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATa > 7:249509/1‑149 (MQ=255) gcgaCGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGAc < 8:143093/146‑1 (MQ=255) tgtCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCg > 2:212775/1‑149 (MQ=255) gAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACCTCGGGCGCGACCGa > 6:144747/1‑106 (MQ=255) gAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACCTCGGGCGCGACCGa < 5:144747/106‑1 (MQ=255) ccTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTgg > 4:232853/1‑149 (MQ=255) ccTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTgg > 8:15536/1‑149 (MQ=255) ctggtgtTCCAGCTGGCGGGTGATCAGGTGGCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGgc < 8:249509/146‑1 (MQ=255) cTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGTGCCGACGCACTCGGc > 3:27614/1‑138 (MQ=255) cTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGTGCCGACGCACTCGGc < 4:27614/138‑1 (MQ=255) cAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGc < 8:20426/129‑1 (MQ=255) cAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGc > 7:20426/1‑129 (MQ=255) tggTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCg > 6:187178/1‑149 (MQ=255) gATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGAc > 1:262217/1‑149 (MQ=255) gATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGAc > 4:337016/1‑149 (MQ=255) cAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCt < 5:201868/134‑1 (MQ=255) cAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCt > 6:201868/1‑134 (MQ=255) ggTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCa < 1:212775/149‑1 (MQ=255) gtgtCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTg > 5:40142/1‑141 (MQ=255) gtgtCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTg < 6:40142/141‑1 (MQ=255) tgtCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGTTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGc < 7:25519/149‑1 (MQ=255) cGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTgg > 4:135822/1‑149 (MQ=255) cGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTgg < 2:262217/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGcc > 6:222296/1‑148 (MQ=255) gCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGaa < 7:15536/147‑1 (MQ=255) ccGATGCCTTGGGCAATGCCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGc < 1:262821/149‑1 (MQ=255) ccGATGCCTTGGGCAATGCCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGc > 2:262821/1‑149 (MQ=255) ttGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCTACGCACTCGGCGACTTGc > 5:250439/1‑97 (MQ=255) ttGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGc < 6:250439/97‑1 (MQ=255) ttGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGc < 6:274506/141‑1 (MQ=255) ttGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGc > 5:274506/1‑141 (MQ=255) gggCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGc < 5:222296/147‑1 (MQ=255) gggCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTg > 8:213432/1‑149 (MQ=255) aaTACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCg < 8:307950/82‑1 (MQ=255) ccTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCggg > 1:46530/1‑149 (MQ=255) ttGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTg < 8:18289/119‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGtt > 1:189079/1‑149 (MQ=255) gtGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGGCGAAGGCGTGGCCGCTGGCGGCCGGGtt > 5:284072/2‑149 (MQ=255) cgcCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGTTGCCg > 4:289843/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGTTGCCGAAg < 3:337016/149‑1 (MQ=255) aGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGTTGCCGAAGtt < 2:46530/149‑1 (MQ=255) ttgGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGTTGCCGAAGTTGGCCTg < 3:289843/149‑1 (MQ=255) tgGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGTTGCCGAAGTTGGCCTgg > 2:305526/1‑149 (MQ=255) tgGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGTTGCCGAAGTTGGCCTg < 5:5445/148‑1 (MQ=255) tgGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGTTGCCGAAGTTGGCCTg > 6:5445/1‑148 (MQ=255) gaccTCGGGCGCGACCGA‑GTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTg > 2:139428/4‑101 (MQ=255) gaccTCGGGCGCGACCGA‑GTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTg < 1:139428/98‑1 (MQ=255) tCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGCCGCCGGGTTGCCGAAGTTGGCCTGGTTAc > 5:350086/1‑144 (MQ=255) | CTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGA‑CTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTGCTCGGCGTGCGCGCCGACGCACTCGGCGACTTGCTGGCGCGCCTGCTCCACGGCGTGACGTGCAGCCTGGCCGAAGGCGTGGCCGCTGGACGCCGGGTTGCCGAAGTTGGCCTGGTTAC > NC_002947/2781927‑2782217 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |