Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,783,376 | G→T | 18.8% | A16E (GCG→GAG) | PP_2436 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,783,376 | 0 | G | T | 18.8% | 70.5 / 2.1 | 30 | A16E (GCG→GAG) | PP_2436 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/14); new base T (4/2); total (14/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTATGAATGTTTATACACGCGGAAAATAGACTAGGTGGATGGAGCAATGCTGCTCT > NC_002947/2783232‑2783521 | ggTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCAt < 7:29895/148‑1 (MQ=255) aCCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCTCATAGAACACGa > 6:292156/1‑148 (MQ=255) aTGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCg < 4:4718/138‑1 (MQ=255) aTGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCg > 3:4718/1‑138 (MQ=255) tGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAAc < 1:255542/149‑1 (MQ=255) gTACGCACGACCAGCGGGTCATTGATGGTTTGGCGGAGGCTCGACAGGTCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATTGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTc < 8:312377/149‑1 (MQ=255) gCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAac < 2:85179/125‑1 (MQ=255) gCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAac > 1:85179/1‑125 (MQ=255) gCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGAcc > 3:66115/1‑149 (MQ=255) cGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACTGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTg < 5:26670/149‑1 (MQ=255) ttGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATggg > 3:248286/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCttt > 7:98463/1‑149 (MQ=255) ggCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCTCATAGAACACCATAAAAATATAAAAATCGACATTGCTAAGGTTCATGTGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGt > 2:311082/1‑149 (MQ=255) ggACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGGCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATc < 1:311082/148‑1 (MQ=255) tGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTAt > 3:173284/1‑133 (MQ=255) tGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTAt < 4:173284/133‑1 (MQ=255) ggCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGtt < 4:248286/149‑1 (MQ=255) cTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTAt < 5:292156/149‑1 (MQ=255) gggTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCTCATAGAACACCATAAACATAAAAATATAAACCTTGATAAGGTTCATGGGCGCCGCTCGTTGTTGGATTTATCCGTCGATCATATATCGGTTATg > 4:35424/1‑148 (MQ=255) ggTAATGCCGACGATCTGCCGGGCGCTTGTCAGGTTGGGTTCTGTGTAGTTCTCATCGAACACGTTGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTTAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTATGaa < 3:35424/149‑1 (MQ=255) gTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCTCATCGAACACCATCAACATGTTGAGCTAGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCttt > 8:147575/1‑112 (MQ=255) ccGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTACGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTATGAATGTTta > 1:294169/1‑148 (MQ=255) cgacgaTCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGa < 5:343815/69‑1 (MQ=255) cgacgaTCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATAGGTTATGAATGTTtata > 5:356132/1‑149 (MQ=255) ggcgTGTCAGGTTGTGTTTGGTGTATTTCTGATCGTACATGATTAACATGTTGAGGTCGTGCTTGCTTAGGTTCATGGGCGCGGGTCTTTTTTGGAATTATCGGTCGATCATTTATCGGTTTTTAATGTTTATACACGCGGaaatttga < 6:356132/148‑6 (MQ=255) gTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTATGAATGt < 4:158867/119‑1 (MQ=255) gTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTATGAATGt > 3:158867/1‑119 (MQ=255) gtAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTATGAAt < 7:309009/105‑1 (MQ=255) gtAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTATGAAt > 8:309009/1‑105 (MQ=255) aTCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTATGAATGTTTATACACGCGGAAAATAGACTAGGTGGATGGAGCAATGCTGctct < 4:66115/149‑1 (MQ=255) | GGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAGGTTGGCTTCGGTGTAGATCGCATCGAACACGATGAACAGGTTGAGGTCGACCTTGCTAAGGTTCATGGGCGCCGCTCTTTGTTGGAATTATCGGTCGATCATATATCGGTTATGAATGTTTATACACGCGGAAAATAGACTAGGTGGATGGAGCAATGCTGCTCT > NC_002947/2783232‑2783521 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |