Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,795,825 | C→G | 11.8% | E155Q (GAG→CAG) | puuB ← | gamma‑glutamylputrescine oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,795,825 | 0 | C | G | 11.8% | 127.8 / 7.3 | 48 | E155Q (GAG→CAG) | puuB | gamma‑glutamylputrescine oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/19); new base G (2/3); total (25/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.27e-01 |
ATGATGCCACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAATGATGC > NC_002947/2795680‑2795968 | atgatgCCACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAg < 6:69690/149‑1 (MQ=255) atgatgCCACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAg > 7:82829/1‑149 (MQ=255) ccACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACGCTGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGAGGTGGCCGCCGCTCATGTCGATCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAAGCAATTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCATCTTGAGCTGAt < 4:96302/148‑1 (MQ=255) ccACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTGGAGCTGAt < 2:217175/148‑1 (MQ=255) ccAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATgg > 1:324254/1‑149 (MQ=255) gCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCa < 5:146798/149‑1 (MQ=255) tCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCg > 7:171708/1‑149 (MQ=255) tCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCg > 1:269007/1‑149 (MQ=255) gACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGt < 8:171708/148‑1 (MQ=255) ttCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGTGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCt > 3:167213/1‑149 (MQ=255) ttCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCt > 8:168011/1‑149 (MQ=255) ccAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGc > 2:235219/1‑149 (MQ=255) cAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCa < 1:100968/149‑1 (MQ=255) ggTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGa < 7:168011/149‑1 (MQ=255) ggTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGa < 2:269007/149‑1 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTg > 2:310188/1‑138 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTg < 1:310188/138‑1 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGa < 3:17920/141‑1 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGa > 4:17920/1‑141 (MQ=255) gggTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCAt < 2:324254/149‑1 (MQ=255) gTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTccc > 4:308104/1‑116 (MQ=255) gTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTccc < 3:308104/116‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGc < 1:157403/138‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGc > 2:157403/1‑138 (MQ=255) cgccgcTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGt > 3:80846/1‑148 (MQ=255) gcTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAggg < 8:82829/149‑1 (MQ=255) gTCGATGATGCCGCGGATGTAGCTGTGGCAGGCAACCTGTTCGCGGATGCGCTTGTGGTCCTTCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCGACAGGCGCTTTTGCGAt < 3:280232/112‑1 (MQ=255) gTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGAACCCACAGGCGCTTTTGCCAt > 4:280232/1‑112 (MQ=255) gAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATa < 1:235219/149‑1 (MQ=255) gAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATa > 2:152766/1‑149 (MQ=255) gATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCAt > 4:165843/1‑111 (MQ=255) aGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTGTGTTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGCTCCCACAGGCGCGATTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCATGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACtc > 5:191478/1‑147 (MQ=255) aaCCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAAtgt > 7:176316/1‑149 (MQ=255) ccACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAAtgttg > 3:290163/1‑149 (MQ=255) gcTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTc > 3:60346/1‑121 (MQ=255) gcTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTc < 4:60346/121‑1 (MQ=255) tCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGtt < 7:162826/147‑1 (MQ=255) tCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGtt > 8:162826/1‑147 (MQ=255) gTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAg > 6:316078/1‑111 (MQ=255) gTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAg < 5:316078/111‑1 (MQ=255) gTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGaa > 2:31219/1‑149 (MQ=255) gTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGaa < 1:296817/149‑1 (MQ=255) cataaTCAGCTGGAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACtt > 2:218549/5‑132 (MQ=255) cataaTCAGCTGGAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACtt > 2:118630/5‑132 (MQ=255) cataaTCAGCTGGAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACtt < 1:218549/128‑1 (MQ=255) cataaTCAGCTGGAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACtt < 1:118630/128‑1 (MQ=255) cATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAatga > 7:71504/1‑149 (MQ=255) aGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAATGATgc < 8:71504/148‑1 (MQ=255) | ATGATGCCACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAATGATGC > NC_002947/2795680‑2795968 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |