Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,890,383 | G→A | 14.9% | R464H (CGC→CAC) | gabP‑II → | gamma‑aminobutyrate permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,890,383 | 0 | G | A | 14.9% | 110.4 / 9.9 | 47 | R464H (CGC→CAC) | gabP‑II | gamma‑aminobutyrate permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/18); new base A (4/3); total (26/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 |
GTGGCTGACCTACCTGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTCATCCACGGTGAACCGAGCAGGGCTG > NC_002947/2890243‑2890530 | gTGGCTGACCTACCTGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCActc > 1:193929/1‑144 (MQ=255) gTGGCTGACCTACCTGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCActc < 2:193929/144‑1 (MQ=255) tGACCTACCTGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGctct < 6:113333/140‑1 (MQ=255) tGACCTACCTGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGctct > 5:113333/1‑140 (MQ=255) ctacctGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTagcaagc < 8:68800/146‑1 (MQ=255) ctacctGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTagcaagc > 7:68800/1‑146 (MQ=255) ctacctGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAagcag < 1:134597/148‑1 (MQ=255) ctacctGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAagcag > 2:134597/1‑148 (MQ=255) tCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCctct > 4:136998/1‑149 (MQ=255) gCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGaaa > 7:12267/1‑149 (MQ=255) cccTGGGCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATGCTGGTCATTTGCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAAcgg < 8:146834/148‑1 (MQ=255) ccTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTaa > 2:44092/1‑124 (MQ=255) ccTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTaa < 1:44092/124‑1 (MQ=255) ccTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAAcggcc > 6:353363/1‑149 (MQ=255) gACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGGTCCCCAAGGGAGCCGGcc < 6:172203/145‑1 (MQ=255) gACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGGTCCCCAAGGGAGCCGGcc > 5:172203/1‑145 (MQ=255) ccAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTg < 8:206572/110‑1 (MQ=255) ccAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTg > 7:206572/1‑110 (MQ=255) ccAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTcgc < 5:353363/147‑1 (MQ=255) tCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTg < 8:12267/149‑1 (MQ=255) cATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCACTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTgg > 5:159257/1‑149 (MQ=255) tttCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCt < 4:250604/145‑1 (MQ=255) tttCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCt > 3:250604/1‑145 (MQ=255) cACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCCGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGGTGTTGGGCCTGGGCtttt > 2:98856/1‑149 (MQ=255) aCCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCttttt < 3:136998/149‑1 (MQ=255) tCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCACTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCgg < 6:159257/148‑1 (MQ=255) gCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACCTAGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCggg > 1:63450/1‑148 (MQ=255) gcggcgGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCctct < 2:35232/78‑1 (MQ=255) gcggcgGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCAtgt > 2:82037/1‑149 (MQ=255) ggtggtggtGGCTATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCGGGTCTGGTAGCATGCAGCACTAAGCGTCACTCGCGTCTTGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCGGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCgg < 6:51483/138‑1 (MQ=255) ggCGATGGGTGTGGTTCACC‑AGATCCGGTCTGGTAGCAAGCAGCTCTAAGCGGCACTCGCCTCTGGAATCGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGGCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTc < 3:5046/149‑1 (MQ=255) ggCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCACTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGtt > 4:77842/1‑148 (MQ=255) gCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTc < 2:63450/148‑1 (MQ=255) gATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCACTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTCATc > 4:120224/1‑149 (MQ=255) ttgctaCC‑AGAGCGGATCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGGCCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTCATCCACGGTGaa > 8:233616/6‑149 (MQ=255) gtgCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTCATCCACGGTGAAc > 7:268457/1‑149 (MQ=255) gtgCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCCGCTCCCGTGGGGGCCCCGCCGGTTCGGGTTGTTGGGGCGTGGGTTTTTGTGGGGGCATGTGGTAACGCAGGTTCATACACCGTgtaa > 5:47237/1‑146 (MQ=255) gCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTgg < 7:55811/131‑1 (MQ=255) gCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTgg > 8:55811/1‑131 (MQ=255) cACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGACACGCTGGTTCATCCACGGTGAACCGa < 1:82037/149‑1 (MQ=255) cACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTCATCCACGGTGAAcc > 5:148052/1‑147 (MQ=255) aCC‑AGATCCACTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTCATCCACGGTGAACCGAg < 3:77842/149‑1 (MQ=255) cc‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCCGCTACCGTGGGGACCCGGCCGTGTAGCGTTGTTGGGCCGGGGGTTTTTATGCGGGCAAGTGGAAACGCTGGTTCATCCCACGTGAACCGAg > 8:292463/1‑148 (MQ=255) gATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCAtgt < 3:130077/114‑1 (MQ=255) gATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCAtgt > 4:130077/1‑114 (MQ=255) aTCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTCATCCACGGTGAACCGAGCAggg > 2:40535/1‑149 (MQ=255) cGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTCATCCACGGTGAACCGAGCAGGGCTg > 2:274491/1‑149 (MQ=255) | GTGGCTGACCTACCTGGTGATCGCGTTCATCGTGGCTGCCCTGGTCACCATGGCCTTCATGCCTGACTACCAGATCCTGGTCATTTCCACCGGTATCGCTGCGGCGGTCGTGGTGGCGATGGGTGTGGTGCACC‑AGATCCGCTCTGGTAGCAAGCAGCACTAAGCGTCACTCGCCTCTGGAAACGGCCGGCTCCCTTGGGGACCCGGCCGTTTCGCGTTGTTGGGCCTGGGCTTTTTCTGCGGGCATGTGGAAACGCTGGTTCATCCACGGTGAACCGAGCAGGGCTG > NC_002947/2890243‑2890530 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |