Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,931,910 | T→G | 8.7% | D731A (GAC→GCC) | PP_2566 ← | leucine‑rich repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,931,910 | 0 | T | G | 8.7% | 135.6 / 4.4 | 46 | D731A (GAC→GCC) | PP_2566 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/19); new base G (2/2); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
CCAGGTGTTGCGCGAGTTTGTTGTTCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCACCCCGGCAGGCGCAGCAACTCAGGCAA > NC_002947/2931785‑2932058 | ccAGGTGTTGCGCGAGTTTGTTGTTCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTc > 6:3361/1‑148 (MQ=255) ttGCGCGAGTTTGTTGTTCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTtct < 8:71381/148‑1 (MQ=255) cgcgAGTTTGTTGTTCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTtctgtct > 4:327633/1‑149 (MQ=255) cgcgAGTTTGTTGTTCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTtctgtct > 6:249158/1‑149 (MQ=255) gcgAGTTTGTTGTTCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCAAGGTCGGTACGGGAAATTTCGATTtctgtctg > 6:46271/1‑149 (MQ=255) gAGTTTGTTGTTCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGc < 5:249158/149‑1 (MQ=255) gAGTTTGTTGTTCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGc < 3:327633/149‑1 (MQ=255) gttCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCgtgt > 6:214233/1‑149 (MQ=255) ttCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCgtgt > 3:148603/1‑148 (MQ=255) aGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAg < 4:148603/148‑1 (MQ=255) tGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTCTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCGAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGTGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAgggg < 5:46271/149‑1 (MQ=255) ggtTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAggg < 4:117779/130‑1 (MQ=255) ggtTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAggg > 3:117779/1‑130 (MQ=255) gtTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCAc > 1:10957/1‑143 (MQ=255) gtTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCAc < 2:10957/143‑1 (MQ=255) cACCGAGCAACAGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGt < 7:142853/149‑1 (MQ=255) aCCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGtt > 2:177737/1‑149 (MQ=255) cTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTg < 1:177737/147‑1 (MQ=255) tCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGt > 7:112478/1‑148 (MQ=255) aaTGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCACGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCAAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTaaa > 7:111804/1‑149 (MQ=255) aTGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTg < 7:138305/143‑1 (MQ=255) aTGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTg > 8:138305/1‑143 (MQ=255) ttcttcATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCtt > 5:92571/1‑147 (MQ=255) ttcATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCCGGCCCTTg < 1:84522/135‑1 (MQ=255) ttcATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCACAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCCGGCCCTTg > 2:84522/1‑135 (MQ=255) ccatcTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAACCCTTCAGCACGTTc > 4:222997/1‑149 (MQ=255) catcTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTc < 5:214233/148‑1 (MQ=255) catcTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTc < 8:112478/148‑1 (MQ=255) atcTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTgg < 4:105501/122‑1 (MQ=255) atcTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTgg > 3:105501/1‑122 (MQ=255) ccAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTATCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGc > 4:300982/1‑149 (MQ=255) cAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGc < 5:3361/148‑1 (MQ=255) aGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCa > 6:79915/1‑149 (MQ=255) aGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCa > 6:165452/1‑149 (MQ=255) aCGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCAccc > 8:40562/1‑149 (MQ=255) tCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCACCCCgg > 6:295510/1‑142 (MQ=255) tCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCACCCCgg < 5:295510/142‑1 (MQ=255) 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gCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCgg < 2:18041/125‑1 (MQ=255) gCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCACCCCGGCAGGCGCAGCAACt > 5:177701/1‑149 (MQ=255) cATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCACCCCGGCAGGCGCAGCAACTCa < 6:123176/149‑1 (MQ=255) tCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCACCCCGGCAGGCGCAGCAACTCaggcaa < 5:165452/149‑1 (MQ=255) tCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCACCCCGGCAGGCGCAGCAACTCaggc > 1:137509/1‑147 (MQ=255) | CCAGGTGTTGCGCGAGTTTGTTGTTCAGTGCGGACGCTCGGTGCTCGGTTGGTGTGTCACCGAGCAACTGCTCAATGGCTTCTTCATCCATCTGATCCAGCACGGTTTGGCTCAACTGGCCATTGTCCAGGTCGGTACGGGTAATTTCGATTTCTGTCTGGCCCAGCGTGTGAGGGGGGCCGTAGCGCACCGATTCGCCCCAGGGTTCTGGCCCTTGGTAAACCTTCAGCACGTTCCCCTCGGGCCACCCCGGCAGGCGCAGCAACTCAGGCAA > NC_002947/2931785‑2932058 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |