Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 294,971 | T→C | 7.4% | V125V (GTT→GTC) | ssuB → | aliphatic sulfonates ABC transporter ATP‑binding protein SsuB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 294,971 | 0 | T | C | 7.4% | 151.6 / 2.5 | 54 | V125V (GTT→GTC) | ssuB | aliphatic sulfonates ABC transporter ATP‑binding protein SsuB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/24); new base C (2/2); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
GTGCCGCGCCGCTGGAAGAGGCCCGTGAAGAAACCCGCCTGATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTGGGGGCGCTGGATGCGTTGACCCGTAT > NC_002947/294823‑295117 | gTGCCGCGCCGCTGGAAGAGGCCCGTGAAGAAACCCGCCTGATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGtt < 7:66893/149‑1 (MQ=255) gccgcTGGAAGAGGCCCGTGAAGAAACCCGCCTGATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTtggcctgg < 4:39958/149‑1 (MQ=255) gAAGAGGCCCGTGAAGAAACCCGCCTGATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACcg > 8:239966/1‑149 (MQ=255) gAAGAGGCCCGTGAAGAAACCCGCCTGATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGACGCGGTCGGCCAGGCCAACcg > 2:218426/1‑149 (MQ=255) gagGCCCGTGAAGAAACCCGCCTGATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCgcgc > 3:144324/1‑149 (MQ=255) ggCCCGTGAAGAAACCCGCCTGATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGACGCGGTCGGCCAGGCCAACcgcatcc < 1:218426/149‑5 (MQ=255) gCCCGTGAAGAAACACGCCTGATGTTCCGGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACACCGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGAGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCaa > 7:289119/1‑149 (MQ=255) gaaACCCGCCTGATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGcc > 4:187707/1‑149 (MQ=255) gATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGctct > 7:265217/1‑149 (MQ=255) aTGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCtctc < 3:187707/149‑1 (MQ=255) ttCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCgg < 8:309898/148‑1 (MQ=255) ttCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCgg < 7:239966/148‑1 (MQ=255) tCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCgg > 5:335002/1‑135 (MQ=255) tCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCgg < 6:335002/135‑1 (MQ=255) ccAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTTCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACTAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGa < 8:73600/148‑1 (MQ=255) aGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGc > 3:128093/1‑149 (MQ=255) gcgcgGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAg > 1:69810/1‑147 (MQ=255) gctgctGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAagcagc < 6:129868/149‑1 (MQ=255) gTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGc < 2:69810/149‑1 (MQ=255) tGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGcc > 4:127307/1‑149 (MQ=255) aTCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCt < 3:127307/148‑1 (MQ=255) cAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGa > 1:98767/1‑146 (MQ=255) cAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGa < 2:98767/146‑1 (MQ=255) gTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCtt < 5:74375/140‑1 (MQ=255) gTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCtt > 6:74375/1‑140 (MQ=255) gggCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGAtt > 6:110284/1‑135 (MQ=255) gggCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGAtt < 5:110284/135‑1 (MQ=255) gCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCa < 7:98017/138‑1 (MQ=255) gCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCa > 8:98017/1‑138 (MQ=255) tCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctg < 8:265217/147‑1 (MQ=255) tGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGc < 1:27155/114‑1 (MQ=255) tGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGc > 2:27155/1‑114 (MQ=255) tGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctgctgc > 3:249172/1‑149 (MQ=255) gggCGCCTGGCGCCCGCGGGCGCTGGAGGGCGTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctgctgc < 4:185309/148‑1 (MQ=255) gCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctgctgctg > 4:49505/1‑149 (MQ=255) gACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGa > 6:145875/1‑149 (MQ=255) aCTGGCGCCCGCGTGAGCTGGAGGCCTTGTATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGGCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCTCCTGCTGCTGCTGGAc < 8:289119/149‑1 (MQ=255) cccGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctgctgc > 1:335205/1‑137 (MQ=255) cccGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctgctgc < 2:335205/137‑1 (MQ=255) cccGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGc > 2:264368/1‑149 (MQ=255) gAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGAt > 7:119701/1‑101 (MQ=255) gAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGAt < 8:119701/101‑1 (MQ=255) aGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTGGGGGCGCTGGAt < 3:49505/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTGGGGGCGCTGGATg < 1:264368/149‑1 (MQ=255) cTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctgctg < 2:256135/118‑1 (MQ=255) cTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctgctg < 2:251462/118‑1 (MQ=255) cTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctgctg > 1:256135/1‑118 (MQ=255) cTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCctgctgctg > 1:251462/1‑118 (MQ=255) tGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTGGGGGCGCTGGATGCGtt > 8:314833/1‑148 (MQ=255) ggcgCGGTCGGCCAGGCCAACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCt > 6:267065/4‑88 (MQ=38) ggcgCGGTCGGCCAGGCCAACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCt < 5:267065/85‑1 (MQ=38) ggTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTg < 3:216473/124‑1 (MQ=255) ggTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTg > 4:216473/1‑124 (MQ=255) ggTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTGGGGGCGCTGGATGc < 6:255316/138‑1 (MQ=255) ggTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTGGGGGCGCTGGATGc > 5:255316/1‑138 (MQ=255) gTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTGGGGGCGCTGGATGCGTTGACCCGTAt > 8:259373/1‑149 (MQ=255) ttGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGccc > 4:299136/1‑75 (MQ=255) ttGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGccc < 3:299136/75‑1 (MQ=255) | GTGCCGCGCCGCTGGAAGAGGCCCGTGAAGAAACCCGCCTGATGTTCCAGGACGCGCGGCTGCTGCCGTGGAAGAAGGTGATCGACAACGTTGGCCTTGGGCTGTCTGGCGACTGGCGCCCGCGTGCGCTGGAGGCCTTGGATGCGGTTGGCCTGGCCGACCGCGCCAACGAATGGCCGGCAGCGCTCTCGGGAGGCCAGAAGCAGCGCGTGGCTTTGGCCCGAGCCTTGATTCACCAGCCCCGCCTGCTGCTGCTGGACGAGCCGCTGGGGGCGCTGGATGCGTTGACCCGTAT > NC_002947/294823‑295117 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |