| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 92.3% | 78.8 / 0.3 | 26 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (14/10); total (14/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGT > NC_002947/1419402‑1419674 | tGGCAGGGGATGCCGGGTTATATGCGGAACAGCGGGTGATTGTTGTTTTCGCGTTGGTAGAGGCAGGTCTGGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGAGTTGTTT‑CCCTGGATTCTGTGTTGCCTGggctg‑g‑c > 6:58172/1‑148 (MQ=255) tGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCgg < 6:184322/148‑1 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCa > 6:187328/1‑148 (MQ=255) tGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCGTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTc > 6:7161/1‑148 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCCCTccccc > 2:114384/1‑146 (MQ=255) aCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 1:59668/148‑1 (MQ=255) tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACCGGTAAtgt > 7:24430/1‑147 (MQ=39) gtgtTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCa < 5:33112/147‑1 (MQ=255) ttttCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGGTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGt < 5:7161/147‑1 (MQ=255) gCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGGGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACgg < 3:131481/147‑1 (MQ=255) cTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtg > 3:132583/1‑148 (MQ=255) ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt > 8:171027/1‑148 (MQ=255) ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGGTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:71170/148‑1 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCt > 4:54770/1‑148 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGCCGGCTGTGGTGACCCt > 7:141265/1‑148 (MQ=255) gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 1:85152/148‑1 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 4:132583/148‑1 (MQ=255) gACTGTGGGGGGTGCTGTGGGGTTGGCGGTGGGCATTGGTTGGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCGGGGCTG‑GCC‑GCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 3:41447/148‑1 (MQ=25) tgtgGGGGGTTCGGTGGTGTGGTCGGGGGGCATTGTTTTGTTG‑CCCTGGATTCTGGGGTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTg < 1:156098/148‑1 (MQ=37) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAgg > 3:81622/1‑148 (MQ=255) ttgtgttgtCGGTGGGCAGTGTTTTGTTT‑CCCT‑GATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCAGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCGGcc > 4:41023/1‑147 (MQ=37) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTg > 8:97258/1‑148 (MQ=255) cATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTGTGCAGTGCGTGCCGGCTGTGGTGCCCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCaa > 8:138677/1‑148 (MQ=38) aTTGTTTTGTTTGCCGTGGATTCGGGGGGGCCGGGGGGGCC‑C‑TCTTCGCGGCCCCGCCCGCCCCCACCGGTCCTGGGACTGGCGTCCGGGCGGGGGTCCCCCTGGGGGCGGGGGGGGGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCaa < 6:65647/148‑1 (MQ=255) tgttt‑CCCTGTATGGTGGGTTGCCTGGGGTG‑G‑CGTCTGCGGGGGCCCGCCCGCTCCCACTGGTACGGGGCAGGGCTTGCCGGGGGTGGTGCCCCTGGGGGTGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa < 8:61965/147‑1 (MQ=255) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCCGGGCCTGTGCAGTGCGGGACGGCTGTGGTGCCCCTGGGGGCGCGGGCGTGGCCGCGAAGAGGGCTGACCGGCGAATGCCAGGTGTGCggggctg > 4:61362/1‑143 (MQ=255) ttCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGTTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCCCGAAGAGGGCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGt > 8:43530/1‑147 (MQ=37) | TGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTT‑CCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGT > NC_002947/1419402‑1419674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |