Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 88.5% | 155.9 / 14.0 | 52 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/0); new base C (20/26); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTA > NC_002947/1126513‑1126787 | cgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTAcaca > 5:232915/1‑147 (MQ=255) cgatCTTGAACAGGCCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTAcaca < 7:350828/147‑1 (MQ=255) cgatCTTGAACAGGCCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCGCAAGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTAG‑CGGGTTAA‑C‑CCGCTCCTAcaca > 8:350828/1‑147 (MQ=255) gAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCGAATTCGGGGGTTTATCCACCATAGCAATAG‑CGGGTTAA‑C‑CCGCTCCGAAACAGAGCCCGCCCCCCaaac > 7:714/1‑146 (MQ=255) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTAAACCCAATAAGGAGGTTTATCCACCCTACCAATAGCCGGG‑TAA‑A‑CCGCAACAAAACAGACCCCCCCCCCCAACCCACGTg > 4:243485/1‑148 (MQ=255) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCCCCATCGCCTTAT‑CGGG‑TAA‑ACCCGCGCCTAAACAGAACCCGCCCCCCAAACCCGGTgg > 1:107851/1‑149 (MQ=37) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGACCCCGCCACCCAAGCCAGGt < 3:243485/147‑1 (MQ=255) tGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGa < 6:232915/149‑1 (MQ=255) cATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAggg < 1:20118/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) taGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGca > 4:226014/1‑115 (MQ=255) gCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCg > 6:196322/1‑149 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCgg < 5:85292/149‑1 (MQ=255) accaTCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACg > 4:403035/1‑135 (MQ=255) accaTCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGcc > 6:85143/1‑149 (MQ=255) cgaTCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGTGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCg < 5:379706/147‑1 (MQ=255) caTCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGa > 7:292644/1‑149 (MQ=255) aTCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGc < 7:399379/57‑1 (MQ=25) aTCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGc > 8:399379/1‑57 (MQ=25) aTCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGAc > 4:32665/1‑149 (MQ=255) cGCATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGGCCTGATAGCACTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcg > 7:297959/1‑149 (MQ=255) cATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTg < 7:215406/131‑1 (MQ=255) cATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTg > 8:215406/1‑131 (MQ=255) cATTCG‑CGGG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggc < 8:714/149‑1 (MQ=255) tCG‑CGGG‑TAAGC‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCggcggc > 3:186728/1‑149 (MQ=255) cg‑cgTG‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCggcggc < 2:301313/148‑1 (MQ=255) gg‑TAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTa < 5:43235/149‑1 (MQ=255) | CGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑TAA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTA > NC_002947/1126513‑1126787 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |