| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 1,327,121 | 0 | C | T | 55.3% | 15.6 / 165.5 | 132 | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE/PP_23SE | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/31); new base T (35/38); total (63/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
AGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGG > NC_002947/1326975‑1327226 | aGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TAt < 4:196963/149‑1 (MQ=17) gTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGaa < 1:113635/149‑1 (MQ=17) gTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGaa > 2:171863/1‑149 (MQ=17) tAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAAt < 5:262243/149‑1 (MQ=32) tAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAAt < 2:404013/149‑1 (MQ=32) aaCAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATg > 6:379962/1‑149 (MQ=32) aCAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGt > 7:258343/1‑149 (MQ=32) cAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGAATGtt < 7:142252/149‑1 (MQ=17) aGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGa < 2:72522/149‑1 (MQ=32) 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gTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTc < 8:68097/145‑1 (MQ=32) gggAACCTGCGGCTTGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGAATGTTGATTTCTGGCtttt < 3:415978/149‑1 (MQ=17) gggAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCtttt > 2:394376/1‑149 (MQ=32) gAACCTTCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GATCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGt < 7:166373/149‑1 (MQ=12) gAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCtt < 1:325262/145‑1 (MQ=32) 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(MQ=32) gCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggt < 6:388312/148‑1 (MQ=32) cTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGttt > 5:171705/1‑137 (MQ=32) cTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGttt < 6:171705/137‑1 (MQ=32) cTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 6:449414/148‑1 (MQ=32) ttGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 6:449916/1‑149 (MQ=32) tGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 3:18163/1‑148 (MQ=17) ttCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGACAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAg < 7:81994/149‑1 (MQ=17) tCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAgg > 6:175143/1‑149 (MQ=17) cATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAgg < 2:196208/148‑1 (MQ=17) cATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAgg < 2:451951/148‑1 (MQ=32) aTTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGc > 6:71754/1‑148 (MQ=17) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg > 1:329754/1‑149 (MQ=32) gTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg > 3:369571/1‑149 (MQ=32) tCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg < 7:413818/148‑1 (MQ=17) tCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAac > 2:200452/1‑117 (MQ=32) tCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAac < 1:200452/117‑1 (MQ=32) tCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAgg > 7:162657/1‑149 (MQ=32) cGAAGACGTTTTTCCGGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑TATCGAAGGTTGATTTCTGTCTTTTGTGAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAATGAACACCAGTTTCGCTGCTGGTGGATCAGGCTAAgg > 8:372138/1‑148 (MQ=11) | AGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGAT‑GAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCG‑CATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGG > NC_002947/1326975‑1327226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |